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- PDB-9pyf: uPA Inhibitory Fab AB2 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pyf
タイトルuPA Inhibitory Fab AB2 Complex
要素
  • AB2 Fab Heavy Chain
  • AB2 Fab Light Chain
  • Urokinase-type plasminogen activator
キーワードPROTEIN BINDING / inhibitory antibody / serine protease / urokinase plasminogen activator / site directed
機能・相同性
機能・相同性情報


u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / regulation of signaling receptor activity / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration ...u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / regulation of signaling receptor activity / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / chemotaxis / blood coagulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. ...Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Urokinase-type plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Anderson, K.J. / Bohn, M.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2021
タイトル: Structure of an affinity-matured inhibitory recombinant fab against urokinase plasminogen activator reveals basis of potency and specificity.
著者: Sevillano, N. / Bohn, M.F. / Zimanyi, M. / Chen, Y. / Petzold, C. / Gupta, S. / Ralston, C.Y. / Craik, C.S.
履歴
登録2025年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AB2 Fab Light Chain
F: Urokinase-type plasminogen activator
I: AB2 Fab Light Chain
D: AB2 Fab Heavy Chain
H: AB2 Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3665
ポリマ－124,3665
非ポリマー00
水79344
1
A: AB2 Fab Light Chain
D: AB2 Fab Heavy Chain

F: Urokinase-type plasminogen activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2403
ポリマ－78,2403
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z+1/41
2
I: AB2 Fab Light Chain
H: AB2 Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1262
ポリマ－46,1262
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.745, 86.745, 172.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: 抗体 AB2 Fab Light Chain


分子量: 23666.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator / U-plasminogen activator / uPA


分子量: 32114.633 Da / 分子数: 1 / Mutation: C122A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAU / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator
#3: 抗体 AB2 Fab Heavy Chain


分子量: 22459.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: For crystallization purposes, uPA was co-incubated with AB2 in a 1:1 stoichiometric ratio for 1h and co-purified using size-exclusion chromatography. The complex co-eluted was concentrated to ...詳細: For crystallization purposes, uPA was co-incubated with AB2 in a 1:1 stoichiometric ratio for 1h and co-purified using size-exclusion chromatography. The complex co-eluted was concentrated to 15 mg/mL.Crystallization drops were produced by mixing 0.1 uL of uPA-AB2 solution with 0.1 uL of the respective crystallization solution. A single crystal was produced using a solution containing 0.2 M diammonium hydrogen citrate (Salt) and 20 percent PEG 3350 and incubating the experiment for 14 days at room temperature.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→86.745 Å / Num. obs: 28202 / % possible obs: 93.57 % / 冗長度: 73.1 % / Biso Wilson estimate: 69.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 10.81
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / 冗長度: 34.3 % / Num. unique obs: 2814 / CC1/2: 0.833 / CC star: 0.953 / % possible all: 94.31

