[日本語] English
万見
- PDB-9h39: Crystal structure of Lotus japonicus CHIP13 extracellular domain ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h39
タイトルCrystal structure of Lotus japonicus CHIP13 extracellular domain in complex with a nanobody
要素
  • LysM type receptor kinase
  • anti-LYS13 VHH
キーワードPLANT PROTEIN / Nanobody / LysM / VHH / plant immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / NFP/LYK LysM1 domain / LYK4/5 LysM3 domain / LYK3/4/5 LysM2 domain / : / Lysin motif / LysM domain profile. / LysM domain ...: / : / : / NFP/LYK LysM1 domain / LYK4/5 LysM3 domain / LYK3/4/5 LysM2 domain / : / Lysin motif / LysM domain profile. / LysM domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LysM type receptor kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lotus japonicus (エボシグサ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Gysel, K. / Andersen, K.R.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
The Carlsberg FoundationCF21-0139 デンマーク
Danish Council for Independent Research3103-00137B デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0071300 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for size-selective perception of chitin in plants
著者: Gysel, K. / Hansen, S.B. / Ruebsam, H. / Alsarraf, H.M.A.B. / Madland, E. / Cheng, J.X.J. / Baadegaard, C. / Poulsen, E.C. / Vinther, M. / Fort, S. / Stougaard, J. / Andersen, K.R.
履歴
登録2024年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LysM type receptor kinase
B: LysM type receptor kinase
C: anti-LYS13 VHH
D: anti-LYS13 VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,21311
ポリマ－79,0324
非ポリマー3,1817
水10,485582
1
A: LysM type receptor kinase
C: anti-LYS13 VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0975
ポリマ－39,5162
非ポリマー1,5813
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LysM type receptor kinase
D: anti-LYS13 VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1156
ポリマ－39,5162
非ポリマー1,5994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.900, 55.090, 109.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 / 抗体 / 非ポリマー , 3種, 586分子 ABCD

#1: タンパク質 LysM type receptor kinase


分子量: 25008.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 遺伝子: LYS13 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3KU00
#2: 抗体 anti-LYS13 VHH


分子量: 14507.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 5種, 7分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M sodium acetate 0.1 M Bis Tris propane 7.5 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→49.08 Å / Num. obs: 94949 / % possible obs: 98.53 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 37.01 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05647 / Rpim(I) all: 0.02371 / Rrim(I) all: 0.06138 / Net I/σ(I): 11.74
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 3.452 / Num. unique obs: 4915 / CC1/2: 0.364 / CC star: 0.731 / Rpim(I) all: 1.391 / Rrim(I) all: 3.726

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66→49.08 Å / SU ML: 0.3133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.5763
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 2636 2.79 %
Rwork0.1823 91966 -
obs0.1835 94602 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→49.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5271 0 210 582 6063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00285751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67697890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0474958
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481004
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.79842373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.690.5061320.46094629X-RAY DIFFRACTION95.11
1.69-1.720.42521390.43084810X-RAY DIFFRACTION97.31
1.72-1.760.42191380.41664713X-RAY DIFFRACTION97.88
1.76-1.80.41731380.4084785X-RAY DIFFRACTION98.13
