PDB-9puk: Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9puk

タイトル

Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin

要素

Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin, heavy chain
Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / FAB / leptin

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Wynn, R.M. / Scherer, P.E.

資金援助

米国, 12件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK55758	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK099110	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK118620	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK127274	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK131537	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	AG051459	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK138935	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	AG084646	米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RP220032	米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RP150551	米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RP190561	米国
Robert A. Welch Foundation	AU-0042-20030616	米国

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Leptin as a key driver for organ fibrogenesis.
著者: Sun, X.N. / Chen, S. / Zhao, S. / Funcke, J.B. / Virostek, M. / Pedersen, L. / Li, C. / Joung, C. / Lin, Q. / Li, Y. / Cobb, A. / Wang, M.Y. / Min, K. / Maya-Ramos, L. / Degasperi, G. / Liu, ...

履歴

登録	2025年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9puk.cif.gz	556 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9puk.ent.gz	388.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9puk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/9puk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/9puk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9puoC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin, heavy chain

B: Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin, light chain

C: Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin, heavy chain

D: Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin, light chain

93.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin, heavy chain

B: Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin, light chain

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
46.6 kDa, 2 ポリマー
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2

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登録者が定義した集合体
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46.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.215, 207.941, 72.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 100 or resid 108 through 222))
d_2	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 100 or resid 108 through 135 or resid 143 through 222))
d_1	ens_2	chain "B"
d_2	ens_2	(chain "D" and (resid 3 through 57 or resid 60 through 213))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	VAL	VAL	GLN	GLN	A	A	2 - 100	2 - 100
d_1	2	ens_1	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	108 - 222	108 - 222
d_2	1	ens_1	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	2 - 100	2 - 100
d_2	2	ens_1	GLY	GLY	PRO	PRO	C	C	108 - 135	108 - 135
d_2	3	ens_1	GLY	GLY	PRO	PRO	C	C	143 - 222	143 - 222
d_1	1	ens_2	VAL	VAL	PRO	PRO	B	B	3 - 213	3 - 213
d_2	1	ens_2	VAL	VAL	PRO	PRO	D	D	3 - 57	3 - 57
d_2	2	ens_2	VAL	VAL	PRO	PRO	D	D	60 - 213	60 - 213

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.992497180184, 0.108854989817, 0.0556770915051), (0.110512226648, 0.993491525363, 0.0275977678845), (-0.0523105638252, 0.0335437061603, -0.998067344767)	1.03644913573, -4.90385791909, -36.9077858336
2	given	(-0.994461746271, 0.0893928992679, 0.0552697454718), (0.0910460491201, 0.995448782753, 0.0281484964833), (-0.0525019251423, 0.0330246949288, -0.998074605118)	1.82679494419, -4.59994502285, -37.1730014588

#1: 抗体	Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin, heavy chain 分子量: 23681.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Neutralizing monoclonal antibody Fab fragment for human leptin, light chain 分子量: 22933.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: Fab at 25 mg/ml in 20 mM Hepes, pH 7.4, 75 mM NaCl versus 1.0 M lithium chloride, 0.1 M citrate pH 4.0, 20% (w/v) PEG 6,000.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 17545 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.4 % / B_iso Wilson estimate: 47.74 Å² / CC_1/2: 0.68 / CC star: 0.9 / R_merge(I) obs: 0.164 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 23

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.25-3.31	7.6	1.439	871	0.68	0.9	0.524	1.538	0.896	99.9
3.31-3.37	11.1	1.463	859	0.86	0.962	0.441	1.531	0.898	100
3.37-3.43	14	1.41	845	0.8	0.943	0.376	1.461	0.945	100
3.43-3.5	17.4	1.31	869	0.899	0.973	0.315	1.348	1.001	100
3.5-3.58	20	1.105	839	0.916	0.978	0.249	1.133	0.917	100
3.58-3.66	21.6	1.002	874	0.931	0.982	0.218	1.026	0.995	100
3.66-3.75	22.8	0.889	849	0.942	0.985	0.188	0.91	1.026	100
3.75-3.85	23.2	0.709	877	0.961	0.99	0.149	0.725	0.912	100
3.85-3.97	22.6	0.629	853	0.971	0.993	0.134	0.643	1.218	100
3.97-4.09	21.8	0.398	862	0.983	0.996	0.086	0.408	0.907	100
4.09-4.24	25.7	0.314	876	0.991	0.998	0.063	0.32	0.906	100
4.24-4.41	25.5	0.223	877	0.996	0.999	0.045	0.228	0.941	100
4.41-4.61	25.4	0.201	873	0.994	0.999	0.04	0.206	0.94	100
4.61-4.85	25.1	0.174	869	0.995	0.999	0.035	0.178	0.948	100
4.85-5.16	24.6	0.151	863	0.997	0.999	0.031	0.154	0.928	100
5.16-5.56	23.3	0.142	891	0.995	0.999	0.03	0.145	0.898	100
5.56-6.11	25.8	0.132	894	0.996	0.999	0.026	0.135	0.849	100
6.11-7	25.2	0.109	898	0.997	0.999	0.022	0.111	0.803	100
7-8.81	22.8	0.071	922	0.999	1	0.015	0.073	0.719	100
8.81-50	22.2	0.061	984	0.996	0.999	0.014	0.062	0.737	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→49.33 Å / SU ML: 0.4782 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.0181
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3195	1576	10.05 %
R_work	0.2674	14107	-
obs	0.2726	15683	93.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6250	0	0	0	6250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	6400
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5364	8718
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0463	984
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	1114
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8015	2258

