PDB-9pdh: X-ray structure of WT Drosophila Ahcy bound to NAD and adenosine ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pdh

タイトル

X-ray structure of WT Drosophila Ahcy bound to NAD and adenosine at 2.50 A

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / S-adenosylhomocysteinase (Ahcy) / one-carbon metabolism / redox homeostasis / redox-regulation / DESI-MS / retinal degeneration / Drosophila

機能・相同性

機能・相同性情報

Methylation / Sulfur amino acid metabolism / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Singhal, K. / Mesecar, A.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Drosophila Ahcy is a redox sensor that modulates gene expression to protect against light stress-induced retinal degeneration.
著者: Stanhope, S.C. / Singhal, K. / Morato, N.M. / Feng, Y. / Meng, G. / Marlin, M.N. / Kotanko, C.C. / Jarrett, M.M. / Mesecar, A.D. / Cooks, R.G. / Weake, V.M.

履歴

登録	2025年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pdh.cif.gz	824.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pdh.ent.gz	569.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pdh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/9pdh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/9pdh	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

194 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.315, 169.411, 127.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / AdoHcyase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase 分子量: 47615.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Ahcy, Ahcy13, CG11654 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q27580, adenosylhomocysteinase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE 分子量: 267.241 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 16% PEG MME 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月4日 / 詳細: VariMax-VHP Arc Sec optics
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20.45 Å / Num. obs: 66928 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.56 Å² / CC_1/2: 0.925 / CC star: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.2595 / R_pim(I) all: 0.1249 / R_rim(I) all: 0.2895 / Net I/σ(I): 6.51
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.8507 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique obs: 4718 / CC_1/2: 0.459 / CC star: 0.793 / R_pim(I) all: 0.4134 / R_rim(I) all: 0.95 / % possible all: 99.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→20.45 Å / SU ML: 0.3542 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.1278
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2702	1996	2.98 %
R_work	0.2298	64892	-
obs	0.2311	66888	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13267	0	233	859	14359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0042	13796
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7275	18738
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0464	2144
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	2368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.0877	5109

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.56	0.3354	141	0.292	4576	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.56-2.63	0.368	142	0.3019	4611	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.63-2.71	0.3517	142	0.2915	4625	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.71-2.8	0.3455	141	0.2838	4592	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.8-2.9	0.3191	142	0.2701	4639	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.9-3.01	0.2913	142	0.2668	4606	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.01-3.15	0.321	144	0.2563	4629	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.15-3.31	0.2526	143	0.2313	4667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.52	0.2914	141	0.2282	4627	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.52-3.79	0.2932	142	0.2315	4639	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.79-4.17	0.251	143	0.2134	4658	X-RAY DIFFRACTION	99.36
4.17-4.76	0.2034	145	0.1787	4680	X-RAY DIFFRACTION	99.44
4.77-5.98	0.2025	145	0.1857	4692	X-RAY DIFFRACTION	98.37
5.98-20.45	0.203	143	0.1815	4651	X-RAY DIFFRACTION	94.61

