PDB-9qd8: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qd8

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 29a

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / Inhibitor / complex / FKBP

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Meyners, C. / Brudy, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Linker Modification Enables Control of Key Functional Group Orientation in Macrocycles.
著者: Brudy, C. / Ruijsenaars, E. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Spiske, M. / Buffa, V. / Springer, M. / Repity, M. / Weller, A. / Haferkamp, U. / Pless, O. / Muschong, P. / Miltner, ...

履歴

登録	2025年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb9qd8.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	9qd8_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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CIF形式データ	9qd8_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qd8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9qd7C 9qd9C 9qdaC 9qdbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.919, 48.919, 196.163
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1I53 / (2~{S},9~{S},12~{S})-2-cyclohexyl-19,22-dimethoxy-12-methyl-11,14,17-trioxa-4-azatricyclo[16.2.2.0^{4,9}]docosa-1(21),18(22),19-triene-3,10-dione 分子量: 489.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₉NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG3350, 0.1 HEPES-NaOH pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate 10% Glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→49.04 Å / Num. obs: 18036 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 13.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.94-49.04	8	0.033	35.6	282	1	0.015	0.036	0.65	99
2.05-2.11	10.9	1.339	2	1348	0.718	0.61	1.473	1.03	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→38.922 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 12.511 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2651	874	4.863 %
R_work	0.2107	17098	-
all	0.213	-	-
obs	-	17972	99.917 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.018 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.755 Å²	-0.378 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.755 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.451 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→38.922 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1890	0	70	61	2021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.198	1.827	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.717	1.744	4338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.791	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.607	13.571	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.243	10	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.984	10	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.095	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.015	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.469	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.15	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.076	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.368	2.867	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.358	2.866	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.356	5.143	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.355	5.143	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.662	3.013	984
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.66	3.012	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.114	5.437	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.112	5.436	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.797	28.533	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.801	28.51	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.118	0.05	3572

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11842	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11842	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.05-2.103	0.309	58	0.292	1205	0.293	1263	0.918	0.929	100	0.286
2.103-2.161	0.325	50	0.28	1235	0.281	1285	0.905	0.94	100	0.271
2.161-2.223	0.3	61	0.249	1192	0.252	1253	0.949	0.956	100	0.235
2.223-2.291	0.289	68	0.233	1105	0.236	1173	0.949	0.963	100	0.217
2.291-2.366	0.299	41	0.233	1106	0.235	1147	0.938	0.965	100	0.216
2.366-2.449	0.248	58	0.207	1099	0.209	1157	0.961	0.973	100	0.188
2.449-2.541	0.307	52	0.205	1025	0.21	1077	0.937	0.973	100	0.184
2.541-2.644	0.296	47	0.222	992	0.225	1039	0.947	0.969	100	0.201
2.644-2.761	0.253	51	0.246	962	0.246	1013	0.958	0.961	100	0.225
2.761-2.895	0.327	49	0.255	931	0.259	980	0.934	0.952	100	0.237
2.895-3.051	0.312	61	0.252	882	0.256	943	0.929	0.953	100	0.237
3.051-3.235	0.322	55	0.223	805	0.228	864	0.918	0.968	99.537	0.214
3.235-3.456	0.256	48	0.214	778	0.217	827	0.959	0.971	99.8791	0.212
3.456-3.731	0.22	20	0.215	761	0.215	781	0.973	0.976	100	0.213
3.731-4.083	0.239	39	0.202	693	0.204	732	0.962	0.976	100	0.208
4.083-4.559	0.194	33	0.166	612	0.168	647	0.978	0.983	99.6909	0.179
4.559-5.252	0.193	24	0.153	571	0.155	596	0.972	0.985	99.8322	0.169
5.252-6.403	0.299	26	0.2	483	0.205	509	0.95	0.978	100	0.217
6.403-8.936	0.304	19	0.178	407	0.183	426	0.962	0.983	100	0.203
8.936-38.922	0.232	14	0.234	254	0.234	271	0.976	0.95	98.893	0.272

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5088	0.0078	0.1464	3.398	0.0623	4.1472	-0.1713	0.0656	0.3816	-0.041	0.036	-0.2564	-0.1525	0.1044	0.1353	0.044	-0.0431	-0.0052	0.1299	-0.0408	0.0833	-8.9318	16.1262	28.6739
2	4.0797	-1.3162	0.1912	4.7163	-0.4747	3.5676	-0.0098	-0.0932	-0.0417	-0.2865	0.1624	0.6184	0.1794	0.0175	-0.1526	0.1148	-0.0731	0.0027	0.0555	-0.0165	0.1135	-18.5149	0.6059	2.9168

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Bp	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Ap	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)