PDB-9q1f: Choanoflagellate Salpingoeca macrocollata STING

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9q1f

タイトル

Choanoflagellate Salpingoeca macrocollata STING

要素

Endolysin,Stimulator of interferon genes

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Innate immunity / Cyclic dinucleotide signaling / Stimulator of Interferon Genes / cGAS-STING

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Salpingoeca macrocollata (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Toyoda, H.C. / Li, Y. / Kranzusch, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: A choanoflagellate cGLR-STING pathway reveals evolutionary links between bacterial and animal immunity.
著者: Li, Y. / Toyoda, H.C. / Fernandez, S.G. / Tiwari, B. / McNairy, C. / Woznica, A. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2025年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9q1f.cif.gz	366.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9q1f.ent.gz	251.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9q1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9q1f_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9q1f_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9q1f_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	9q1f_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/9q1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/9q1f	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Endolysin,Stimulator of interferon genes

B: Endolysin,Stimulator of interferon genes

ヘテロ分子

85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.946, 88.743, 76.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.143, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid -16 through 35 or resid 37...
d_2	ens_1	(chain "B" and resid -16 through 359)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	ARG	ARG	A	A	-16 - 35	1 - 52
d_1	2	THR	THR	GLN	GLN	A	A	37 - 183	54 - 200
d_1	3	GLN	GLN	LYS	LYS	A	A	185 - 200	202 - 217
d_1	4	VAL	VAL	TYR	TYR	A	A	202 - 203	219 - 220
d_1	5	SER	SER	ARG	ARG	A	A	207 - 276	224 - 293
d_1	6	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	282 - 359	299 - 376
d_2	1	MET	MET	LEU	LEU	B	B	-16 - 359	1 - 376

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.907451771338, -0.420100325434, 0.006855601072), (-0.319564679501, 0.679509124028, -0.660413329649), (0.272781411227, -0.601484053765, -0.750870984095)ベクター: ...

#1: タンパク質	Endolysin,Stimulator of interferon genes / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase 分子量: 42160.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal T4 lysosome fused to STING cyclic dinucleotide binding domain 由来: (組換発現) Salpingoeca macrocollata (真核生物) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-1SY / cGAMP / 2',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(2',5')pA(3',5')p] 分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.65 詳細: 5% ethylene glycol, 100 mM MOPS pH 6.65, and 10% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→34.04 Å / Num. obs: 25932 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 4.51
反射シェル	解像度: 2.65→2.71 Å / Num. unique obs: 1855 / CC_1/2: 0.378

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.65→34.04 Å / SU ML: 0.4261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.2147
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2748	2024	7.83 %
R_work	0.2433	23836	-
obs	0.2457	25860	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→34.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5759	0	45	79	5883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	5962
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6222	8073
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0431	900
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	1032
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5577	2197