1.8-1.840.42681380.35144819X-RAY DIFFRACTION98.12
1.84-1.880.36891380.29424798X-RAY DIFFRACTION98.41
1.88-1.930.29851370.25194778X-RAY DIFFRACTION98.58
1.93-1.990.21241370.23014832X-RAY DIFFRACTION98.57
1.99-2.060.26121410.22114847X-RAY DIFFRACTION98.71
2.06-2.130.26171370.22074848X-RAY DIFFRACTION98.87
2.13-2.210.23841380.20174864X-RAY DIFFRACTION99.11
2.21-2.320.25511400.19934851X-RAY DIFFRACTION98.99
2.32-2.440.25791380.19624844X-RAY DIFFRACTION99.14
2.44-2.590.21811410.19674891X-RAY DIFFRACTION99.19
2.59-2.790.24271400.20294878X-RAY DIFFRACTION99.37
2.79-3.070.22171420.18364905X-RAY DIFFRACTION99.33
3.07-3.510.23761390.17394928X-RAY DIFFRACTION99.49
3.52-4.430.19591390.1444919X-RAY DIFFRACTION99.23
4.43-49.080.16771440.14295027X-RAY DIFFRACTION98.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.800834318161.429449205745.575287818718.851403381121.890664656599.596999145430.1678153981740.107363591084-0.3213918119650.513658794879-0.142918001964-0.6702615875470.8981870834090.723879171499-0.01498746369350.3699098177020.0802071256693-0.02464188064440.2886681566560.01687054804640.253993075594-3.9365962584-14.1394814105-23.8178348456
22.07926587522-0.8645236176990.9002687061062.67211105826-1.948395487967.652262576240.1502252892110.29107791125-0.121800236138-0.06395665214180.00274348045460.03192046285130.517613883342-0.178436147246-0.1527138471840.3210062804340.00322802480915-0.006095555711380.339154754478-0.044228243540.268960004496-12.9043069949-13.634501926-42.4872527767
37.01083173432-2.18960764064-4.656840316576.452230054655.69818768397.13556712723-0.04631554170480.6931751697770.0601786549632-0.3233897254270.0644478105661-0.4502008392330.0172293547210.865672869356-0.01217442918750.3032760679060.0708386971262-0.006417198172690.6438117568280.04502960436460.3952036177574.52714696273-9.92155847459-39.758058799
44.149357968941.49212052254-1.090414069135.10379898764-0.372552206452.735398060010.02713400903990.319927780048-0.2983095211780.0292921818073-0.0494081819702-1.177060032420.4870957717691.291273650.06386780337670.393781138450.165933116359-0.01576240083930.653524781389-0.02226879497960.4878372350363.21631633001-15.7476280844-37.4971149617
52.658053426270.614314049737-0.676927260162.28473004146-0.6455530156073.96646204542-0.0001137084930010.244201509063-0.3277111576410.04735522087530.04127945961690.2599380933190.765273506595-0.6247161254810.09619971675280.471539237621-0.0906595387559-0.04119386425830.37044443044-0.009143124406020.314294518437-17.780962399-18.9702672691-33.3083703808
67.057516037291.670062020582.974719259353.571906783710.6698381427798.08026016957-0.0441968038132-0.1431373288590.2587971746230.243340945248-0.06486046919140.368025543442-0.0488855455589-1.017591630890.09674262138480.3393356963340.04409910951170.04452333479540.3978913109830.0008463867951460.330373418284-20.4469692793-7.99531289905-27.0601437288
77.999781505141.31227432734.541713760876.03474017295-1.695947277623.98733728416-0.0990802799810.66512328253-0.122182511006-0.449127279502-0.01051239795030.5033895536580.536714643644-0.4121379226760.1120014168390.3323787056860.001644781161030.02335748929220.459869718429-0.04935269398010.336203097767-14.9065927594-11.3318580414-85.3739097938
82.14329291940.3249844479940.5193144532761.597069407781.136885077677.340612867650.0688229263378-0.270063708039-0.2203087512370.137132302274-0.0437256879619-0.02569781253470.5537093597240.344606468251-0.05894299385850.3201385471640.05898817112010.03615347031090.394619884570.05463346062220.330249022371-6.42810950199-13.8910830472-66.5392191384
92.202823110943.35969595349-4.187567865076.21103112648-6.775389823288.15265144718-0.102242918008-0.4317147756630.2286967834350.4769245889630.1965019619960.415133935377-0.62001296877-0.531878021899-0.1403876981360.3249051313730.07998175274190.0347915540750.672469551077-0.01922783955950.408430121063-22.4508067095-6.17214916673-69.1496692881
