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万見
- PDB-9q2h: Rad55-Rad57-SHU homologous recombination complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9q2h
タイトルRad55-Rad57-SHU homologous recombination complex
要素
  • (Suppressor of ...) x 2
  • Chromosome segregation in meiosis protein 2
  • DNA repair protein RAD57
  • Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,DNA repair protein RAD55
  • Platinum sensitivity protein 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN/Transferase / Homologous Recombination Complex / Rad51 Paralog Complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Shu complex / positive regulation of single-strand break repair via homologous recombination / error-free postreplication DNA repair / heteroduplex formation / Rad51C-XRCC3 complex / Rad51B-Rad51C-Rad51D-XRCC2 complex / meiotic DNA recombinase assembly / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / meiotic chromosome segregation ...Shu complex / positive regulation of single-strand break repair via homologous recombination / error-free postreplication DNA repair / heteroduplex formation / Rad51C-XRCC3 complex / Rad51B-Rad51C-Rad51D-XRCC2 complex / meiotic DNA recombinase assembly / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / meiotic chromosome segregation / maintenance of rDNA / DNA recombinase assembly / DNA strand invasion / mitotic recombination / DNA strand exchange activity / telomere maintenance via recombination / reciprocal meiotic recombination / recombinational repair / error-free translesion synthesis / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNA replication origin binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / replication fork / double-strand break repair / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / methylation / DNA recombination / DNA repair / nucleolus / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Shu complex, component Psy3 / Chromosome segregation in meiosis protein 2 / Shu complex component Csm2, DNA-binding / Shu complex component Psy3, DNA-binding description / : / : / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / KaiC-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / KaiC ...Shu complex, component Psy3 / Chromosome segregation in meiosis protein 2 / Shu complex component Csm2, DNA-binding / Shu complex component Psy3, DNA-binding description / : / : / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / KaiC-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / KaiC / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 2 / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / DNA repair protein RAD57 / Suppressor of HU sensitivity involved in recombination protein 1 / DNA repair protein RAD55 / Chromosome segregation in meiosis protein 2 / Platinum sensitivity protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Yatskevich, S. / Koo, C.W. / Ciferri, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rad51 Paralog Complex Dynamically Templates Rad51 Filament Nucleation
著者: Yatskevich, S. / Koo, C.W. / Ciferri, C.
履歴
登録2025年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Additional map / Part number: 4 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,DNA repair protein RAD55
B: DNA repair protein RAD57
C: Chromosome segregation in meiosis protein 2
D: Platinum sensitivity protein 3
E: Suppressor of HU sensitivity involved in recombination protein 1
F: Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,7569
ポリマ－227,2396
非ポリマー5173
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,DNA repair protein RAD55 / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase


分子量: 70243.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD55, YDR076W, D4426 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: E5BBQ0, UniProt: P38953, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: タンパク質 DNA repair protein RAD57


分子量: 52308.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD57, YDR004W, YD8119.10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P25301
#3: タンパク質 Chromosome segregation in meiosis protein 2


分子量: 24983.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CSM2, YIL132C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P40465
#4: タンパク質 Platinum sensitivity protein 3


分子量: 32385.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PSY3, YLR376C, L8039.17 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12318

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Suppressor of ... , 2種, 2分子 EF

#5: タンパク質 Suppressor of HU sensitivity involved in recombination protein 1


分子量: 17138.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SHU1, YHL006C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38751
#6: タンパク質 Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 2


分子量: 30179.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SHU2, C1Q_04575 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C7GVQ9

-
非ポリマー , 3種, 3分子

#7: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rad55-Rad57-SHU homologous recombination complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 674451 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 175.82 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.011411573
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.022115662
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06131803
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00831971
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.86964264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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