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- PDB-9phr: BTB modified at C151 with monobimane -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9phr
タイトルBTB modified at C151 with monobimane
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / BTB modified at C151 with monobimane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / transcription regulator inhibitor activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / actin filament ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / transcription regulator inhibitor activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / cellular response to oxidative stress / midbody / Potential therapeutics for SARS / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9UM / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Ragwan, E.R. / Kung, Y. / Eggler, A.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM133893 米国
Department of Energy (DOE, United States)KP1605010 米国
Other private
引用ジャーナル: Redox Biol / 年: 2025
タイトル: KEAP1 C151 active site catalysis drives electrophilic signaling to upregulate cytoprotective enzyme expression.
著者: Schnell, M.R. / Zhai, T. / Ragwan, E.R. / Jung, H. / Zhang, J. / Lagalante, A.F. / Kung, Y. / Kraut, D.A. / Huang, Z. / Eggler, A.L.
履歴
登録2025年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9802
ポリマ－14,7091
非ポリマー2711
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.976, 42.976, 266.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 14709.019 Da / 分子数: 1 / 変異: S172A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物 ChemComp-9UM / 3-(bromomethyl)-2,5,6-trimethyl-1H,7H-pyrazolo[1,2-a]pyrazole-1,7-dione


分子量: 271.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11BrN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium acetate, 5% glycerol, and 14 to 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.801→32.36 Å / Num. obs: 14489 / % possible obs: 99.07 % / 冗長度: 36.7 % / Biso Wilson estimate: 44.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.45
反射 シェル解像度: 1.801→1.94 Å / Num. unique obs: 2786 / CC1/2: 0.485

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.801→32.36 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 729 -
Rwork0.2339 --
obs-14393 99.07 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→32.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1006 0 14 16 1036
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.94 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3817 146 -
Rwork0.3541 2702 -
obs--95.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.2596-6.9595-5.33047.05016.90518.8811.21091.73172.2609-0.0234-1.7662-3.4899-0.2560.87940.14650.51030.1173-0.07981.09430.0430.800429.9391-21.664-29.38
23.2382-1.66064.83735.8056-0.60658.012-0.10570.55030.36-0.6135-0.2893-0.3115-0.50770.29090.29420.50650.08740.05830.36840.02430.300910.8988-12.1426-27.134
33.7198-4.4873-5.27935.47656.76628.35690.80470.9706-0.3019-0.1839-0.58970.4562-0.842-2.01880.0710.52020.18810.060.473-0.09110.4872-2.0318-14.5744-20.9195
45.2667-2.6831-4.46425.09684.89737.3721-0.1061-0.49080.29450.9424-0.01080.559-1.3931-0.37890.17010.8720.32620.08140.4601-0.0550.4357-5.1403-5.7762-13.7682
55.30383.47541.18699.0342-3.58373.1814-0.023-0.5008-0.34730.81960.00290.5926-0.23970.34250.0980.6870.17090.0890.3653-0.01910.32886.7675-18.0274-12.3733
67.7784-3.9648-2.59117.488-1.06391.99650.3955-0.2338-3.9514-1.084-1.32441.84482.7359-0.24791.04321.41760.07270.09330.73860.05521.484-1.2461-26.631-14.7205
78.55214.75553.70732.82011.96961.6544-0.4054-1.6767-1.06090.3771-0.4999-0.6692-0.293-0.40860.72950.96080.33930.24340.6872-0.00780.567-4.0495-10.6646-9.881
87.6935-7.1795-5.43717.5046.6666.8621-0.0690.30480.8412-0.17090.0329-0.185-1.0958-0.07840.17260.80060.0788-0.09630.29410.02630.31185.9489-5.1379-16.2003
92.71111.92170.57654.84593.82153.4626-0.29480.63832.01910.1527-0.4029-0.4502-3.3195-0.86060.7041.6594-0.1004-0.19770.43780.02390.622611.65680.6547-15.3385
108.25060.9793-1.69925.03723.15212.6573-0.0105-0.60911.2622-0.033-0.03690.4165-0.8772-0.1596-0.11141.26390.1376-0.13940.5102-0.09670.51326.9192-0.3285-6.1882
115.98954.49154.85786.11595.51085.14730.2998-0.08350.8795-0.3886-0.56140.2923-0.5840.92180.14811.0644-0.04170.03410.6112-0.1140.437316.50040.6127-4.3878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 58 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 73 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 96 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 97 through 111 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 112 through 120 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 121 through 129 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 130 through 142 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 143 through 148 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 149 through 162 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 163 through 180 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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