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- PDB-9px5: Crystal structure of Fab 7268 in complex with MBP-TREM2 Ig domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9px5
タイトルCrystal structure of Fab 7268 in complex with MBP-TREM2 Ig domain fusion
要素
  • 7268 Fab Heavy Chain
  • 7268 Fab Light Chain
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / excitatory synapse pruning / positive regulation of CD40 signaling pathway ...positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / excitatory synapse pruning / positive regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of triglyceride storage / negative regulation of cell activation / detection of peptidoglycan / positive regulation of macrophage fusion / import into cell / sulfatide binding / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / negative regulation of fat cell proliferation / lipoteichoic acid binding / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / positive regulation of establishment of protein localization / positive regulation of synapse pruning / microglial cell activation involved in immune response / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / negative regulation of autophagic cell death / respiratory burst after phagocytosis / negative regulation of astrocyte activation / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / semaphorin receptor binding / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of microglial cell migration / apolipoprotein A-I binding / detection of lipopolysaccharide / Other semaphorin interactions / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of neuroinflammatory response / high-density lipoprotein particle binding / negative regulation of p38MAPK cascade / very-low-density lipoprotein particle binding / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of glial cell apoptotic process / complement-mediated synapse pruning / dendritic cell differentiation / microglial cell proliferation / semaphorin receptor complex / positive regulation of microglial cell activation / phagocytosis, recognition / low-density lipoprotein particle binding / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / cellular response to lipoprotein particle stimulus / regulation of TOR signaling / regulation of resting membrane potential / positive regulation of phagocytosis, engulfment / cellular response to peptidoglycan / peptidoglycan binding / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemotaxis / positive regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of potassium ion transport / semaphorin receptor activity / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of amyloid fibril formation / cellular response to lipid / kinase activator activity / regulation of interleukin-6 production / apoptotic cell clearance / dendritic spine maintenance / negative regulation of interleukin-1 beta production / phagocytosis, engulfment / regulation of innate immune response / phosphatidylserine binding / negative regulation of cholesterol storage / pyroptotic inflammatory response / detection of maltose stimulus / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / lipid homeostasis / maltose transport complex / cellular response to lipoteichoic acid / amyloid-beta clearance / carbohydrate transport / positive regulation of ATP biosynthetic process / lipoprotein particle binding / positive regulation of intracellular signal transduction / humoral immune response / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of interleukin-10 production / apolipoprotein binding / plasma membrane raft / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of cholesterol efflux / social behavior / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / positive regulation of TOR signaling
類似検索 - 分子機能
: / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Arndt, J.W. / Chao, Q. / Cooke, H.A. / Almeida, A.D.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2025
タイトル: Building a potent TREM2 agonistic, biparatopic, common light chain antibody.
著者: da Silva Almeida, A. / Geddie, M.L. / Bhate, A. / Quan, C. / Arndt, J.W. / Jiao, Y. / Santoro, J.C. / Noiman, L. / Vijayakumar, R. / Sanchez-Salazar, J. / Datta, A. / Antognetti, G. / ...著者: da Silva Almeida, A. / Geddie, M.L. / Bhate, A. / Quan, C. / Arndt, J.W. / Jiao, Y. / Santoro, J.C. / Noiman, L. / Vijayakumar, R. / Sanchez-Salazar, J. / Datta, A. / Antognetti, G. / Hartana, C.A. / Wang, X.F. / Smith, B.A. / Bartlett, D. / Duncan, D. / Liu, C.C. / Otero Gutierrez, K. / Cameron, T.O. / Koirala, S. / Cooke, H.A.
履歴
登録2025年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
H: 7268 Fab Heavy Chain
L: 7268 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1516
ポリマ－101,6173
非ポリマー5343
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.900, 64.230, 160.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Triggering receptor expressed on myeloid cells 2


分子量: 54172.066 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig domain of TREM-2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, TREM2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q9NZC2
#2: 抗体 7268 Fab Heavy Chain


分子量: 24081.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 7268 Fab Light Chain


分子量: 23363.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 11% PEG 8000, 240mM ammonium sulfate, 100mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.000039 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000039 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 13219 / % possible obs: 99.21 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.85 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.7→4 Å / Num. unique obs: 2514 / CC1/2: 0.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2-5419_1692精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→47.05 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 663 5.02 %
Rwork0.248 --
obs0.2489 13219 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→47.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6564 0 33 0 6597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4919283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4892244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041076
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041206
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.990.3771330.34592514X-RAY DIFFRACTION99
3.99-4.390.30791310.27342488X-RAY DIFFRACTION100
4.39-5.020.26831310.23092481X-RAY DIFFRACTION99
5.02-6.320.26681320.24982517X-RAY DIFFRACTION99
6.32-47.050.22491360.21872556X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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