PDB-9qex: Structure of native leukocyte myeloperoxidase in complex with a t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qex

タイトル

Structure of native leukocyte myeloperoxidase in complex with a truncated version of the Staphylococcal Peroxidase Inhibitor SPIN and thiocyanate at pH 7.5

要素

(Myeloperoxidase ...) x 3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Innate immunity / enzyme substrate complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / azurophil granule / response to food ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.903 Å

データ登録者

Leitgeb, U. / Pfanzagl, V.

資金援助

オーストリア, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Halide binding by myeloperoxidase is regulated by access channel dynamics and charge interactions.
著者: Leitgeb, U. / Crha, R. / Fegerl, I. / Furtmuller, P.G. / Oostenbrink, C. / Pfanzagl, V.

履歴

登録	2025年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qex.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qex.ent.gz	824.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qex_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qex_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	9qex_validation.xml.gz	67.2 KB	表示
CIF形式データ	9qex_validation.cif.gz	90 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/9qex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/9qex	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qe3C 9qgaC 9qj3C 9qjoC 9sdsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Myeloperoxidase heavy chain

D: Myeloperoxidase heavy chain

E: Myeloperoxidase inhibitor SPIN

F: Myeloperoxidase inhibitor SPIN

A: Myeloperoxidase light chain

C: Myeloperoxidase light chain

ヘテロ分子

152 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.328, 111.328, 242.725
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	D
3	2	E
4	2	F
5	3	A
6	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASN	ASN	ARG	ARG	B	A	280 - 742	2 - 464
2	1	1	ASN	ASN	ARG	ARG	D	B	280 - 742	2 - 464
3	2	2	ALA	ALA	LYS	LYS	E	C	43 - 97	1 - 55
4	2	2	ALA	ALA	LYS	LYS	F	D	43 - 97	1 - 55
5	3	3	CYS	CYS	ALA	ALA	A	E	167 - 271	3 - 107
6	3	3	CYS	CYS	ALA	ALA	C	F	167 - 271	3 - 107

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

-
Myeloperoxidase ... , 3種, 6分子 BDEFAC

#1: タンパク質	Myeloperoxidase heavy chain 分子量: 53337.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Heavy chain of myeloperoxidase / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164
#2: タンパク質	Myeloperoxidase inhibitor SPIN 分子量: 6922.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: A truncated version of the staphylococcal peroxidase inhibitor SPIN aureus 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: SAOUHSC_00401 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G0X2
#3: タンパク質	Myeloperoxidase light chain 分子量: 12894.465 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 167-271 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Light chain of Myeloperoxidase / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164

-
糖 , 4種, 6分子

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#7: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 794分子

#8: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION 分子量: 58.082 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#10: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 % / 解説: Rhomboid
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M TRIS 7.5 pH (Buffer) 4 %(w/v) PEG 8K (Precipitant) 10 %(w/v) PEG 1K (Precipitant) 0.4 M KSCN (Salt)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 213.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月5日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→101.192 Å / Num. obs: 86444 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.977 / R_merge(I) obs: 0.256 / R_pim(I) all: 0.09 / R_rim(I) all: 0.272 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 1.9→2.101 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 3.456 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4322 / CC_1/2: 0.241 / R_pim(I) all: 1.372 / R_rim(I) all: 3.729 / % possible all: 66.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.903→101.192 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 8.169 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2158	4245	4.911 %	RANDOM
R_work	0.1682	82195	-	-
all	0.171	-	-	-
obs	-	86440	72.106 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.466 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.128 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.128 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.255 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.903→101.192 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10063	0	373	775	11211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	10709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.009	1.847	14552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.66	1.766	22884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.865	5	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.065	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.779	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.04	10	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.759	10	518
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	12811
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.255	0.2	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	9466
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	5284
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	5644
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.132	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.088	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.542	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.104	2.063	5030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.104	2.063	5030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.96	3.689	6260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.96	3.69	6261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.196	2.418	5679
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.196	2.418	5680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.725	4.327	8292
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.724	4.327	8293
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.4	26.376	43720
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.351	26.113	43143
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.082	0.05	15342
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.147	0.05	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.107	0.05	2870

