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- PDB-9qgl: Cryo-EM structure of the PlPVC1 baseplate, 6-fold symmetrized (C6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qgl
タイトルCryo-EM structure of the PlPVC1 baseplate, 6-fold symmetrized (C6), in extended state
要素
  • (Phage tail protein) x 2
  • (Phage tail sheath family ...) x 3
  • (Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment ...) x 2
  • Baseplate protein J-like domain-containing protein
  • Contractile injection system tube protein N-terminal domain-containing protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Contractile injection system
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Contractile injection system tube protein, N-terminal domain / Contractile injection system tube protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain ...Contractile injection system tube protein, N-terminal domain / Contractile injection system tube protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Phage tail protein / Contractile injection system tube protein N-terminal domain-containing protein / Phage tail sheath family protein / Phage tail sheath family protein / Baseplate protein J-like domain-containing protein / Phage tail sheath family protein / Phage tail protein / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17 / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Marin-Arraiza, L. / Taylor, N.M.I.
資金援助 デンマーク, スペイン, 5件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0031006 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF23OC0081528 デンマーク
LundbeckfondenR434-2023-289 デンマーク
La Caixa FoundationLCF/BQ/EU21/11890147 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural characterization of an extracellular contractile injection system from Photorhabdus luminescens in extended and contracted states
著者: Marin-Arraiza, L. / Roa-Eguiara, A. / Pape, T. / Sofos, N. / Hendriks, I.A. / Lund Nielsen, M. / Steiner-Rebrova, E.M. / Taylor, N.M.I.
履歴
登録2025年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: Phage tail protein
1B: Phage tail protein
1C: Phage tail protein
1D: Phage tail protein
1E: Phage tail protein
1F: Phage tail protein
2A: Phage tail sheath family protein
2B: Phage tail sheath family protein
2C: Phage tail sheath family protein
2D: Phage tail sheath family protein
2E: Phage tail sheath family protein
2F: Phage tail sheath family protein
5A: Phage tail protein
5B: Phage tail protein
5C: Phage tail protein
5D: Phage tail protein
5E: Phage tail protein
5F: Phage tail protein
7A: Contractile injection system tube protein N-terminal domain-containing protein
7B: Contractile injection system tube protein N-terminal domain-containing protein
7C: Contractile injection system tube protein N-terminal domain-containing protein
7D: Contractile injection system tube protein N-terminal domain-containing protein
7E: Contractile injection system tube protein N-terminal domain-containing protein
7F: Contractile injection system tube protein N-terminal domain-containing protein
9A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
9B: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
9C: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
9D: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
9E: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
9F: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
B: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
C: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
D: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
E: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
F: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
a: Baseplate protein J-like domain-containing protein
b: Baseplate protein J-like domain-containing protein
c: Baseplate protein J-like domain-containing protein
d: Baseplate protein J-like domain-containing protein
e: Baseplate protein J-like domain-containing protein
f: Baseplate protein J-like domain-containing protein
3A: Phage tail sheath family protein
3B: Phage tail sheath family protein
3C: Phage tail sheath family protein
3D: Phage tail sheath family protein
3E: Phage tail sheath family protein
3F: Phage tail sheath family protein
4A: Phage tail sheath family protein
4B: Phage tail sheath family protein
4C: Phage tail sheath family protein
4D: Phage tail sheath family protein
4E: Phage tail sheath family protein
4F: Phage tail sheath family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,595,09554
ポリマ－2,595,09554
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 24分子 1A1B1C1D1E1F5A5B5C5D5E5F7A7B7C7D7E7Fabcdef

#1: タンパク質
Phage tail protein


分子量: 16574.574 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc1 - tube protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: GPY51_18090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JSR5
#3: タンパク質
Phage tail protein


分子量: 17178.578 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc5 - tube protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: C6H66_14800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S8PZE9
#4: タンパク質
Contractile injection system tube protein N-terminal domain-containing protein


分子量: 24840.080 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc7 - tube initiator protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: C6H66_14790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S8PZG1
#7: タンパク質
Baseplate protein J-like domain-containing protein


分子量: 110905.555 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc12 - baseplate protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: GPY51_18145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JN06

-
Phage tail sheath family ... , 3種, 18分子 2A2B2C2D2E2F3A3B3C3D3E3F4A4B4C4D4E4F

#2: タンパク質
Phage tail sheath family protein


分子量: 39009.828 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc2 - sheath protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: GPY51_18095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JN00
#8: タンパク質
Phage tail sheath family protein


分子量: 51330.875 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc3 - sheath protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: GPY51_18100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JMV2
#9: タンパク質
Phage tail sheath family protein


分子量: 44076.059 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc4 - sheath initiator protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: GPY51_18105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JN29

-
Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment ... , 2種, 12分子 9A9B9C9D9E9FABCDEF

#5: タンパク質
Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17


分子量: 27145.588 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc9 - sheath adaptor protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: plu1722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MB49
#6: タンパク質
Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17


分子量: 101454.625 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pvc11 - baseplate protein
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: plu1720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7N649

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PlPVC baseplate (C6) in extended state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 41 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正詳細: Patch CTF Estimation in cryoSPARC, fit local CTF to micrograph, including tilted, bent, deformed samples
タイプ: NONE
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53537 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002175026
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.443238530
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.1223234
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04126844
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00430936

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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