106.53034412464-0.674273258297-0.6584301439152.83415817571-0.0679054240445.96167212354-0.0166144661692-0.199538371819-0.448653930306-0.0978739976663-0.03724205316750.2717394640420.619246435288-0.1662158195110.1134837387030.2968846939790.00295199353426-0.01468797146750.303801110240.008933568793030.250000623531-11.5782991229-14.6406440011-74.4234980697
114.3925957252-2.061027840841.2350737243.86052034449-1.640244355622.554996119390.2869537499060.5890892169080.183290502927-0.479731168201-0.380041734145-0.6100698680370.4521481301621.234988797880.04323310767030.362317082790.1228277476270.08291027917450.7131120691270.01579346636410.4018680205052.00304571089-9.62535438467-85.2030309918
126.378667647720.08395041520992.572340644233.39788901007-0.8866890599493.946960773420.298312304168-0.02973306934720.4892344132830.0636245825181-0.241048958487-0.362511784934-0.7308869869441.57273729386-0.1598115650090.4023375088050.06393520315050.07516315311430.8338400896880.02126044298850.4545503232925.18113716179-11.2957549931-73.4821805645
134.50580300779-0.8268488755414.176547012726.969781511951.280593437574.51985436955-0.19877317744-0.7017373641160.4458014618771.000796263160.4195861214680.22292854331-2.64580099435-2.03601618214-0.106567788630.4617232413510.110054212410.04051398380520.4723500161770.02429481397280.539956567435-13.16881070910.516659451097-9.35271075144
147.05778146902-6.383228905615.738505523765.77927862035-5.214124165144.70908011543-0.363822021255-1.99812459437-0.4075216321871.281987413380.8390387854560.1795446749730.665738112263-0.746911486793-0.3145482479160.702500190552-0.009592614575180.04185519438290.714707076570.04687484812990.391862970989-6.74804720691-5.3918480723912.8536013491
152.83948847989-0.5947425093452.429835330930.142930197015-0.9567829476699.720411401940.0004056054422720.006377433859960.05587336549750.01051073791110.02069391295470.0447750392079-0.350657077835-0.1830675132130.01354791135570.38902933605-0.015687266117-0.002928190957360.198035744657-0.003573387835450.347156353731-7.40981589696-3.52946839278-11.8413283127
161.783547623050.6925048615690.2353847325039.69821939096.64398337564.772646641120.107597667233-0.2055658111420.07909545606580.0497535298343-0.1424498169770.4468140601210.1684133920580.1826913094060.01607519857190.437151816577-0.05307633278710.008366662327290.245711117612-0.005819566053570.311512332175-1.702330762266.066964940450.942553405332
175.59673426502-3.87340813966-4.221689599664.227443693883.959393964314.323901007110.0723307250553-0.030153490692-0.0279898623918-0.8482337676880.341365441576-0.778430588954-0.4904446209691.1380561765-0.2435717264490.4868685108680.0542936744268-0.01817652009970.3127493801860.03779396411330.3767607409913.28214791905-3.95287042567-8.51457863821
187.32345551240.01949419218530.8780752995244.006564911984.729746768785.625812982920.0128588727964-0.5483879673490.9779614929390.4068112071140.476120974518-1.42954865108-0.2385830909331.88559062609-0.5268853674710.422602633115-0.0121221379-0.08373878031440.581836660277-0.06902696965950.5150568263157.71352709783-2.14865277507-0.045911755532
196.49441085553-0.2197214498763.302272881464.217682648662.450163301273.8337964597-0.109098947325-0.327789263048-0.1712334648050.1695285318740.0612654990598-0.1081622514410.798295244918-0.003509900158940.02858717318480.412992663360.01876179641150.003734842966370.2621562636910.06768796818250.340868471074-2.16947775076-8.33162515496-3.78819344563
201.73030357732-0.545176515473-0.7161402647124.13218372325-2.21654396752.387194449180.0211826316355-0.3178801899980.1441849518790.466352638309-0.171980034115-0.2075937573160.07731581916980.9220612058750.1154955346260.369542107814-0.0381153621932-0.03386706341330.343358370597-0.02829419058810.365249575266-2.752709089551.168963686820.777140079582
