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基本情報
| 登録情報 | ![]() | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Min22bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:2 syntaxin-1a H3:SNAP-25 SN1), 4:2:2 alphaSNAP-syntaxin-1a H3-SNAP-25 SN1 subcomplex local refinement, non-hydrolyzing, class 28 | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened map from CryoSPARC local_refine_new, B = 126.7 | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | ATPase / SNARE / hydrolysis / disassembly / translocation / exocytosis / neurotransmitter release / synapse / synaptic transmission / membrane fusion / HYDROLASE | ||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / soluble NSF attachment protein activity / BLOC-1 complex / myosin head/neck binding / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Other interleukin signaling / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex ...Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / soluble NSF attachment protein activity / BLOC-1 complex / myosin head/neck binding / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Other interleukin signaling / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / extrinsic component of presynaptic membrane / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / COPII-mediated vesicle transport / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / positive regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of catecholamine secretion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / synaptic vesicle docking / SNARE complex disassembly / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / regulation of synaptic vesicle priming / regulated exocytosis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of protein localization / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / ribbon synapse / vesicle docking / regulation of exocytosis / secretion by cell / chloride channel inhibitor activity / SNARE complex / SNAP receptor activity / calcium-ion regulated exocytosis / vesicle fusion / ATP-dependent protein disaggregase activity / actomyosin / hormone secretion / LGI-ADAM interactions / positive regulation of ATP-dependent activity / positive regulation of hormone secretion / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane protein transport / ATP-dependent protein binding / Golgi stack / neurotransmitter secretion / protein localization to membrane / apical protein localization / syntaxin binding / vesicle-fusing ATPase / insulin secretion / syntaxin-1 binding / endosomal transport / Neutrophil degranulation / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / neurotransmitter transport / regulation of synapse assembly / myosin binding / synaptic vesicle priming / response to gravity / regulation of neuron projection development / exocytosis / positive regulation of receptor recycling / associative learning / modulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / protein sumoylation / synaptic vesicle endocytosis / voltage-gated potassium channel activity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / long-term memory / axonal growth cone / calcium channel inhibitor activity / presynaptic active zone membrane / somatodendritic compartment / voltage-gated potassium channel complex / photoreceptor inner segment / ionotropic glutamate receptor binding / endomembrane system / acrosomal vesicle / axonogenesis / secretory granule / SNARE binding / filopodium / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / locomotory behavior / neuromuscular junction / intracellular protein transport / trans-Golgi network / brain development 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
| 生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | ||||||||||||
データ登録者 | White KI / Brunger AT | ||||||||||||
| 資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025 タイトル: Structural remodeling of target-SNARE protein complexes by NSF enables synaptic transmission. 著者: K Ian White / Yousuf A Khan / Kangqiang Qiu / Ashwin Balaji / Sergio Couoh-Cardel / Luis Esquivies / Richard A Pfuetzner / Jiajie Diao / Axel T Brunger / ![]() 要旨: Synaptic vesicles containing neurotransmitters fuse with the plasma membrane upon the arrival of an action potential at the active zone. Multiple proteins organize trans-SNARE complex assembly and ...Synaptic vesicles containing neurotransmitters fuse with the plasma membrane upon the arrival of an action potential at the active zone. Multiple proteins organize trans-SNARE complex assembly and priming, leading to fusion. One target membrane SNARE, syntaxin, forms nanodomains at the active zone, and another, SNAP-25, enters non-fusogenic complexes with it. Here, we reveal mechanistic details of AAA+ protein NSF (N-ethylmaleimide sensitive factor) and SNAP (soluble NSF attachment protein) action before fusion. We show that syntaxin clusters are conserved, that NSF colocalizes with them, and characterize SNARE populations that may exist within or near them using cryo-EM. Supercomplexes of NSF, α-SNAP, and either a syntaxin tetramer or one of two binary complexes of syntaxin-SNAP-25 reveal atomic details of SNARE processing and show how sequential ATP hydrolysis drives disassembly. These results suggest a functional role for syntaxin clusters as reservoirs and a corresponding role for NSF in syntaxin liberation and SNARE protein quality control preceding fusion. | ||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_71601.map.gz | 91.