[日本語] English
万見
- PDB-9pdd: 22bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:2 syntaxin-1a:SNAP-25), hydroly... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pdd
タイトル22bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:2 syntaxin-1a:SNAP-25), hydrolyzing, class 29
要素
  • Alpha-soluble NSF attachment protein
  • Unknown SNARE protein
  • Vesicle-fusing ATPase
キーワードHYDROLASE / ATPase / SNARE / hydrolysis / disassembly / translocation / exocytosis / neurotransmitter release / synapse / synaptic transmission / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


soluble NSF attachment protein activity / Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / SNARE complex disassembly / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / COPII-mediated vesicle transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / regulation of synaptic vesicle priming ...soluble NSF attachment protein activity / Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / SNARE complex disassembly / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / COPII-mediated vesicle transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / regulation of synaptic vesicle priming / protein-containing complex disassembly / ATP-dependent protein disaggregase activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane protein transport / positive regulation of ATP-dependent activity / Golgi stack / apical protein localization / syntaxin binding / vesicle-fusing ATPase / syntaxin-1 binding / synaptic vesicle priming / positive regulation of receptor recycling / presynaptic active zone membrane / ionotropic glutamate receptor binding / SNARE binding / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / intracellular protein transport / brain development / neuromuscular junction / potassium ion transport / terminal bouton / neuron differentiation / positive regulation of protein catabolic process / presynapse / midbody / membrane fusion / postsynapse / protein kinase binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NSF attachment protein / Soluble NSF attachment protein, SNAP / : / NSF, AAA+ ATPase lid domain / Vesicle-fusing ATPase / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 ...NSF attachment protein / Soluble NSF attachment protein, SNAP / : / NSF, AAA+ ATPase lid domain / Vesicle-fusing ATPase / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / Vesicle-fusing ATPase / Alpha-soluble NSF attachment protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.16 Å
データ登録者White, K.I. / Brunger, A.T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Helen Hay Whitney Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH063105 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Pre-fusion AAA+ remodeling of target-SNARE protein complexes enables synaptic transmission.
著者: K Ian White / Yousuf A Khan / Kangqiang Qiu / Ashwin Balaji / Sergio Couoh-Cardel / Luis Esquivies / Richard A Pfuetzner / Jiajie Diao / Axel T Brunger
要旨: Membrane fusion is driven by SNARE complex formation across cellular contexts, including vesicle fusion during synaptic transmission. Multiple proteins organize trans-SNARE complex assembly and ...Membrane fusion is driven by SNARE complex formation across cellular contexts, including vesicle fusion during synaptic transmission. Multiple proteins organize trans-SNARE complex assembly and priming, leading to fusion. One target membrane SNARE, syntaxin, forms nanodomains at the active zone, and another, SNAP-25, enters non-fusogenic complexes with it. Here, we show that the AAA+ protein NSF (N-ethylmaleimide sensitive factor) and SNAP (soluble NSF attachment protein) must act prior to fusion. We show that syntaxin clusters are conserved, that NSF colocalizes with them, and characterize SNARE populations within and near these clusters using cryo-EM. Supercomplexes of NSF, α-SNAP, and either a syntaxin tetramer or two binary complexes of syntaxin-SNAP-25 reveal atomic details of SNARE processing and show how sequential ATP hydrolysis drives disassembly. These results suggest a functional role for syntaxin clusters as reservoirs and a corresponding role for NSF in syntaxin liberation and SNARE protein quality control preceding fusion.
履歴
登録2025年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vesicle-fusing ATPase
B: Vesicle-fusing ATPase
C: Vesicle-fusing ATPase
D: Vesicle-fusing ATPase
E: Vesicle-fusing ATPase
F: Vesicle-fusing ATPase
G: Unknown SNARE protein
I: Alpha-soluble NSF attachment protein
J: Alpha-soluble NSF attachment protein
K: Alpha-soluble NSF attachment protein
L: Alpha-soluble NSF attachment protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)637,56926
ポリマ－631,66911
非ポリマー5,90115
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 10分子 ABCDEFIJKL

#1: タンパク質
Vesicle-fusing ATPase / N-ethylmaleimide-sensitive fusion protein / NEM-sensitive fusion protein / Vesicular-fusion protein NSF


分子量: 82907.430 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: NSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18708, vesicle-fusing ATPase
#3: タンパク質
Alpha-soluble NSF attachment protein / SNAP-alpha / N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein alpha


分子量: 33290.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Napa, Snap, Snapa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54921

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 G

#2: RNA鎖 Unknown SNARE protein


分子量: 1061.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 15分子

#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1The 22bin20S complex of NSF, alphaSNAP, and the soluble 2:2 binary SNARE complex of syntaxin-1a and SNAP-25COMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2Subcomplex of alpha-SNAP with poorly defined SNARE bundleCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
3Homohexameric NSFCOMPLEX#11RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
43Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Escherichia coli (大腸菌)562
43Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HCl1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMmagnesium chlorideMgCl21
41 mMadenosine triphosphate1
51 mMTCEP1
試料濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 33.96 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.4粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
5RELION3.1.4CTF補正
8Coot0.9モデルフィッティング
9UCSF ChimeraXモデルフィッティング
11PHENIX1.21モデル精密化
12RELION3.1.4初期オイラー角割当
13cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当
14RELION3.1.4分類
15cryoSPARC3.2.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1889717
3次元再構成解像度: 4.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35805 / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6MDM

6mdm


Accession code: 6MDM / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る