PDB-9qd7: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qd7

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 15a

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / Inhibitor / complex / FKBP

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.264 Å

データ登録者

Meyners, C. / Brudy, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Linker Modification Enables Control of Key Functional Group Orientation in Macrocycles.
著者: Brudy, C. / Ruijsenaars, E. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Achaq, H. / Spiske, M. / Buffa, V. / Springer, M. / Repity, M. / Weller, A. / Haferkamp, U. / Pless, O. / Muschong, P. / Miltner, ...

履歴

登録	2025年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	9qd7_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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CIF形式データ	9qd7_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qd7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qd7	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.845, 48.845, 194.586
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 14 - 137 / Label seq-ID: 2 - 125

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1I5X / (2~{S},9~{S})-2-cyclohexyl-19,22-dimethoxy-11,14,17-trioxa-4-azatricyclo[16.2.2.0^{4,9}]docosa-1(21),18(22),19-triene-3,10-dione 分子量: 475.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₇NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG3350, 0.1 HEPES-NaOH pH 7.5, 0.2 M ammonium thiocyanate 10% Glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.26→48.65 Å / Num. obs: 13352 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.158 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.06-48.65	7.2	0.08	20.8	271	0.997	0.037	0.088	1.12	99.5
2.26-2.34	10.8	1.608	1.8	1199	0.621	0.735	1.771	0.93	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.264→41.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 25.943 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.351 / ESU R Free: 0.276 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3193	589	4.428 %
R_work	0.2683	12712	-
all	0.271	-	-
obs	-	13301	99.805 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.982 Å²	-0.491 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.982 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.187 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.264→41.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1724	0	68	0	1792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.229	1.832	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.202	1.789	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.854	5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.161	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.546	10	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.815	10	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.5	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	372
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.098	0.2	957
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.074	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.205	2.744	991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.204	2.744	991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.681	4.939	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.679	4.937	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.031	2.761	845
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.029	2.761	846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.516	5.049	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.514	5.048	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.283	25.74	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.282	25.737	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.1	0.05	3072

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09982	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09982	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.264-2.323	0.35	29	0.366	928	0.366	965	0.913	0.898	99.171	0.359
2.323-2.386	0.392	45	0.308	872	0.312	917	0.871	0.922	100	0.298
2.386-2.455	0.429	41	0.328	869	0.332	910	0.889	0.927	100	0.313
2.455-2.531	0.27	38	0.285	846	0.285	884	0.957	0.936	100	0.262
2.531-2.613	0.402	39	0.257	806	0.263	846	0.896	0.947	99.8818	0.236
2.613-2.705	0.314	24	0.266	823	0.268	847	0.941	0.949	100	0.248
2.705-2.806	0.364	35	0.264	765	0.268	800	0.893	0.949	100	0.244
2.806-2.92	0.348	24	0.28	752	0.282	776	0.932	0.944	100	0.262
2.92-3.049	0.333	31	0.277	733	0.279	765	0.922	0.945	99.8693	0.262
3.049-3.197	0.384	34	0.263	670	0.269	704	0.913	0.947	100	0.255
3.197-3.369	0.366	30	0.276	659	0.28	689	0.929	0.95	100	0.271
3.369-3.572	0.295	41	0.275	608	0.276	649	0.951	0.956	100	0.276
3.572-3.817	0.361	26	0.252	596	0.256	622	0.916	0.964	100	0.254
3.817-4.12	0.191	33	0.228	540	0.226	574	0.97	0.967	99.8258	0.236
4.12-4.508	0.233	34	0.207	508	0.208	544	0.961	0.972	99.6324	0.223
4.508-5.033	0.295	26	0.204	454	0.209	487	0.952	0.972	98.5626	0.227
5.033-5.797	0.346	25	0.269	408	0.274	433	0.96	0.951	100	0.295
5.797-7.066	0.483	15	0.324	392	0.329	407	0.852	0.939	100	0.355
7.066-9.85	0.269	12	0.292	286	0.291	301	0.958	0.95	99.0033	0.365
9.85-41.37	0.531	7	0.369	197	0.372	205	0.814	0.889	99.5122	0.563

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.9971	-0.165	1.7296	4.1199	-0.1711	3.9029	0.3896	0.2444	-0.5814	-0.264	-0.185	0.5525	0.2245	0.1463	-0.2047	0.2535	0.1237	0.0715	0.0619	0.0189	0.2004	-9.27	-14.9631	-29.3805
2	3.647	1.2202	-0.5762	5.234	-0.2317	4.8252	-0.1618	-0.0978	0.5375	-0.2331	-0.1868	0.2128	-0.032	-0.0852	0.3486	0.2234	-0.036	0.1364	0.0757	-0.0853	0.262	-18.4713	0.1084	-3.9447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Bp	14 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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