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万見
- PDB-9q33: Cereblon Ternary Complex with Blimp1 and compound 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9q33
タイトルCereblon Ternary Complex with Blimp1 and compound 5
要素
  • PR domain zinc finger protein 1
  • Protein cereblon
キーワードLIGASE / Liganded Cereblon Ligase Substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of extrathymic T cell differentiation / regulation of NK T cell differentiation / sebum secreting cell proliferation / retinal bipolar neuron differentiation / morphogenesis of a branching structure / regulation of natural killer cell differentiation / maternal placenta development / trophoblast giant cell differentiation / Specification of primordial germ cells / eye photoreceptor cell development ...regulation of extrathymic T cell differentiation / regulation of NK T cell differentiation / sebum secreting cell proliferation / retinal bipolar neuron differentiation / morphogenesis of a branching structure / regulation of natural killer cell differentiation / maternal placenta development / trophoblast giant cell differentiation / Specification of primordial germ cells / eye photoreceptor cell development / histone methyltransferase binding / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / intestinal epithelial cell development / heart valve development / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / coronary vasculature development / Regulation of TP53 Expression / artery morphogenesis / ventricular septum development / aorta development / limb development / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / germ cell development / locomotory exploration behavior / cell fate commitment / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / post-embryonic development / kidney development / promoter-specific chromatin binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / methylation / gene expression / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response / transmembrane transporter binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PR domain zinc finger protein 1 / PRDM1, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / C2H2-type zinc finger / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. ...PR domain zinc finger protein 1 / PRDM1, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / C2H2-type zinc finger / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain profile. / SET domain superfamily / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PR domain zinc finger protein 1 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Watson, E.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2025
タイトル: Discovery and Characterization of Novel BLIMP-1 Heterobifunctional Ligand-Directed Degraders.
著者: Bryan J Simmons / Lynda Groocock / Jesus Moreno / David S Peters / Meredith E Hughes / Vijay Veeravalli / Jennifer M Crawford / Matthew Chalkley / Mark Griffith / Melissa Plooster / Bo Hu / ...著者: Bryan J Simmons / Lynda Groocock / Jesus Moreno / David S Peters / Meredith E Hughes / Vijay Veeravalli / Jennifer M Crawford / Matthew Chalkley / Mark Griffith / Melissa Plooster / Bo Hu / Jim Gamez / Jim Leisten / Michael J Barnes / Jason Chinn / Gauri Deb / Hardik Modi / Madhu Katepalli / Dahlia Weiss / Walter Won / Zhenghang Sun / Shan Yu / Cameron Reid / Andrew F Donnell / Ling Li / Edmond R Watson / Sophie Perrin-Ninkovic / Lihong Shi / Rama Krishna Narla / Christoph W Zapf / Neil Bence / Antonia Lopez-Girona / Jennifer R Riggs /
要旨: B-lymphocyte-induced maturation protein 1 (BLIMP-1/PRDM1) is a master transcriptional repressor essential for terminal differentiation of activated B-cells into bone-marrow resident plasma cells. ...B-lymphocyte-induced maturation protein 1 (BLIMP-1/PRDM1) is a master transcriptional repressor essential for terminal differentiation of activated B-cells into bone-marrow resident plasma cells. Multiple myeloma (MM) is a plasma cell malignancy wherein the BLIMP-1 regulon remains critical to support basal cell functions, such as an elevated metabolic state and immunoglobulin production that underlie disease manifestation and tumor cell proliferation. It is predicted that perturbation of BLIMP-1 will significantly impact tumor cell homeostasis and ultimately reduce MM cell survival. Herein, we describe the discovery and optimization of the first orally bioavailable BLIMP-1 heterobifunctional ligand-directed degrader (LDD) and demonstration of the expected antitumor response and immunomodulatory biology following BLIMP-1 degradation using preclinical in vivo MM models.
履歴
登録2025年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PR domain zinc finger protein 1
B: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3114
ポリマ－72,4692
非ポリマー8422
水00
1
A: PR domain zinc finger protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8661
ポリマ－21,8661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
2
B: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4463
ポリマ－50,6041
非ポリマー8422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 PR domain zinc finger protein 1 / BLIMP-1 / Beta-interferon gene positive regulatory domain I-binding factor / PR domain-containing ...BLIMP-1 / Beta-interferon gene positive regulatory domain I-binding factor / PR domain-containing protein 1 / Positive regulatory domain I-binding factor 1 / PRDI-BF1 / PRDI-binding factor 1


分子量: 21865.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 37-222 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDM1, BLIMP1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O75626, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 50603.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96SW2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-A1CN1 / N-({(4R)-7-[(1S)-2-amino-1-(4-bromo-2-methylphenyl)-2-oxoethyl]-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,2-a]pyrazin-3-yl}methyl)-13-{4-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]anilino}tridecanamide


分子量: 776.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54BrN7O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cereblon Ternary Complex with Blimp1 and compound 5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174443 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.2 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0044511
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6356118
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.143647
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044654
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006785

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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