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.71430244615
ens_2	d_2	B	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.798700610301

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.41	0.3823	61	0.3157	592	X-RAY DIFFRACTION	44.73
3.41-3.53	0.3542	137	0.3017	1162	X-RAY DIFFRACTION	86.77
3.53-3.67	0.3644	145	0.2933	1349	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.67-3.84	0.3571	156	0.2764	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-4.04	0.2918	144	0.2671	1360	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.29	0.2954	150	0.2433	1343	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-4.62	0.2792	153	0.2285	1366	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-5.09	0.2887	151	0.2293	1359	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.09-5.82	0.2868	155	0.2577	1375	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.82-7.33	0.3655	155	0.2996	1399	X-RAY DIFFRACTION	100
7.33-49.33	0.3246	169	0.2831	1475	X-RAY DIFFRACTION	99.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.926496456899	0.183268796819	0.0762462760984	2.04667173337	0.201559518098	1.5127204688	-0.453338193114	0.887937595928	-0.380946859421	-0.426630715115	0.0107309098863	0.110462691677	0.158960250691	-0.0581138204765	0.216329841936	0.625128148182	0.00846067047564	-0.0596509896596	0.608528415987	-0.0618388629914	0.708185500348	14.6243551067	21.3031000208	-26.5765702774
2	0.268279878221	-0.55000814965	-0.114239084423	1.54381062123	-0.208625215619	0.376170849036	0.115019332572	0.0729378284399	-0.238933016459	-0.339791463263	0.363980083	0.588688670321	-0.54650844013	-0.309291565028	-0.0999977471104	0.555249356955	0.0852132589825	-0.102476952778	0.453981594764	0.0822036563354	0.352325929957	16.2558299381	29.7756403973	-22.7839094462
3	0.535631050693	-0.0802996886559	-0.28805585929	0.388376942959	0.153985013514	0.551700886636	0.00186262123676	-0.299561397641	0.335072312996	0.489898028909	0.00597620086272	-0.0823048490164	-0.162939335671	-0.193712168546	-0.181392015148	-0.629803465901	-0.123954131824	0.450720365098	1.29347488757	0.31400326919	0.279700670972	21.4982293636	54.9362637185	-13.4355830621
4	2.18736306503	0.199425254017	-0.0920839568827	2.22288020427	0.472616445841	1.04361023194	0.00558593803709	-0.313406812922	-0.155247918969	0.245818688317	0.26224163929	0.429511049901	0.361155380176	0.350071883987	-0.0728157331979	0.420662010548	0.0355053251906	-0.0802259591076	0.364355108856	0.153084086206	0.264513924025	20.946525225	45.8690235008	-14.8702020407
5	2.33510988721	0.633969730363	1.08512937131	1.4456702377	0.215858744102	2.19212877258	0.00930125698748	-0.246014275995	0.787719456523	-0.00751790709271	-0.356697307266	0.292259061985	-0.562059862216	0.285112922491	0.163193953502	0.312926164118	-0.0746276956541	0.0292079765911	0.701457142658	0.0298561439505	0.369378498856	27.2892511297	52.5138849998	-16.5323636132
6	0.836467435008	0.386084135451	0.157832757165	0.374145492628	0.258969504115	1.03377353914	-0.354967424377	-0.226324525818	-0.440456577152	0.414192820878	0.232784759334	1.1090730274	0.200999363184	0.388067951107	0.0815229304385	0.851785573812	-0.0553588519559	0.0606569967075	0.590489765571	-0.0262382408328	1.00022188449	17.6283641802	16.1454057637	-4.08589258512
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 99 )	A	A	2 - 99	1 - 98
2	2	chain 'A' and (resid 100 through 128 )	A	A	100 - 128	99 - 121
3	3	chain 'A' and (resid 129 through 154 )	A	A	129 - 154	122 - 140
4	4	chain 'A' and (resid 155 through 184 )	A	A	155 - 184	141 - 170
5	5	chain 'A' and (resid 185 through 222 )	A	A	185 - 222	171 - 208
6	6	chain 'B' and (resid 3 through 50 )	B	B	3 - 50	1 - 48
7	7	chain 'B' and (resid 51 through 63 )	B	B	51 - 63	49 - 59
8	8	chain 'B' and (resid 64 through 77 )	B	B	64 - 77	60 - 73
9	9	chain 'B' and (resid 78 through 105 )	B	B	78 - 105	74 - 101
10	10	chain 'B' and (resid 106 through 118 )	B	B	106 - 118	102 - 112
11	11	chain 'B' and (resid 119 through 134 )	B	B	119 - 134	113 - 128
12	12	chain 'B' and (resid 135 through 155 )	B	B	135 - 155	129 - 149
13	13	chain 'B' and (resid 156 through 176 )	B	B	156 - 176	150 - 170
14	14	chain 'B' and (resid 177 through 192 )	B	B	177 - 192	171 - 186
15	15	chain 'B' and (resid 193 through 213 )	B	B	193 - 213	187 - 207
16	16	chain 'C' and (resid 2 through 128 )	C	C	2 - 128	1 - 122
17	17	chain 'C' and (resid 129 through 223 )	C	C	129 - 223	123 - 217
18	18	chain 'D' and (resid 2 through 94 )	D	D	2 - 94	1 - 93
19	19	chain 'D' and (resid 95 through 118 )	D	D	95 - 118	94 - 115
20	20	chain 'D' and (resid 119 through 192 )	D	D	119 - 192	116 - 189
21	21	chain 'D' and (resid 193 through 213 )	D	D	193 - 213	190 - 210

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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