PDB-9ply: Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with O...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ply

タイトル

Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40156

要素

DDB1- and CUL4-associated factor 1

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cell competition in a multicellular organism / histone H2AT120 kinase activity / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Krausser, C. / Wilson, B. / Al-awar, R. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40156
著者: Kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Krausser, C. / Wilson, B. / Al-awar, R. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2025年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ply.cif.gz	278 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ply.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ply.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ply_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ply_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9ply_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	9ply_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/9ply ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/9ply	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DDB1- and CUL4-associated factor 1

B: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.350, 88.600, 73.409
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein 分子量: 35592.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1CI0 / (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{(1E)-3-[(3-methoxypropyl)amino]-3-oxoprop-1-en-1-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide 分子量: 579.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₆Cl₂F₂N₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Magnesium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95369 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95369 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 121825 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 0.84 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 801001

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.4-1.42	4.9	0.675	5722	0.804	0.944	0.323	0.752	0.593	93.3
1.42-1.45	5.7	0.618	6028	0.864	0.963	0.273	0.677	0.598	98.4
1.45-1.48	6.3	0.561	6006	0.896	0.972	0.238	0.611	0.614	99.2
1.48-1.51	6.7	0.483	6060	0.932	0.982	0.198	0.522	0.618	99.5
1.51-1.54	6.9	0.415	6127	0.953	0.988	0.169	0.449	0.639	99.5
1.54-1.58	6.9	0.342	6040	0.965	0.991	0.139	0.37	0.649	99.7
1.58-1.62	6.9	0.293	6113	0.971	0.993	0.12	0.317	0.66	99.8
1.62-1.66	6.8	0.248	6129	0.978	0.994	0.102	0.268	0.677	99.8
1.66-1.71	6.6	0.201	6073	0.983	0.996	0.084	0.219	0.702	99.9
1.71-1.76	6.3	0.165	6117	0.987	0.997	0.071	0.18	0.714	99.9
1.76-1.83	6.6	0.137	6130	0.99	0.998	0.057	0.148	0.744	100
1.83-1.9	6.6	0.111	6107	0.993	0.998	0.047	0.121	0.795	100
1.9-1.99	6.7	0.09	6132	0.995	0.999	0.037	0.098	0.837	100
1.99-2.09	7.2	0.078	6091	0.996	0.999	0.031	0.084	0.885	100
2.09-2.22	7.1	0.068	6145	0.997	0.999	0.027	0.073	0.951	100
2.22-2.39	7	0.061	6137	0.997	0.999	0.025	0.066	1.013	100
2.39-2.63	6.9	0.056	6128	0.998	0.999	0.023	0.061	1.078	100
2.63-3.02	6.4	0.049	6154	0.998	0.999	0.021	0.053	1.197	100
3.02-3.8	6.1	0.043	6168	0.998	0.999	0.019	0.047	1.356	99.8
3.8-50	6.9	0.042	6218	0.998	0.999	0.017	0.046	1.332	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
REFMAC		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→44.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.94 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17423	5964	4.9 %	RANDOM
R_work	0.14583	-	-	-
obs	0.14724	115828	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.619 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0 Å²	-0.41 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→44.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4701	0	2	562	5265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	4962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.135	1.787	6771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.439	1.759	10155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.749	5	623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.388	10	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	753
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.212	1.599	2445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.212	1.6	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.194	2.864	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.194	2.864	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.637	1.783	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.637	1.784	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.68	3.181	3695
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.708	19.94	5448
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.38	16.93	5270
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.095	3	9385
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	428	-
R_work	0.228	8096	-
obs	-	-	94.45 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)