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- PDB-9pkf: Mur35 Fab with HBV c18I pMHC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pkf
タイトルMur35 Fab with HBV c18I pMHC
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Mur35 Heavy Chain
  • Mur35 Light Chain
  • c18I peptide
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HBV / pMHC / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / viral penetration into host nucleus / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / host cell / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / symbiont entry into host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Capsid protein / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mortenson, D.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2025
タイトル: A highly selective TCR-mimic antibody reveals unexpected mechanisms of HBV peptide-MHC recognition and previously unknown target biology.
著者: Shahzada Khan / Jeremy Lum / Heather Stephenson / Pawan Bir Kohli / David Mortenson / Dhivya Ramakrishnan / Magdeleine Hung / Sheng Ding / Elbert Seto / Sabrina Lu / Randy Yen / Debi Jin / ...著者: Shahzada Khan / Jeremy Lum / Heather Stephenson / Pawan Bir Kohli / David Mortenson / Dhivya Ramakrishnan / Magdeleine Hung / Sheng Ding / Elbert Seto / Sabrina Lu / Randy Yen / Debi Jin / Brian Lee / Sheila Clancy / Nicole Schirle Oakdale / Nikolai Novikov / Don Kang / Ruidong Li / David Pan / Rutwij Dave / Eric Lansdon / Simon P Fletcher / Abhishek V Garg / Nathan Thomsen / Scott Balsitis /
要旨: Curative therapies for chronic hepatitis B virus infection (CHB) are needed, and T-cell redirection is a promising approach, with peptide-MHC complexes (pMHC) being attractive targets. HBV core ...Curative therapies for chronic hepatitis B virus infection (CHB) are needed, and T-cell redirection is a promising approach, with peptide-MHC complexes (pMHC) being attractive targets. HBV core peptide (C18, 10-mer) presented by HLA-A*02:01 (C18-MHC) has two major variants (C18-V or C18-I, differing in the C-terminal residue), both of which are known to be targeted by CD8 T cells in HBV-infected individuals. Through an extensive screening campaign, we identified a highly selective anti-C18-MHC antibody clone MUR35. A MUR35-based T-cell engager (TCE) potently killed HBV-infected hepatocytes but had no activity on uninfected hepatocytes, on other HBV-negative cell types or on host peptides with sequence similarity to C18. Crystal structures of MUR35 bound to both C18-I- and C18-V-MHC revealed a unique binding mode with contacts mediated exclusively by the light chain complementarity-determining regions (CDRs), suggesting that high specificity is achievable without a typical T-cell receptor-like binding mode involving both heavy and light chain CDRs. Although MUR35 exhibits similar binding affinity and structural contacts with C18-V and C18-I, TCE killing was only detected on hepatocytes producing C18-V. To better understand the cause of this discrepancy, we conducted a quantitative proteomics study in an HBV-infected humanized mouse model and found that C18-V was expressed at approximately 300 copies/cell, while C18-I expression was below the limit of detection. Unexpectedly, the proteomics studies revealed that previously unreported 9-mers missing the N-terminal phenylalanine of C18-I and -V were expressed at an average of 508 and 142 copies/cell, respectively, and therefore could be alternative targets for HBV pan genotypic coverage. Our data suggest unexpectedly large differences in antigen presentation efficiency between highly conservative amino acid substitutions in C18 peptide and reveal potentially novel HBV targets for future studies.
履歴
登録2025年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
H: Mur35 Heavy Chain
L: Mur35 Light Chain
P: c18I peptide
B: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5295
ポリマ－96,5295
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.169, 73.018, 72.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 34359.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WLS4
#5: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Mur35 Heavy Chain


分子量: 25724.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Mur35 Light Chain


分子量: 23395.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 134分子 P

#4: タンパク質・ペプチド c18I peptide / Capsid protein / Core antigen / Core protein


分子量: 1169.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: P69707
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NH4F + 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→174.17 Å / Num. obs: 28001 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 62.21 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.081 / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3431 / CC1/2: 0.432 / Rpim(I) all: 0.737 / Rsym value: 1.451 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→45.42 Å / SU ML: 0.4934 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.4639
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3027 1387 4.96 %
Rwork0.2474 26550 -
obs0.2502 27937 95.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5888 0 0 133 6021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00146074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41158291
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0387904
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.57212110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.690.35541370.31032668X-RAY DIFFRACTION97.19
2.69-2.80.38531390.32562688X-RAY DIFFRACTION97.75
2.8-2.930.37071400.33352686X-RAY DIFFRACTION98.09
2.93-3.080.49241350.31752663X-RAY DIFFRACTION97.12
3.08-3.280.42231380.29812664X-RAY DIFFRACTION96.35
3.28-3.530.30791410.25952640X-RAY DIFFRACTION95.53
3.53-3.880.29281410.23772611X-RAY DIFFRACTION93.48
3.88-4.440.2831370.20872597X-RAY DIFFRACTION92.68
4.45-5.60.25551340.20952588X-RAY DIFFRACTION90.64
5.6-45.420.24811450.23582745X-RAY DIFFRACTION92.54
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -42.5153184889 Å / Origin y: 18.2544494123 Å / Origin z: -19.8502045496 Å
111213212223313233
T0.48319437051 Å2-0.0226203716533 Å2-0.0428265759019 Å2-0.253445029753 Å2-0.0098911064325 Å2--0.62543979774 Å2
L1.04043774956 °2-0.430487738769 °2-0.431829800227 °2-0.34919778533 °20.285363886938 °2--2.05284776249 °2
S0.0899041332195 Å °0.0894428059769 Å °0.0310663037898 Å °-0.0607917917327 Å °0.0347493213631 Å °0.0557480977462 Å °0.0492560788288 Å °0.062536543252 Å °-0.11186830448 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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