PDB-9qdv: Crystal structure of the polyester hydrolase Leipzig 7 (PHL7) mut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qdv

タイトル

Crystal structure of the polyester hydrolase Leipzig 7 (PHL7) mut3 variant expressed in E. coli (E_PHL7mut3)

要素

Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant

キーワード

HYDROLASE / E. coli / LCC / K. phaffii / PETase / P. pastoris

機能・相同性

Cutinase / PET hydrolase-like / : / hydrolase activity, acting on ester bonds / Alpha/Beta hydrolase fold / Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant

機能・相同性情報

生物種

compost metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.89 Å

データ登録者

Useini, A. / Strater, N. / Striedner, G. / Sonnendecker, C.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: ACS ES T Eng / 年: 2025
タイトル: Trade-Offs between Stability and Activity of Glycosylated and Non-Glycosylated Polyester Hydrolases PHL7 and PHL7mut3
著者: Fohler, L. / Faschingeder, F. / Leibetseder, L. / Zhao, Z. / Useini, A. / Strater, N. / Sonnendecker, C. / Ewing, T.A. / Moers, A.P.H.A. / Werten, M.W.T. / van Vliet, D.M. / Julsing, M.K. / ...

履歴

登録	2025年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qdv.cif.gz	411.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qdv.ent.gz	281 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qdv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qdv_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qdv_full_validation.pdf.gz	433 KB	表示
XML形式データ	9qdv_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	9qdv_validation.cif.gz	50.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qdv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9qbnC 9qdeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant

B: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant

58.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
29.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	150.441, 43.902, 100.123
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 130.867, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Polyester Hydrolase Leipzig 7 (PHL-7), catalysis-deficient S131A mutant 分子量: 29059.285 Da / 分子数: 2 / 変異: Q175E, L210T, D233K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) compost metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AA82WPD4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.73 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.73 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.89→75.72 Å / Num. obs: 292736 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 8.53 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 0.89→0.96 Å / Num. unique obs: 14640 / CC_1/2: 0.633

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.89→32.93 Å / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.6807
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.131	5774	0.98 %
R_work	0.1186	581976	-
obs	0.1187	292736	80.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.89→32.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3938	0	0	840	4778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	4327
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2053	5944
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0893	653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0147	804
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5931	1594

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.89-0.9	0.2593	20	0.2608	1099	X-RAY DIFFRACTION	4.61
0.9-0.91	0.3284	14	0.2633	2215	X-RAY DIFFRACTION	9.13
0.91-0.93	0.2718	30	0.258	3856	X-RAY DIFFRACTION	15.91
0.93-0.94	0.2782	90	0.2635	6345	X-RAY DIFFRACTION	26.45
0.94-0.95	0.2528	99	0.2583	9489	X-RAY DIFFRACTION	39.19
0.95-0.96	0.2489	110	0.2505	12187	X-RAY DIFFRACTION	50.51
0.96-0.98	0.2926	125	0.2483	14577	X-RAY DIFFRACTION	59.84
0.98-0.99	0.2429	168	0.235	16316	X-RAY DIFFRACTION	67.46
0.99-1.01	0.2252	178	0.2145	18246	X-RAY DIFFRACTION	75.59
1.01-1.02	0.2234	237	0.1987	19962	X-RAY DIFFRACTION	82.8
1.02-1.04	0.2226	259	0.1876	21732	X-RAY DIFFRACTION	89.72
1.04-1.06	0.1727	221	0.1808	23006	X-RAY DIFFRACTION	95.24
1.06-1.08	0.1915	245	0.1646	23926	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.08-1.1	0.1643	255	0.1482	24150	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.1-1.13	0.1554	244	0.1349	24102	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.13-1.15	0.1446	292	0.1247	24087	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.15-1.18	0.1258	249	0.1173	23947	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.18-1.21	0.1474	222	0.1114	24007	X-RAY DIFFRACTION	99.27
1.21-1.25	0.1305	186	0.1096	24049	X-RAY DIFFRACTION	99.06
1.25-1.29	0.1305	216	0.1071	23780	X-RAY DIFFRACTION	98.11
1.29-1.34	0.1392	216	0.1007	23748	X-RAY DIFFRACTION	98.2
1.34-1.39	0.1137	245	0.098	24150	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.39-1.45	0.1087	218	0.0945	24272	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.45-1.53	0.1077	276	0.0919	24088	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.53-1.62	0.0908	215	0.0931	24231	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.62-1.75	0.1197	224	0.0988	24165	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.75-1.93	0.106	253	0.1044	24071	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.93-2.2	0.1009	201	0.1081	24169	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.2-2.78	0.1294	288	0.113	23841	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.78-32.93	0.1281	178	0.1203	24163	X-RAY DIFFRACTION	99.66

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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