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- PDB-9pwn: Crystal structure of Fabs 7411 in complex with TREM2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pwn
タイトルCrystal structure of Fabs 7411 in complex with TREM2 peptide
要素
  • 7411 Fab Heavy Chain
  • 7411 Fab Light Chain
  • TREM-2 stalk peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / excitatory synapse pruning / positive regulation of CD40 signaling pathway ...positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / excitatory synapse pruning / positive regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of triglyceride storage / negative regulation of cell activation / detection of peptidoglycan / positive regulation of macrophage fusion / import into cell / sulfatide binding / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / negative regulation of fat cell proliferation / lipoteichoic acid binding / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / positive regulation of establishment of protein localization / positive regulation of synapse pruning / microglial cell activation involved in immune response / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / negative regulation of autophagic cell death / respiratory burst after phagocytosis / negative regulation of astrocyte activation / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / semaphorin receptor binding / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of microglial cell migration / apolipoprotein A-I binding / detection of lipopolysaccharide / Other semaphorin interactions / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of neuroinflammatory response / high-density lipoprotein particle binding / negative regulation of p38MAPK cascade / very-low-density lipoprotein particle binding / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of glial cell apoptotic process / complement-mediated synapse pruning / dendritic cell differentiation / microglial cell proliferation / semaphorin receptor complex / positive regulation of microglial cell activation / phagocytosis, recognition / low-density lipoprotein particle binding / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / cellular response to lipoprotein particle stimulus / regulation of TOR signaling / regulation of resting membrane potential / positive regulation of phagocytosis, engulfment / cellular response to peptidoglycan / peptidoglycan binding / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemotaxis / positive regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of potassium ion transport / semaphorin receptor activity / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of amyloid fibril formation / cellular response to lipid / kinase activator activity / regulation of interleukin-6 production / apoptotic cell clearance / dendritic spine maintenance / negative regulation of interleukin-1 beta production / phagocytosis, engulfment / regulation of innate immune response / phosphatidylserine binding / negative regulation of cholesterol storage / pyroptotic inflammatory response / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / lipid homeostasis / cellular response to lipoteichoic acid / amyloid-beta clearance / positive regulation of ATP biosynthetic process / lipoprotein particle binding / positive regulation of intracellular signal transduction / humoral immune response / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of interleukin-10 production / apolipoprotein binding / plasma membrane raft / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of cholesterol efflux / social behavior / positive regulation of TOR signaling / response to axon injury / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / astrocyte activation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Arndt, J.W. / Chao, Q. / Cooke, H.A. / Almeida, A.D.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2025
タイトル: Building a potent TREM2 agonistic, biparatopic, common light chain antibody.
著者: da Silva Almeida, A. / Geddie, M.L. / Bhate, A. / Quan, C. / Arndt, J.W. / Jiao, Y. / Santoro, J.C. / Noiman, L. / Vijayakumar, R. / Sanchez-Salazar, J. / Datta, A. / Antognetti, G. / ...著者: da Silva Almeida, A. / Geddie, M.L. / Bhate, A. / Quan, C. / Arndt, J.W. / Jiao, Y. / Santoro, J.C. / Noiman, L. / Vijayakumar, R. / Sanchez-Salazar, J. / Datta, A. / Antognetti, G. / Hartana, C.A. / Wang, X.F. / Smith, B.A. / Bartlett, D. / Duncan, D. / Liu, C.C. / Otero Gutierrez, K. / Cameron, T.O. / Koirala, S. / Cooke, H.A.
履歴
登録2025年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 7411 Fab Heavy Chain
L: 7411 Fab Light Chain
A: TREM-2 stalk peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,89719
ポリマ－48,4983
非ポリマー1,39916
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.650, 71.760, 105.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質・ペプチド TREM-2 stalk peptide


分子量: 2058.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZC2

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 7411 Fab Heavy Chain


分子量: 23308.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 7411 Fab Light Chain


分子量: 23131.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 194分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 11% w/v PEG 8000, 240 mM ammonium sulfate, 100 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00007 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 174028 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.52
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.7 % / Num. unique obs: 10755 / CC1/2: 0.565 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→38.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.736 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21786 1766 5 %RANDOM
Rwork0.17772 ---
obs0.17974 33550 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å2-0 Å20 Å2
2---0.11 Å2-0 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→38.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3352 0 81 178 3611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0123518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2991.7914779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4541.7297398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5585447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.963513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.34610544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1572.1361791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1532.1351791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0533.8222237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0523.8222238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3722.5061727
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3712.5081728
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9334.4152543
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.79424.493697
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.762243667
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 132 -
Rwork0.274 2515 -
obs--98.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01431.1676-0.41411.6656-0.18530.28880.0976-0.13860.19730.0798-0.0417-0.0824-0.09560.0747-0.05590.0353-0.02280.010.0208-0.0230.0787-8.5179-39.63064.6768
20.79921.30340.082.16780.12810.00920.0679-0.06380.03960.0684-0.08270.00010.0017-0.00670.01480.0846-0.01640.03680.035-0.02680.1121-16.0926-26.859215.7602
311.0170.98431.45954.8827-0.67277.0958-0.0204-0.763-0.27330.42980.0267-0.30840.50790.2565-0.00630.1050.0285-0.0170.0870.00410.0295-29.6557-59.675514.6694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3A131 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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