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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9q84 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Lotus japonicus CHIP13 extracellular domain in complex with chitooctaose | ||||||||||||
![]() | LysM type receptor kinase | ||||||||||||
![]() | PLANT PROTEIN / LysM / Chitin / Plant immunity | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Gysel, K. / Andersen, K.R. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for size-selective perception of chitin in plants 著者: Gysel, K. / Hansen, S.B. / Ruebsam, H. / Alsarraf, H.M.A.B. / Madland, E. / Cheng, J.X.J. / Baadegaard, C. / Poulsen, E.C. / Vinther, M. / Fort, S. / Stougaard, J. / Andersen, K.R. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 27115.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: D3KU00 |
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-糖 , 4種, 5分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
-非ポリマー , 3種, 223分子 




#6: 化合物 | ChemComp-IMD / | ||
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#7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41→48.22 Å / Num. obs: 86273 / % possible obs: 94.32 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 22.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06422 / Rpim(I) all: 0.04014 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 7.96 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.9979 / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 2307 / CC1/2: 0.316 / CC star: 0.693 / Rpim(I) all: 0.7904 / Rrim(I) all: 1.283 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.41→48.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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