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- PDB-9pnk: Crystal structure of the GH29-like fucosidase FucWf4 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pnk
タイトルCrystal structure of the GH29-like fucosidase FucWf4 in complex with fucose
要素Alpha-L-fucosidase
キーワードHYDROLASE / fucose / fucoidan / glycoside hydrolase / fucosidase / CAZyme.
機能・相同性Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / alpha-L-fucosidase activity / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / beta-L-fucopyranose / Alpha-L-fucosidase
機能・相同性情報
生物種Wenyingzhuangia fucanilytica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Higgins, M.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Structural insights into a fucosidase involved in fucoidan degradation.
著者: Bailey, B. / Winchester, A. / McClain, D. / Clingaman, M. / Higgins, M.A.
履歴
登録2025年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-fucosidase
B: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,64611
ポリマ－120,4492
非ポリマー1,1989
水8,323462
1
A: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0697
ポリマ－60,2241
非ポリマー8456
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5774
ポリマ－60,2241
非ポリマー3533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.785, 97.475, 123.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Alpha-L-fucosidase


分子量: 60224.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Wenyingzhuangia fucanilytica (バクテリア)
遺伝子: AXE80_07370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: A0A1B1Y5Q3
#2: 糖
ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG 6000, 0.12 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→38.88 Å / Num. obs: 52606 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.19→2.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4280 / CC1/2: 0.591

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→38.88 Å / SU ML: 0.2832 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5445
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 2000 3.81 %
Rwork0.1805 50534 -
obs0.1823 52534 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→38.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7679 0 79 462 8220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00747972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.846510849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05431190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00651385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.42782961
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.250.32811330.2783356X-RAY DIFFRACTION93.11
2.25-2.310.30381420.24413588X-RAY DIFFRACTION99.68
2.31-2.380.31211410.23423587X-RAY DIFFRACTION99.47
2.38-2.450.28281420.2243573X-RAY DIFFRACTION99.76
2.45-2.540.27921420.22393586X-RAY DIFFRACTION99.84
2.54-2.640.28531430.21723627X-RAY DIFFRACTION99.76
2.64-2.760.26951430.21763596X-RAY DIFFRACTION99.89
2.76-2.910.28121420.20663610X-RAY DIFFRACTION99.89
2.91-3.090.26561410.20453542X-RAY DIFFRACTION97.38
3.09-3.330.22651440.17963636X-RAY DIFFRACTION99.76
3.33-3.660.22061440.16823658X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.190.18231450.14523661X-RAY DIFFRACTION100
4.19-5.280.16371480.13373719X-RAY DIFFRACTION99.97
5.28-38.880.20251500.16353795X-RAY DIFFRACTION97.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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