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.28031159305 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.71	0.3663	145	0.33	1651	X-RAY DIFFRACTION	96.82
2.72-2.79	0.3339	134	0.3271	1703	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.79-2.87	0.3496	147	0.3208	1677	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.87-2.96	0.3398	141	0.3184	1677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.07	0.3136	138	0.3183	1730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.19	0.3581	149	0.3045	1695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.34	0.3411	155	0.2774	1683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.51	0.3091	145	0.2781	1694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.73	0.2944	132	0.265	1715	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.73-4.02	0.2715	148	0.2304	1718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.42	0.2312	146	0.2072	1704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.42-5.06	0.2187	147	0.1983	1723	X-RAY DIFFRACTION	99.95
5.06-6.37	0.2755	148	0.2369	1702	X-RAY DIFFRACTION	100
6.37-34.04	0.2199	149	0.1891	1764	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.96009881528	-0.165385053987	0.70787000449	1.97808254822	0.0886381737973	1.12700110459	0.025408230042	-0.827393604191	-0.149580468497	0.255076058369	-0.0855515669322	-0.154985984813	-0.00351184371855	0.0310685410132	-0.0386853630706	0.373575231773	-0.0440611926795	0.0197301214398	0.535452143351	0.0864565463064	0.524756767918	55.3607477829	32.9225557111	67.8306432263
2	3.19754670442	0.859346440149	0.30348450551	2.17038579891	1.48525626454	2.60348104772	-0.0464161832776	0.0630391586335	1.05409426697	-0.708908018965	-0.0348201822289	-0.661045143549	-0.766509018859	0.135843966295	-0.301719779123	0.485639808708	0.0216412838662	0.0780316148163	0.391872966389	0.070824821983	0.465797599182	38.9271653191	46.6834385289	56.8305662271
3	-0.286123649178	0.154895548568	-0.118122064157	1.6630157842	-0.720998937431	1.65203762245	-0.0916124158451	-0.281679807716	-0.122086638331	-0.368090846663	0.229998533809	-0.140062481148	0.295490816635	-0.29943204586	0.0483202699681	0.219210672676	-0.0690883477947	-0.0156311196237	0.51314158152	0.113721473104	0.460285599237	33.0915453934	11.9700817654	70.3892144527
4	0.528590311753	0.0326915660671	0.492308265648	1.36879072235	-0.263045343022	1.07283570498	-0.123756690345	0.248892848544	0.407689602205	-0.18647654217	-0.128148810521	-0.358595908928	0.0719613857834	0.518417736209	-0.101990912613	0.282964153827	-0.039171366515	0.018550066444	0.557146421443	0.154091856818	0.548083788613	47.5285683819	4.4014953813	77.0288277106
5	-0.314879977517	-0.0891722944097	-0.0986967284123	1.8584532915	-0.401410483829	0.643826813504	0.0697656959271	0.0842598552005	0.263295700081	-0.250512246747	0.0324573935862	-0.0411447127601	0.157910950583	-0.028200911713	0.842986189672	0.32841473526	-0.0553230218937	0.0633353833006	0.55150883599	0.118504124581	0.443724311114	38.7249531999	7.15465744282	71.4201089055
6	0.17340088279	-0.233146152237	0.445119244362	0.939204144198	-0.526553922293	1.1113470332	-0.170564776493	0.210516354592	1.07308479597	0.807897957038	0.320713539242	-0.0402019052777	-0.887253358898	-0.49268277637	0.110014127836	0.523257878503	-0.107794742824	-0.00579180282463	0.619485995468	0.162547097017	0.816777713179	39.5921744791	13.5144383647	79.9369410856
7	0.106204262411	-0.0175935104143	0.213472264527	0.763226858562	-0.278638980368	0.324741293018	0.0433356098141	0.175892187225	0.0303845558183	-1.30277015392	0.217965474277	1.36068437666	-0.240442672715	-0.0509537313721	0.0229902442057	0.982989386952	-0.102087479901	-0.174132432325	0.543170103028	0.0527040768226	0.700853982208	6.64213954735	14.3939004717	48.0052080626
8	1.25627497237	-1.52812852423	0.402276245801	5.30209808221	-1.2626856689	1.10466049582	-0.445978135099	-0.222080626852	-0.552056449087	-1.05905773071	0.726885119686	3.03851215352	0.504997721885	-0.367896531936	0.223056656573	1.14825975261	-0.320513566326	-0.635393136866	0.703474862328	0.0504994771439	1.35876962677	-4.16260831898	11.3780776472	45.2299005929
9	0.509446751047	1.29214603171	-0.151431472967	3.31287761468	-0.236203306015	2.02982390138	-0.0262988193122	0.109172430301	0.366337325621	-2.53957453409	0.704480595299	2.13330588509	0.361708216464	-0.835626980814	0.7736116126	1.43000761027	-0.0673119196955	-0.667227161047	0.588729895841	0.0994580468838	0.736516013098	4.79353632526	29.2858427211	36.4921035058
10	1.62928593518	0.216706262193	1.49650251787	5.10895419682	-1.93612165303	1.69349156531	-0.235693435436	0.297516236051	0.221047603704	-1.45353972219	-0.0926906112093	-0.718910065476	0.339996061845	-0.0427267219545	-0.621440765264	0.556670870285	-0.00344574263068	0.143652506906	0.361883608936	-0.0704982296616	0.350710990112	19.8599019702	21.1264649483	46.5309711171
11	1.68084841902	1.0796538971	-0.206858866351	0.744372205377	0.567273531906	1.41313095564	-0.373501498364	-0.371579704379	-0.701150536286	-0.141713722996	0.381873711503	0.480603451479	0.936754484831	-0.338636777882	0.00856427261311	1.15689525405	-0.147126700457	-0.0814696147178	0.578129182669	0.0641646342954	0.673829195082	20.2217672094	-12.5002590172	53.5396004885
12	1.69605188767	-0.128568049847	0.349048402715	1.90589877412	-0.805430096894	1.79456610117	0.188478844848	-0.128315161236	-0.242943480864	-0.874096262019	-0.140822558004	-0.354397566191	0.464731875468	-0.290339368377	0.205399786728	0.663745464878	-0.0528707219424	0.0633840535122	0.385901940539	-0.0360041122891	0.389780515126	25.5196373502	-0.0191868631024	54.1955957384
13	0.802656522942	-0.827198620122	0.347328023475	1.99871118997	-0.201731292397	1.19408934637	0.408063440692	0.140600204806	-0.667026044883	-1.5723556931	-0.0946967269711	-0.169400801187	0.218729677061	0.567868788541	-0.0965765028653	1.0103968744	-0.00985645595812	-0.130607538224	0.822342762532	-0.0562380087063	0.576254025331	22.1350336954	-4.03304779493	42.5071250347

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -16 through 63 )	A	A	-16 - 63	1 - 80
2	2	chain 'A' and (resid 64 through 125 )	A	A	64 - 125	81 - 142
3	3	chain 'A' and (resid 126 through 196 )	A	A	126 - 196	143 - 209
4	4	chain 'A' and (resid 197 through 243 )	A	A	197 - 243	210 - 256
5	5	chain 'A' and (resid 244 through 325 )	A	A	244 - 325	257 - 338
6	6	chain 'A' and (resid 326 through 359 )	A	A	326 - 359	339 - 372
7	7	chain 'B' and (resid -16 through 4 )	B	C	-16 - 4	1 - 21
8	8	chain 'B' and (resid 5 through 62 )	B	C	5 - 62	22 - 78
9	9	chain 'B' and (resid 63 through 89 )	B	C	63 - 89	79 - 105
10	10	chain 'B' and (resid 90 through 182 )	B	C	90 - 182	106 - 194
11	11	chain 'B' and (resid 183 through 248 )	B	C	183 - 248	195 - 255
12	12	chain 'B' and (resid 249 through 324 )	B	C	249 - 324	256 - 326
13	13	chain 'B' and (resid 325 through 360 )	B	C	325 - 360	327 - 362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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