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- PDB-9q83: Crystal structure of Lotus japonicus CHIP13 in complex with chito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9q83
タイトルCrystal structure of Lotus japonicus CHIP13 in complex with chitooctaose
要素LysM type receptor kinase
キーワードPLANT PROTEIN / LysM / Chitin / Plant immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


response to other organism / protein kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / NFP/LYK LysM1 domain / LYK4/5 LysM3 domain / : / : / LYK3/4/5 LysM2 domain / Lysin motif / LysM domain profile. / LysM domain ...: / : / NFP/LYK LysM1 domain / LYK4/5 LysM3 domain / : / : / LYK3/4/5 LysM2 domain / Lysin motif / LysM domain profile. / LysM domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IMIDAZOLE / LysM type receptor kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lotus japonicus (エボシグサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Gysel, K. / Andersen, K.R.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
The Carlsberg FoundationCF21-0139 デンマーク
Danish Council for Independent Research3103-00137B デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0071300 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for size-selective perception of chitin in plants
著者: Gysel, K. / Hansen, S.B. / Ruebsam, H. / Alsarraf, H.M.A.B. / Madland, E. / Cheng, J.X.J. / Baadegaard, C. / Poulsen, E.C. / Vinther, M. / Fort, S. / Stougaard, J. / Andersen, K.R.
履歴
登録2025年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysM type receptor kinase
E: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,83218
ポリマ－54,2322
非ポリマー7,60016
水5,639313
1
A: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,07810
ポリマ－27,1161
非ポリマー3,9629
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7548
ポリマ－27,1161
非ポリマー3,6387
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.786, 70.751, 91.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.935, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AE

#1: タンパク質 LysM type receptor kinase


分子量: 27115.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 遺伝子: LYS13 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3KU00

-
糖 , 5種, 10分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1643.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 319分子

#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.31 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.15M LiSO4, 0.075 M NaAc pH 4.5 22.5% PEG-8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→80.398 Å / Num. obs: 25349 / % possible obs: 51.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 23.03 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.256 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.024→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1267 / CC1/2: 0.597 / Rpim(I) all: 0.494 / Rrim(I) all: 1.312

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→64.2 Å / SU ML: 0.2298 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9185
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 1289 5.09 %
Rwork0.205 24047 -
obs0.207 25336 50.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→64.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3361 0 509 313 4183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00314011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75315502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0533746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.03852018
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.090.258640.2837121X-RAY DIFFRACTION2.25
2.1-2.190.3474250.2952432X-RAY DIFFRACTION8.24
2.19-2.310.3539330.2811730X-RAY DIFFRACTION13.73
2.31-2.450.2694640.27931212X-RAY DIFFRACTION23.08
2.45-2.640.33861120.28621999X-RAY DIFFRACTION37.91
2.64-2.910.30922020.27233731X-RAY DIFFRACTION70.09
2.91-3.330.29232750.23345079X-RAY DIFFRACTION96.19
3.33-4.190.23422850.185348X-RAY DIFFRACTION99.81
4.19-64.20.18142890.16485395X-RAY DIFFRACTION99.58
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59564485942-0.7048095370230.1059154332991.129452267710.0879172692790.170729809411-0.0685146390458-0.124377367077-0.1119985555970.2210117351520.187638520040.278039915511-0.0784716063491-0.234712208755-0.1740451727720.2546508153950.185089278230.06714081189860.3423592538410.1492342206260.288125392471-34.292265403223.67138161420.6880451789
20.91515113573-0.0294183067698-0.6634883314180.552944515955-0.3739535643261.223590269410.0412138567380.1437029976030.03697160406040.1128222441080.00276343976099-0.00630219837566-0.103838854068-0.177547954881-0.02870332422630.04557179620320.0399877232434-0.04935584788030.05258437206230.01143823714630.112934239028-17.548535084517.039042890216.7515244248
30.815162626716-0.1141728966881.042284317531.3414454134-1.26240876944.986201365920.1635338457950.101781460691-0.08762435818050.0361706944734-0.03398756271560.07109334903010.347935499653-0.230491099529-0.1788819831870.0580586813329-0.0192450270345-0.06817884394340.1171390594970.01842385219370.203675581461-25.467974127610.681106261823.1592288109
42.19562204723-0.4216447844541.30909474692.685006762590.3710854919025.496729702210.06954963283440.2936890792780.219923117307-0.1369393343590.02579470731320.246373721503-0.21586758341-0.191514777040.002583624245520.1263633256740.123011787830.05467161091220.2941117673450.1353581209610.198986326714-23.874943942126.67359752174.88111554475
50.805596140014-0.4835887934220.09156149405190.347749389435-0.02166045865660.2311030575660.09560450937780.1761259215520.1628584882630.002841694255020.00447937073816-0.0542643392605-0.130624282419-0.124145335856-0.01390465945550.4023324138370.2850723188630.1133217181170.4365417446330.2112826166740.427781067592-27.292908753933.5770482068.75085638297
67.07082575234-0.710763680514-2.934038989441.96252717745-1.631203791174.98384211107-0.0109335731527-0.298274586880.4399806867390.150988073206-0.131208142798-0.28626848602-0.3126930698480.3272012886760.2187779849380.2282442052020.1315506397830.02306267936490.300124242470.1429919468130.251802838597-16.563314534828.66708252986.35194969039
71.03265304034-0.64103476563-0.2409910859630.4970234075180.3577413779990.498401373777-0.108890280029-0.147997110031-0.5139691654690.028607539362-0.05565590683270.2658892841170.2095952897590.1891066201770.06657392107910.1968406297420.1548962680760.05796439013730.3929965078060.1214640998710.333330519079-52.706319682330.070416823117.5350267438
81.72013600886-1.24303496179-0.4274124893121.480285424220.1223708540591.59317535927-0.153639199723-0.373370662793-0.2730368077670.1221455456510.001529619836920.01563988565430.1407286463470.1847625342980.1188378454530.05781408606050.0112455907263-0.01445379190040.1397708685440.04402459689460.140226457626-66.173309214440.41024039522.061097032
95.01799924259-0.08073683218481.453909457731.73005905786-1.942898475723.91470947878-0.255041035543-0.2592845947150.1280780657870.3008236290760.0359854676129-0.134347572619-0.3021106642030.1496076212170.2420155833730.07963552269750.035729291444-0.04427128517050.199151588814-0.002322342150630.0977328056595-54.198740113147.349942794710.2382589361
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 34 through 48 )AA34 - 482 - 16
22chain 'A' and (resid 49 through 157 )AA49 - 15717 - 125
33chain 'A' and (resid 158 through 182 )AA158 - 182126 - 150
44chain 'A' and (resid 183 through 203 )AA183 - 203151 - 171
55chain 'A' and (resid 204 through 234 )AA204 - 234172 - 202
66chain 'A' and (resid 235 through 251 )AA235 - 251203 - 219
77chain 'E' and (resid 34 through 69 )EQ34 - 692 - 37
88chain 'E' and (resid 70 through 130 )EQ70 - 13038 - 98
99chain 'E' and (resid 131 through 143 )EQ131 - 14399 - 111
1010chain 'E' and (resid 144 through 203 )EQ144 - 203112 - 171
1111chain 'E' and (resid 204 through 234 )EQ204 - 234172 - 202
1212chain 'E' and (resid 235 through 250 )EQ235 - 250203 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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