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.36612791482	-0.189885686487	0.179579575921	0.544038483056	0.409175167216	1.24428024945	0.0724111123911	0.225488232018	0.249475011238	-0.0175706982152	-0.0734964775138	-0.100518849263	0.0178079693447	0.0517706295844	0.0653861446595	0.13735930328	0.0266808266095	0.00521373265967	0.215602227017	0.0832587900456	0.222247034494	32.2486616581	114.210594577	32.4992317188
2	0.720681652684	0.00929315243053	0.558803767571	0.441108934779	-0.19996368564	0.726754770942	-0.110345471056	0.0217759616391	0.707245887702	-0.177845158558	0.0358632816929	-0.155699869756	-0.421635530126	0.00897944205862	0.106349816039	0.346318252364	-0.00377089584763	-0.0599558593058	0.164234800619	0.0627523832977	0.450953686001	26.0263519934	130.395710769	34.5601783424
3	0.895223108712	0.170697337117	-0.523950220266	1.11756175296	0.168179983729	0.754731682857	-0.0773718181549	0.016032450106	0.248756803729	-0.0912118342102	0.0730128568206	-0.0210476731161	-0.011144639527	0.0412034619006	0.117511725925	0.146810398634	0.014616618349	-0.0320109398657	0.179619126185	-0.0224062946067	0.158214046529	13.2751139182	113.342140138	43.2296510723
4	1.37245867157	-0.267132146622	-0.316955468572	0.253374650153	-0.228388278495	1.11853269962	-0.0859569946585	-0.118903556275	0.145951600976	0.0987861896449	0.0341725389988	-0.0805500114736	-0.108348690001	-0.0779119604632	0.00697964050795	0.201846454996	0.0709705571698	-0.0303017503631	0.180213168046	-0.0328177759923	0.131267956264	6.03759282555	114.412162228	55.303808457
5	1.08773067613	-0.32883637096	-0.68381026053	0.877166421716	0.21600508414	1.31932721639	-0.0896332609058	-0.199711145452	0.296698035533	-0.0036551541404	-0.0521528505796	-0.164133518816	-0.461092621118	0.0467795219472	0.16016469449	0.188664715831	0.0312848675749	-0.0558167381177	0.187715301292	-0.0216054341144	0.217125408736	21.8593313307	116.615196614	59.0572811556
6	1.33960048353	0.1794073787	-0.353750043617	1.63092068864	0.798118201614	0.860451285944	0.0365620367574	0.599715858113	0.489788990931	-0.485926926108	-0.137443524349	-0.0459451514922	-0.0552406248231	-0.0947243470795	0.0662745269713	0.259007650587	0.06894293798	-0.0220362404585	0.309170928429	0.147089838252	0.215595801111	16.0362421978	116.564177299	23.9991305936
7	0.393144340389	-0.342390742229	0.48514520623	0.377226722269	-0.372445174378	0.667024378897	0.135730325588	0.286037694222	0.14541106348	-0.209361447102	-0.125094437679	0.0607520575381	0.129350280517	0.0404784294538	0.0676995058889	0.112685168424	0.21119638398	-0.175819649741	0.436723462661	0.213313250688	-0.00617289321086	-0.723696989277	108.947003771	18.8763215044
8	1.88095841165	-0.418791847384	-0.170588690692	1.20282755433	-0.028474460207	0.430601848936	0.021544270705	-0.373556077575	-0.0308309896664	0.13527611641	-0.0569135389936	-0.257537055888	0.0765152923694	0.260985799351	-0.0614109272078	0.263756291976	0.0790928211634	-0.0973493139373	0.270758062439	-0.00712167270483	0.179131123096	34.6980950738	96.9645440771	66.8585040396
9	1.28805104302	-0.104335017508	-0.249700020043	0.301879963745	-0.037723842823	0.401144751993	-0.0505782090925	-0.092473433142	-0.136325557394	0.0936159286225	0.0629744827416	-0.0721704110893	0.200206453954	0.258849706331	0.0193848697291	0.226680922348	0.0900593455676	-0.0313240515345	0.277297214681	0.00961667290354	0.135112728168	30.4462691421	84.9729209646	68.4498640343
10	2.14823932185	-1.0977655181	0.313211384185	1.34378502075	-0.348654168197	0.103158999704	0.290136835285	0.0450127592767	-0.408677636159	-0.28908510383	-0.100056552974	0.0592016569499	0.358434100009	0.233125495055	-0.118131742708	0.410600369869	0.0912756847963	-0.0318570450161	0.185800749351	0.0552357658076	0.250034999858	21.1233336584	72.4486290003	64.7851619314
11	0.169401457705	-0.156324854665	-0.144967053104	0.223826103062	0.115137679785	0.554811369366	0.089676924818	0.343499302056	-0.0109636537249	-0.0299513932645	0.129602000096	0.0359120604006	0.156367014111	0.00380858029039	-0.00437769787207	0.297373717497	0.0364005103571	-0.0539396243852	0.218350015551	-0.0656769437022	0.125329198278	12.2137128556	88.3835774241	42.4905057315
12	1.94682651951	0.0561521802923	-0.519907960094	1.67322640054	0.351628022105	0.941794775847	-0.172875831006	-0.285169316608	-0.379987118019	-0.231654039784	0.214387940793	-0.0155987366776	-0.172537395881	0.137201666047	0.113421437009	0.301346123147	0.115980309397	-0.0321529309859	0.232604275271	-0.0861789264645	0.151701186882	23.1922447382	81.3725105268	39.4116731642
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20	0.637935842919	0.0474443489869	-0.235420685791	1.15623815481	0.291282398933	0.746190318158	-0.184109790521	-0.186519730551	-0.315809510025	0.287968903465	0.170860983047	0.0880928089416	0.103016125758	-0.157942282354	0.0388771874253	0.357018165332	0.0563786423791	-0.00301629938782	0.370612542067	-0.0178131453155	0.460108691589	-21.1840688536	71.350644962	52.8427354006
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22	1.67311998372	-0.160042090811	-0.248667589383	0.79048977165	-0.167347360565	0.607422419628	-0.0273405245047	-0.149176569733	-0.555552139915	-0.113582380025	-0.0602025793678	0.205841977973	0.336363046599	0.0310446952954	0.0523152989986	0.326002283105	0.00864894654014	-0.0287936289009	0.194743552518	-0.0190640290114	0.384645428947	-3.01117101904	70.6221147511	48.4154917442

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 105 )	A	A	2 - 105	1 - 104
2	2	chain 'A' and (resid 106 through 169 )	A	A	106 - 169	105 - 168
3	3	chain 'A' and (resid 170 through 222 )	A	A	170 - 222	169 - 221
4	4	chain 'A' and (resid 223 through 298 )	A	A	223 - 298	222 - 297
5	5	chain 'A' and (resid 299 through 354 )	A	A	299 - 354	298 - 353
6	6	chain 'A' and (resid 355 through 402 )	A	A	355 - 402	354 - 401
7	7	chain 'A' and (resid 403 through 432 )	A	A	403 - 432	402 - 431
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 27 )	B	D	1 - 27	1 - 27
9	9	chain 'B' and (resid 28 through 141 )	B	D	28 - 141	28 - 141
10	10	chain 'B' and (resid 142 through 189 )	B	D	142 - 189	142 - 189
11	11	chain 'B' and (resid 190 through 274 )	B	D	190 - 274	190 - 274
12	12	chain 'B' and (resid 275 through 307 )	B	D	275 - 307	275 - 307
13	13	chain 'B' and (resid 308 through 374 )	B	D	308 - 374	308 - 374
14	14	chain 'B' and (resid 375 through 432 )	B	D	375 - 432	375 - 432
15	15	chain 'C' and (resid 0 through 142 )	C	G	0 - 142	1 - 143
16	16	chain 'C' and (resid 143 through 207 )	C	G	143 - 207	144 - 208
17	17	chain 'C' and (resid 208 through 322 )	C	G	208 - 322	209 - 323
18	18	chain 'C' and (resid 323 through 432 )	C	G	323 - 432	324 - 433
19	19	chain 'D' and (resid 3 through 27 )	D	J	3 - 27	1 - 25
20	20	chain 'D' and (resid 28 through 207 )	D	J	28 - 207	26 - 205
21	21	chain 'D' and (resid 208 through 342 )	D	J	208 - 342	206 - 340
22	22	chain 'D' and (resid 343 through 432 )	D	J	343 - 432	341 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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