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
xia2データスケーリング
xia2データ削減
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→86.745 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2998 1270 4.81 %
Rwork0.2278 --
obs0.2313 26386 93.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→86.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7600 0 0 44 7644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39410472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5734336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671048
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081417
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9002-3.01630.47021460.39622790X-RAY DIFFRACTION94
3.0163-3.15360.50451210.37432653X-RAY DIFFRACTION89
3.1536-3.31990.35761410.29822805X-RAY DIFFRACTION94
3.3199-3.52790.3541460.27062784X-RAY DIFFRACTION94
3.5279-3.80030.34121340.25882765X-RAY DIFFRACTION93
3.8003-4.18270.30821190.23862656X-RAY DIFFRACTION89
4.1827-4.78790.23851470.18252796X-RAY DIFFRACTION94
4.7879-6.0320.27451660.19072864X-RAY DIFFRACTION96
6.032-86.7450.25021500.18243003X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1316-0.43450.82560.13150.1612.92570.09410.21850.196-0.1913-0.2776-0.1055-0.01920.56120.00020.45070.0650.00290.48090.04590.46144.285377.644515.2259
20.7854-0.94620.33090.2098-0.29452.4622-0.04110.2343-0.23730.36330.03020.13490.01170.18370.00030.3290.04270.08290.32610.08930.406824.491584.591-15.6357
32.57610.6515-0.09310.0891-0.49131.47530.11210.40250.1739-0.2206-0.15040.10310.3710.36220.00010.41230.07890.02820.56880.04230.472827.172585.8976-17.9495
40.5098-0.43880.37150.5602-0.17510.19130.3934-0.2482-0.1220.3024-0.2249-0.042-0.1107-0.01420.01290.73270.06790.06440.4070.02630.561222.216854.90644.5198
52.93550.44940.44482.23130.99581.0780.0906-0.1036-0.08770.3398-0.02-0.29510.0010.1465-0.00010.5831-0.0023-0.01040.33020.03320.363422.869445.28586.6541
61.60430.2103-0.84092.60560.46483.35080.0182-0.1586-0.12990.2988-0.24010.040.10270.0131-0.00020.57060.0210.07750.33990.02330.4198.123746.51754.7804
70.6187-0.1602-0.39130.2932-0.09060.23570.59540.1421-0.23520.5198-0.47340.0375-0.2922-0.34660.00411.6811-0.0738-0.2721.0344-0.03581.482961.5015128.62893.4092
80.0597-0.1628-0.06150.33590.00790.6312.36570.59341.58490.7345-0.24450.4114-1.5190.71640.07121.54130.23240.05011.34480.26331.822847.9556131.5789-5.728
90.448-0.2982-0.25720.3290.47530.6240.7918-1.177-0.4869-0.1181-0.1959-1.2414-0.43080.64390.00141.12-0.1443-0.28820.98510.25871.587649.383126.97518.1472
100.4163-0.33270.21730.30670.00590.27491.87170.1625-0.60730.8828-0.2265-0.07430.9838-0.841-0.02441.9712-0.64830.05941.47970.16781.607656.2179131.83559.9625
11-0.01190.03950.03340.02560.11110.06410.29780.5722-1.3176-0.1331-0.9145-0.29280.03360.2922-0.00181.26440.0016-0.36010.9887-0.02371.607551.83121.4552-1.3995
122.6432-0.6965-1.00370.19810.20120.2712-0.07681.20830.8275-0.0675-0.4343-0.8543-0.1511-0.08320.17961.153-0.5556-0.41390.372-0.08861.952370.9148118.45820.2374
13-0.00470.0060.18840.0640.04330.87550.452-0.25630.85410.4214-0.2536-1.56842.27971.21150.07022.0335-0.4193-0.03091.43080.51011.894277.0555103.847423.5028
140.1734-0.1178-0.24430.2580.45740.51410.9638-1.0821-0.575-0.23060.17980.2072-0.34311.33030.00170.8945-0.013-0.07111.4725-0.24571.736575.6928108.065419.1594
151.18390.44712.27581.17830.6234.55151.8281-0.17330.457-0.28081.079-0.58480.42131.48650.74061.0728-0.09310.76471.4844-0.2113.272384.8298103.237225.6571
160.15650.1444-0.43220.84950.20591.8144-0.689-0.1338-0.09060.8638-0.10810.1590.82780.3419-0.03320.9227-0.7450.56551.3977-0.0451.766882.6142106.267932.6593
172.5283-0.86781.19191.9661-1.57811.26090.0543-0.18290.05140.1887-0.16960.0596-0.302-0.3785-00.420.1138-0.03220.5715-0.16250.438824.343286.271522.658
18-0.0334-0.0777-0.05510.3111-0.43620.68670.34170.11450.32820.03150.0613-0.20990.42320.3318-0.00070.59440.0060.02850.5651-0.02970.487917.669275.8608-16.003
191.6028-0.36450.05172.6189-1.00541.5977-0.2367-0.10230.08180.43870.24980.1740.2793-0.21430.00030.34650.06730.05140.2884-0.00480.334117.411179.5145-4.3895
200.68760.3601-0.1280.4511-0.690.82120.8097-0.14-0.6347-0.6764-0.6749-0.1269-0.34920.2681-0.00011.2822-0.0598-0.37750.94760.26551.540941.6804105.06696.0975
210.23660.0008-0.39870.0032-0.02040.6415-1.4531-0.16540.1908-0.55170.03-0.38021.64030.4474-0.13691.5601-0.0563-1.00651.28260.43492.295553.0571111.40040.2918
220.1425-0.0879-0.08820.09750.01660.06730.2657-0.1108-1.03240.1222-0.88850.3598-0.8353-2.52670.00311.53970.3102-0.57531.5027-0.44881.438633.8196113.22-4.1136
230.0218-0.02810.02670.0047-0.02610.0219-0.076-0.3015-1.0337-0.23671.1518-0.54110.28250.055-0.00181.1476-0.1768-0.05830.8989-0.04872.043946.0044107.481-9.5754
242.7727-0.8891-1.05910.33450.69791.22570.06770.1914-3.08381.76050.1038-0.64431.40550.8352-0.15821.02110.1954-0.51620.85570.12641.880643.3386102.8290.0254
251.4523-0.6107-0.06130.37550.22430.3454-0.6383-1.1662-1.0382-0.34551.1486-0.41031.657-0.04830.12641.72-0.1194-0.57320.79620.31461.733446.4523111.89276.9719
260.21160.25880.16680.02210.07021.65410.6728-0.13010.55170.33381.85620.1470.6976-0.79020.17461.8691-0.0096-0.6820.89990.10552.314965.676696.629419.8538
270.446-0.1201-0.17760.1121-0.04210.125-0.597-0.5825-0.07011.7533-0.61990.6735-1.2924-0.2864-0.00082.2297-0.1237-0.47231.3249-0.17311.265366.7808102.725625.8618
280.1088-0.05380.07080.0139-0.02470.059-1.1036-2.18210.37712.3025-0.25880.5437-0.5155-0.748-0.00532.1848-0.1922-0.07331.7308-0.15721.266159.633106.740225.091
290.2980.302-0.01690.3296-0.0420.04170.7211-0.29740.1461-0.2585-0.4108-0.38820.82640.2025-0.01931.61510.0875-0.08531.0821-0.65533.97669.298897.162611.6175
301.044-0.02160.42930.01110.07020.38460.8247-3.78230.61492.5447-0.6057-0.1967-0.764-0.44530.00083.408-0.59120.24141.8872-0.55631.352664.1378106.126635.1908
314.1699-1.9745-2.31124.0159-0.6572.33440.3732.04760.4197-1.9297-0.21380.05780.0298-0.68970.13621.1969-1.4017-0.07510.43030.01121.187658.591395.84224.7806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 118 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 119 through 155 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 156 through 218 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 16 through 37D)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 38 through 140 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 141 through 244 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'I' and (resid 1 through 18 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'I' and (resid 19 through 37 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'I' and (resid 38 through 73 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'I' and (resid 74 through 88 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'I' and (resid 89 through 106 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'I' and (resid 107 through 125 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'I' and (resid 126 through 155 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'I' and (resid 156 through 187 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'I' and (resid 188 through 206 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'I' and (resid 207 through 218 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2 through 121 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 122 through 136 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 137 through 215 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 2 through 34 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 35 through 47 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 48 through 58 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 59 through 69 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 70 through 94 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 95 through 112 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 113 through 133 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 134 through 150 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 151 through 170 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 171 through 180 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 181 through 198 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 199 through 215 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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