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Yorodumi- PDB-9pfo: Structure of POU2F3 POU domains bound to coactivator OCA-T2 and D... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9pfo | |||||||||||||||||||||||||||
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| Title | Structure of POU2F3 POU domains bound to coactivator OCA-T2 and DNA (2.1 angstrom resolution) | |||||||||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / transcription factor / DNA binding / coactivator complex | |||||||||||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationPOU domain binding / host-mediated suppression of viral transcription / epidermis development / keratinocyte differentiation / wound healing / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...POU domain binding / host-mediated suppression of viral transcription / epidermis development / keratinocyte differentiation / wound healing / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Authors | Ipsaro, J.J. / Alpsoy, A. / Vakoc, C.R. / Joshua-Tor, L. | |||||||||||||||||||||||||||
| Funding support | United States, 8items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Structural Basis of DNA-Dependent Coactivator Recruitment by the Tuft Cell Master Regulator POU2F3 Authors: Alpsoy, A. / Ipsaro, J.J. / Skopelitis, D. / Pal, S. / Chung, F.S. / Carpenter, S. / Desmarais, J. / Wu, X.S. / Chang, K. / DiMare, M.T. / Harten, E. / Bergman, S. / Kinney, J. / Engelman, J. ...Authors: Alpsoy, A. / Ipsaro, J.J. / Skopelitis, D. / Pal, S. / Chung, F.S. / Carpenter, S. / Desmarais, J. / Wu, X.S. / Chang, K. / DiMare, M.T. / Harten, E. / Bergman, S. / Kinney, J. / Engelman, J.A. / Bhang, H.C. / Joshua-Tor, L. / Vakoc, C.R. | |||||||||||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9pfo.cif.gz | 583.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9pfo.ent.gz | 482.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9pfo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/9pfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/9pfo | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9pfnC ![]() 9pfpC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 18503.135 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: POU2F3, OTF11, PLA1 / Plasmid: pHIS-Parallel-GFP / Production host: ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 4218.865 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: POU2AF3, C11orf93, CASC13, COLCA2 / Plasmid: pGEX-4T1 / Production host: ![]() #3: DNA chain | Mass: 4657.060 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human)#4: DNA chain | Mass: 4518.959 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human)#5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.64 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.1 M MMT (1:2:2 molar ratio of DL-malic acid:MES:Tris base), pH 6.0, 25% PEG-1500 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.92011 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 2, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.92011 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→29.85 Å / Num. obs: 71525 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.1 % / CC1/2: 0.872 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Rpim(I) all: 0.173 / Rrim(I) all: 0.303 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 224565 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Num. measured all: 14046 / Num. unique obs: 4421 / CC1/2: 0.531 / Rpim(I) all: 0.473 / Rrim(I) all: 0.83 / Χ2: 1.38 / Net I/σ(I) obs: 2.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→29.83 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.77 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→29.83 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 8items
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