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.082	0.05008
1	2	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.082	0.05008
2	3	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14714	0.05007
2	4	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14714	0.05007
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10681	0.05008
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10681	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.903-1.953	0.302	17	0.284	302	0.285	8758	0.937	0.917	3.6424	0.267
1.953-2.006	0.246	44	0.257	813	0.256	8495	0.96	0.949	10.0883	0.242
2.006-2.064	0.282	92	0.277	1612	0.277	8303	0.935	0.939	20.5227	0.265
2.064-2.128	0.317	137	0.286	2567	0.287	8074	0.889	0.811	33.4902	0.265
2.128-2.198	0.273	237	0.244	4640	0.246	7792	0.951	0.958	62.5898	0.229
2.198-2.275	0.265	337	0.238	6813	0.239	7597	0.954	0.957	94.1161	0.221
2.275-2.361	0.267	369	0.211	6952	0.214	7321	0.953	0.97	100	0.193
2.361-2.457	0.224	333	0.187	6715	0.188	7048	0.968	0.979	100	0.168
2.457-2.566	0.25	327	0.171	6434	0.175	6761	0.964	0.982	100	0.153
2.566-2.691	0.222	320	0.17	6154	0.173	6474	0.97	0.979	100	0.153
2.691-2.837	0.216	316	0.16	5889	0.163	6205	0.973	0.985	100	0.146
2.837-3.009	0.227	295	0.161	5578	0.164	5874	0.968	0.984	99.983	0.151
3.009-3.216	0.216	266	0.168	5250	0.17	5520	0.969	0.983	99.9275	0.162
3.216-3.473	0.205	197	0.167	4012	0.169	5163	0.977	0.984	81.5224	0.164
3.473-3.805	0.221	194	0.154	3997	0.157	4764	0.975	0.988	87.9723	0.157
3.805-4.253	0.168	205	0.131	3794	0.133	4361	0.986	0.989	91.6992	0.14
4.253-4.909	0.172	164	0.124	3667	0.125	3855	0.984	0.992	99.3774	0.141
4.909-6.009	0.185	170	0.146	3104	0.148	3302	0.983	0.99	99.152	0.165
6.009-8.483	0.213	140	0.167	2456	0.17	2623	0.975	0.984	98.9706	0.193
8.483-101.192	0.22	85	0.197	1447	0.198	1562	0.921	0.969	98.0794	0.25

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5973	0.0043	-0.0607	0.9581	0.1208	0.9233	0.0184	0.0099	0.0978	-0.016	-0.0186	0.0268	-0.1443	-0.0162	0.0002	0.0578	0.0157	-0.0147	0.0617	0.0171	0.033	6.7053	-4.3052	22.5981
2	0.7705	-0.0978	-0.0795	1.12	0.0256	0.8239	-0.02	-0.0451	-0.2734	0.0433	0.0021	-0.0678	0.2716	0.0101	0.0179	0.123	-0.0193	-0.0191	0.1076	0.0484	0.155	1.4088	-53.1887	41.6216
3	3.0527	-1.3026	0.7233	3.7445	0.0076	3.8038	-0.0431	-0.0457	0.2842	0.1717	0.0346	-0.2899	-0.1703	0.305	0.0085	0.1804	-0.0605	-0.0376	0.1725	-0.0125	0.1337	27.9351	8.5756	46.6895
4	1.1922	-0.2943	-0.2861	0.1343	0.2129	1.0855	0.117	-0.036	-0.1649	-0.0627	0.056	-0.1762	0.3043	0.3208	-0.1729	0.7623	0.0769	0.0536	0.7405	-0.0284	1.0068	32.4259	-66.4174	32.9671
5	0.8635	-0.0149	-0.0547	1.151	-0.1913	1.3151	0.0273	-0.0482	-0.0504	0.0279	-0.0583	-0.0126	-0.0078	0.0457	0.031	0.0102	0.0029	-0.0113	0.0434	0.0044	0.015	8.8535	-15.8064	22.5929
6	1.1566	0.2013	-0.0347	1.406	0.0212	1.4272	-0.0016	-0.1087	-0.1804	0.04	-0.0308	-0.0863	0.1016	0.1207	0.0323	0.0411	0.0092	-0.0366	0.0782	0.0472	0.0872	3.2656	-41.8871	42.7089

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	280 - 744
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	D	279 - 743
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	E	43 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	F	43 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	167 - 271
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	C	167 - 271

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Myeloperoxidase ... , 3種, 6分子 BDEFAC

-
糖 , 4種, 6分子

-
非ポリマー , 4種, 794分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-Myeloperoxidase ... , 3種, 6分子 BDEFAC

-糖 , 4種, 6分子

-非ポリマー , 4種, 794分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Myeloperoxidase ... , 3種, 6分子 BDEFAC

-
糖 , 4種, 6分子

-
非ポリマー , 4種, 794分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)