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- PDB-9qjo: Structure of native leukocyte myeloperoxidase in complex with the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qjo
タイトルStructure of native leukocyte myeloperoxidase in complex with the Staphylococcal Peroxidase Inhibitor SPIN and bromide at pH 5.5
要素(Myeloperoxidase ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Innate immunity / enzyme substrate complex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / azurophil granule / response to food ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / azurophil granule / response to food / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / Neutrophil degranulation / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myeloperoxidase / Myeloperoxidase inhibitor SPIN
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Leitgeb, U. / Pfanzagl, V.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundP33997 オーストリア
Austrian Science FundW1224 オーストリア
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Halide binding by myeloperoxidase is regulated by access channel dynamics and charge interactions.
著者: Leitgeb, U. / Crha, R. / Fegerl, I. / Furtmuller, P.G. / Oostenbrink, C. / Pfanzagl, V.
履歴
登録2025年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Myeloperoxidase heavy chain
D: Myeloperoxidase heavy chain
A: Myeloperoxidase light chain
C: Myeloperoxidase light chain
E: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
F: Myeloperoxidase inhibitor SPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,21072
ポリマ－149,2206
非ポリマー8,99066
水9,044502
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49540 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area43040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.878, 110.878, 240.703
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1079-

HOH

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要素

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Myeloperoxidase ... , 3種, 6分子 BDACEF

#1: タンパク質 Myeloperoxidase heavy chain


分子量: 53321.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Heavy chain of myeloperoxidase / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164
#2: タンパク質 Myeloperoxidase light chain


分子量: 12894.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Light chain of myeloperoxidase / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164
#3: タンパク質 Myeloperoxidase inhibitor SPIN


分子量: 8394.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The Staphyloccal Peroxidase Inhibitor SPIN from Staphylococcus aureus
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAOUHSC_00401 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G0X2

-
糖 , 3種, 6分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 562分子

#7: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 % / 解説: Rhomboid
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10 %(w/v) PEG 1K 8 %(w/v) PEG 8K 0.4 M NaBr 0.1 M Na Acet 5.5 pH

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データ収集

回折平均測定温度: 213.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9143 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月3日 / 詳細: Toroidal mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9143 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→48.61 Å / Num. obs: 52676 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.278 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.286 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.18→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 2.338 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2634 / CC1/2: 0.645 / Rpim(I) all: 0.531 / Rrim(I) all: 2.398

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18→48.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 12.97 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.639 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23243 2623 5 %RANDOM
Rwork0.17805 ---
obs0.18079 50053 66.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.326 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.18→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10261 0 356 502 11119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01210847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01610120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.641.84614768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5441.76723277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.97151273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.0835130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.066101776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1242.6355110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1232.6355110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3984.7296377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3984.736378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5672.8725737
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5672.8715736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.175.1788392
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.10626.0912300
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.0142612214
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.23 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 5 -
Rwork0.225 128 -
obs--2.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7705-0.08-0.06531.1751-0.21880.80520.0281-0.03040.14360.0237-0.0247-0.0674-0.09810.0273-0.00340.0623-0.0259-0.00760.0689-0.01940.0391-6.8602-4.654737.5052
20.70770.028-0.11341.0987-0.13420.72210.02080.0088-0.1984-0.1152-0.01490.03050.1704-0.0032-0.00590.1110.0233-0.03780.0875-0.03180.0711-1.882-53.101419.2811
30.87470.0267-0.08021.24380.11321.10780.03630.0174-0.0052-0.0222-0.0341-0.0444-0.0123-0.0826-0.00220.01720.0044-0.00990.0491-0.02250.0201-9.2027-15.748237.7447
40.9816-0.42-0.09111.9001-0.12271.42390.06910.035-0.1037-0.0963-0.07980.0590.0333-0.06620.01070.0526-0.0146-0.02910.0713-0.02620.0375-3.8359-42.063217.8823
53.02890.31240.19121.4593-0.8594.2110.01070.05910.0818-0.1604-0.03990.05140.0495-0.18520.02920.17830.0335-0.01330.1964-0.04960.1569-27.56135.478817.1513
62.25860.9375-1.37451.8879-1.15462.7535-0.08150.1222-0.18610.11380.17750.5880.0843-0.5522-0.0960.3236-0.024-0.03630.5457-0.00660.6094-30.1804-63.57925.5182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B279 - 804
2X-RAY DIFFRACTION2D279 - 819
3X-RAY DIFFRACTION3A167 - 271
4X-RAY DIFFRACTION4C167 - 271
5X-RAY DIFFRACTION5E30 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6F30 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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