212.22053254824-0.834242284193-2.279680474534.249343507963.950148962178.33197236298-0.07051811623170.2035818854160.0380116357077-0.4599911664940.105415552076-0.241280047524-0.534148937675-0.110809561487-0.1312546547170.395799543657-0.0383618721452-0.01374614595530.1999545825960.03509794787540.394917511317-4.853107082365.16286353859-17.4502115192
224.70380959302-4.184247739634.689103779053.88284379024-4.474223198775.052058264320.0372329485241-1.579986883180.08232172845710.9693923691160.161966944548-0.262797046631-0.3688898762860.99039644921-0.1799015970590.542998817135-0.0975973080035-0.02008090238340.811419888567-0.01931148568180.383946161721-6.53885887580.20244395109312.6924323018
232.40771507492-0.8660719108483.110306150041.4051473568-1.477350606868.225836600020.07072094367490.6069943032560.327024868227-0.238624289806-0.2100456312260.005167332865990.02368411306640.8300755311640.1165295689870.3846376286170.04172634686550.03411267648990.596525080930.03602391268390.378323654662-7.816583389080.201402713024-103.154516721
248.346462996880.1556408603720.04553340115032.6697443964-2.467884638698.713744392640.4615428859770.07599421307260.668850765331-0.0792303065991-0.1103817480020.695886472572-1.28286664193-1.34831225454-0.3174226177910.7321927374960.287173483840.009860419479970.850982372121-0.004925669276780.525832860919-15.87357793948.58097564685-105.114168263
251.64950733601-0.3806813273710.2362107953630.893717419079-0.9783012260678.11350501345-0.0112431577390.4675518694420.207840835644-0.1196813014470.06213938549290.287915130684-0.467993830313-0.727094096174-0.03377673288930.4212941415420.06182921108160.01375775368050.5690037278140.0391197236120.391870214517-12.11217232324.22046673005-101.859401802
264.805607403882.97236592977-4.3126366042810.0234126367-2.666476281143.88802133405-0.2093707310231.20600467294-0.204006628803-1.17113284475-0.1208820898260.726558704216-0.002178132619961.33029067580.1648463942110.6658209130040.0609782628747-0.04118687940761.025329951310.06417351478630.399619335615-7.715785130485.5651409076-122.653321146
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-IDEnd PDB ins codeBeg PDB ins code
11chain 'A' and (resid 34 through 48 )AA34 - 482 - 16
22chain 'A' and (resid 49 through 130 )AA49 - 13017 - 98
33chain 'A' and (resid 131 through 143 )AA131 - 14399 - 111
44chain 'A' and (resid 144 through 170 )AA144 - 170112 - 138
55chain 'A' and (resid 171 through 197 )AA171 - 197139 - 165
66chain 'A' and (resid 198 through 248 )AA198 - 248166 - 216
77chain 'B' and (resid 34 through 48 )BI34 - 482 - 16
88chain 'B' and (resid 49 through 130 )BI49 - 13017 - 98
99chain 'B' and (resid 131 through 143 )BI131 - 14399 - 111
1010chain 'B' and (resid 144 through 203 )BI144 - 203112 - 171
1111chain 'B' and (resid 204 through 234 )BI204 - 234172 - 202
1212chain 'B' and (resid 235 through 250 )BI235 - 250203 - 218
1313chain 'C' and (resid 1 through 7 )CJ1 - 71 - 7
1414chain 'C' and (resid 8 through 17 )CJ8 - 178 - 17
1515chain 'C' and (resid 18 through 33 )CJ18 - 3318 - 33
1616chain 'C' and (resid 34 through 45 )CJ34 - 4534 - 45
1717chain 'C' and (resid 46 through 56 )CJ46 - 5646 - 56
1818chain 'C' and (resid 57 through 63 )CJ57 - 6357 - 63
1919chain 'C' and (resid 64 through 82A )CJ64 - 8264 - 82A
2020chain 'C' and (resid 82B through 97 )CJ82 - 9783 - 100B
2121chain 'C' and (resid 98 through 111 )CJ98 - 111101 - 114
2222chain 'C' and (resid 112 through 119 )CJ112 - 119115 - 122
2323chain 'D' and (resid 1 through 33 )DK1 - 331 - 33
2424chain 'D' and (resid 34 through 63 )DK34 - 6334 - 63
2525chain 'D' and (resid 64 through 111 )DK64 - 11164 - 114
2626chain 'D' and (resid 112 through 120 )DK112 - 120115 - 123

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る