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- PDB-9qdi: Crystal structure of BF3526 peptidase from Bacteroides fragilis i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qdi
タイトルCrystal structure of BF3526 peptidase from Bacteroides fragilis in complex with a peptide
要素
  • Lipoprotein
  • Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO
キーワードHYDROLASE / IgA protease / peptidase / protease / BF3526 / M64 / metallopeptidase / metalloprotease / antibody / Ig / IgA / Bacteroides / metzincin / nephropathy / IgAN / hinge / complex / substrate / product
機能・相同性
機能・相同性情報


metallopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M64, N-terminal / Peptidase M64, N-terminal domain superfamily / Peptidase M64 N-terminus / Peptidase M64, IgA / IgA Peptidase M64 / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-BUTANEDIOL / HEXANE-1,6-DIOL / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N-PROPANOL / Lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Martinez Gascuena, A. / Marquez-Monino, M.A. / Manzanares-Gomez, A. / Aguillo-Urarte, M. / Trastoy, B.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesMICINN grant (PID2021-122177NA-I00) スペイン
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of Fab-dependent IgA antibody recognition by gut-bacterial metallopeptidases.
著者: Marquez-Monino, M.A. / Martinez Gascuena, A. / Azzam, T. / Persson, A. / Manzanares-Gomez, A. / Aguillo-Urarte, M. / Brown, T.T. / Montero-Sagarminaga, A. / Lood, R. / Naegeli, A. / Connell, ...著者: Marquez-Monino, M.A. / Martinez Gascuena, A. / Azzam, T. / Persson, A. / Manzanares-Gomez, A. / Aguillo-Urarte, M. / Brown, T.T. / Montero-Sagarminaga, A. / Lood, R. / Naegeli, A. / Connell, S.R. / Sastre, D.E. / Sundberg, E.J. / Trastoy, B.
履歴
登録2025年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein
B: Lipoprotein
C: Lipoprotein
D: Lipoprotein
E: Lipoprotein
F: Lipoprotein
G: Lipoprotein
H: Lipoprotein
I: Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO
J: Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO
K: Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO
L: Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,69859
ポリマ－370,79212
非ポリマー2,90547
水24,7171372
1
A: Lipoprotein
C: Lipoprotein
I: Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,40615
ポリマ－92,6983
非ポリマー70812
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5893 Å2
ΔGint-69.3 kcal/mol
Surface area30867 Å2
手法PISA
2
B: Lipoprotein
E: Lipoprotein
K: Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,37414
ポリマ－92,6983
非ポリマー67611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5605 Å2
ΔGint-72.4 kcal/mol
Surface area30985 Å2
手法PISA
3
D: Lipoprotein
H: Lipoprotein
J: Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,39214
ポリマ－92,6983
非ポリマー69411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5756 Å2
ΔGint-73.4 kcal/mol
Surface area31173 Å2
手法PISA
4
F: Lipoprotein
G: Lipoprotein
L: Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,52516
ポリマ－92,6983
非ポリマー82613
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-65.4 kcal/mol
Surface area31095 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.294, 99.435, 103.386
Angle α, β, γ (deg.)74.16, 88.13, 82.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Lipoprotein


分子量: 46148.824 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Initial GA is a expression tag
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)
遺伝子: BF9343_3433 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5L9L3
#2: タンパク質・ペプチド
Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO


分子量: 400.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 8種, 1419分子

#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#9: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 % / 解説: Plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris Bicine pH 8.5, 20% Ethylen glycol, 10% PEG 8000, 0.12 M 1,6-Hexanediol, 0.12 M 1-Butanol, 0.12 M 1,2-Propanediol, 0.12 M 2-Propanol, 0.12 M 1,4-Butanediol, 0.12 M 1,3- Propanediol ...詳細: 0.1 M Tris Bicine pH 8.5, 20% Ethylen glycol, 10% PEG 8000, 0.12 M 1,6-Hexanediol, 0.12 M 1-Butanol, 0.12 M 1,2-Propanediol, 0.12 M 2-Propanol, 0.12 M 1,4-Butanediol, 0.12 M 1,3- Propanediol and VPCPVPSTPP peptide 5 mM. Protein:precipitant ratio 1:1. Protein concentration: 10 mg/ml. Protein buffer: 20mM Tris pH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.939→29.64 Å / Num. obs: 271117 / % possible obs: 96.95 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33.99 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07842 / Rpim(I) all: 0.04963 / Net I/σ(I): 8.67
反射 シェル解像度: 1.94→1.96 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9386 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 8246 / CC1/2: 0.425 / CC star: 0.772 / Rpim(I) all: 0.587 / % possible all: 88.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
FAST_DPデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→29.64 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2127 13524 4.99 %RANDOM
Rwork0.1709 ---
obs0.1729 271073 96.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25694 0 225 1375 27294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126635
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98936152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6369671
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0623887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0114682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.960.33424150.28687852X-RAY DIFFRACTION89
1.96-1.980.31074540.26538618X-RAY DIFFRACTION97
1.98-2.010.31724440.25638502X-RAY DIFFRACTION97
2.01-2.030.2964200.24898628X-RAY DIFFRACTION97
2.03-2.060.28484800.24238551X-RAY DIFFRACTION97
2.06-2.090.2874310.24328541X-RAY DIFFRACTION97
2.09-2.120.28484460.22268694X-RAY DIFFRACTION97
2.12-2.150.26044600.22068613X-RAY DIFFRACTION97
2.15-2.180.29424360.21988558X-RAY DIFFRACTION97
2.18-2.220.26084420.21748670X-RAY DIFFRACTION97
2.22-2.260.2634850.22158554X-RAY DIFFRACTION96
2.26-2.30.25294610.20248619X-RAY DIFFRACTION97
2.3-2.340.254620.19248579X-RAY DIFFRACTION98
2.34-2.390.25135040.1938598X-RAY DIFFRACTION98
2.39-2.440.25264130.19318713X-RAY DIFFRACTION98
2.44-2.50.22644510.19178646X-RAY DIFFRACTION98
2.5-2.560.24764690.1868690X-RAY DIFFRACTION98
2.56-2.630.24344530.18948671X-RAY DIFFRACTION98
2.63-2.710.24284540.18548691X-RAY DIFFRACTION98
2.71-2.80.23584520.1798722X-RAY DIFFRACTION98
2.8-2.90.22374520.1788659X-RAY DIFFRACTION98
2.9-3.010.23364500.17978749X-RAY DIFFRACTION98
3.01-3.150.23464500.18148692X-RAY DIFFRACTION98
3.15-3.310.22484240.17768712X-RAY DIFFRACTION98
3.31-3.520.19544750.16068594X-RAY DIFFRACTION97
3.52-3.790.18454700.15528547X-RAY DIFFRACTION97
3.79-4.170.18414320.13818554X-RAY DIFFRACTION96
4.17-4.780.15434670.1238522X-RAY DIFFRACTION97
4.78-6.010.16624400.13198497X-RAY DIFFRACTION96
6.01-29.640.17564320.15318313X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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