PDB-9qgh: BV333 aminotransferase from Streptomyces sp. mutant F61C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qgh

タイトル

BV333 aminotransferase from Streptomyces sp. mutant F61C

要素

Aspartate aminotransferase family protein

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. BV333 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Patti, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2025
タイトル: Functional and structural insights into a thermostable (S)-selective amine transaminase and its improved substrate scope by protein engineering.
著者: Patti, S. / De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Magrini Alunno, I. / Riva, S. / Ferrandi, E.E. / Littlechild, J.A. / Monti, D.

履歴

登録	2025年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qgh.cif.gz	207 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qgh.ent.gz	156.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qgh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/9qgh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/9qgh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gh9C 9gnfC 9qc2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase family protein

B: Aspartate aminotransferase family protein

99.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate aminotransferase family protein

B: Aspartate aminotransferase family protein

A: Aspartate aminotransferase family protein

B: Aspartate aminotransferase family protein

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
200 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.747, 176.464, 111.259
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-664- HOH
2	1	B-641- HOH
3	1	B-699- HOH
4	1	B-796- HOH
5	1	B-803- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 9 - 459 / Label seq-ID: 1 - 451

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase family protein 分子量: 49903.004 Da / 分子数: 2 / 変異: F61C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. BV333 (バクテリア) 遺伝子: OIM89_06295 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AA46ZEV9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: Morpheus Fusion Screen A7 / Temp details: Memmert incubator

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→88.23 Å / Num. obs: 221445 / % possible obs: 94.75 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 19.77 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.31→1.33 Å / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 7504 / CC_1/2: 0.3 / R_rim(I) all: 2.047 / % possible all: 64.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
xia2	3.9	データ削減
XSCALE		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.31→88.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.875 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2102	2041	0.922 %
R_work	0.1879	219340	-
all	0.188	-	-
obs	-	221381	94.749 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.831 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.304 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.529 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.832 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→88.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7044	0	0	601	7645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.012	7236
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.411	1.814	9846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.45	5	900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.447	5	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.091	10	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.699	10	336
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.206	0.2	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	5666
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	4945
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	608
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.759	2.416	3606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.607	4.348	4504
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.382	2.826	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.671	5.007	5342
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.059	30.716	11457
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.042	0.05	15149

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04229	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04229	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.31-1.344	0.388	125	0.402	11353	X-RAY DIFFRACTION	66.8569
1.344-1.381	0.378	117	0.389	12930	X-RAY DIFFRACTION	78.0743
1.381-1.421	0.395	148	0.373	14353	X-RAY DIFFRACTION	88.9686
1.421-1.465	0.388	140	0.371	14986	X-RAY DIFFRACTION	95.5467
1.465-1.513	0.352	133	0.35	14858	X-RAY DIFFRACTION	97.9932
1.513-1.566	0.34	180	0.329	14586	X-RAY DIFFRACTION	99.5953
1.566-1.625	0.327	152	0.294	14157	X-RAY DIFFRACTION	100
1.625-1.691	0.286	121	0.251	13710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.691-1.766	0.23	108	0.218	13112	X-RAY DIFFRACTION	100
1.766-1.852	0.244	116	0.194	12558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.852-1.953	0.201	83	0.165	11998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.953-2.071	0.204	89	0.173	11327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.071-2.214	0.198	67	0.173	10670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.391	0.211	93	0.165	9927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.391-2.619	0.187	84	0.164	9162	X-RAY DIFFRACTION	99.9892
2.619-2.928	0.182	92	0.157	8300	X-RAY DIFFRACTION	99.9881
2.928-3.38	0.168	60	0.155	7370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-4.138	0.144	54	0.143	6265	X-RAY DIFFRACTION	100
4.138-5.846	0.166	41	0.153	4900	X-RAY DIFFRACTION	100
5.846-88.23	0.207	38	0.204	2807	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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