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-71601-v30.xml emd-71601.xml | 36.5 KB 36.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_71601_fsc.xml | 9.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 | emd_71601.png | 108.4 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-71601.cif.gz | 7.9 KB | ||
| その他 | emd_71601_additional_1.map.gz emd_71601_half_map_1.map.gz emd_71601_half_map_2.map.gz | 48.7 MB 90 MB 90 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-71601 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-71601 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_71601_validation.pdf.gz | 921.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_71601_full_validation.pdf.gz | 921.4 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_71601_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_71601_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-71601 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-71601 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 9pfgMC ![]() 9ojrC ![]() 9ojuC ![]() 9ojzC ![]() 9ok3C ![]() 9ok5C ![]() 9okcC ![]() 9oljC ![]() 9oloC ![]() 9om6C ![]() 9omqC ![]() 9pafC ![]() 9pagC ![]() 9pb9C ![]() 9pbaC ![]() 9pbfC ![]() 9pbvC ![]() 9pc3C ![]() 9pcxC ![]() 9pczC ![]() 9pd1C ![]() 9pd8C ![]() 9pdbC ![]() 9pddC ![]() 9pf2C ![]() 9pfcC ![]() 9pffC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_71601.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 96.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Sharpened map from CryoSPARC local_refine_new, B = 126.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.096 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map from CryoSPARC local refine new
| ファイル | emd_71601_additional_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Unsharpened map from CryoSPARC local_refine_new | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A from CryoSPARC local refine new
| ファイル | emd_71601_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Half map A from CryoSPARC local_refine_new | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B from CryoSPARC local refine new
| ファイル | emd_71601_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Half map B from CryoSPARC local_refine_new | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : The spire of the min22bin20S complex of NSF, alphaSNAP, and the s...
| 全体 | 名称: The spire of the min22bin20S complex of NSF, alphaSNAP, and the soluble 2:2 binary SNARE complex of the syntaxin-1a H3 and SNAP-25 SN1 domains |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: The spire of the min22bin20S complex of NSF, alphaSNAP, and the s...
| 超分子 | 名称: The spire of the min22bin20S complex of NSF, alphaSNAP, and the soluble 2:2 binary SNARE complex of the syntaxin-1a H3 and SNAP-25 SN1 domains タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
|---|
-超分子 #2: Subcomplex of alphaSNAP, syntaxin-1a H3, and SNAP-25 SN1
| 超分子 | 名称: Subcomplex of alphaSNAP, syntaxin-1a H3, and SNAP-25 SN1 タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Homohexameric NSF
| 超分子 | 名称: Homohexameric NSF / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #4: 2:2 binary complex of SNAP-25 SN1 and syntaxin-1a H3
| 超分子 | 名称: 2:2 binary complex of SNAP-25 SN1 and syntaxin-1a H3 タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2-#3 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Synaptosomal-associated protein 25
| 分子 | 名称: Synaptosomal-associated protein 25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 9.741827 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: SMAEDADMRN ELEEMQRRAD QLADESLEST RRMLQLVEES KDAGIRTLVM LDEQGEQLER IEEGMDQINK DMKEAEKNLT DLGK UniProtKB: Synaptosomal-associated protein 25 |
-分子 #2: Syntaxin-1A
| 分子 | 名称: Syntaxin-1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 9.233696 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MALSEIETRH SEIIKLENSI RELHDMFMDM AMLVESQGEM IDRIEYNVEH AVDYVERAVS DTKKAVKYQS KARRKKIM UniProtKB: Syntaxin-1A |
-分子 #3: Alpha-soluble NSF attachment protein
| 分子 | 名称: Alpha-soluble NSF attachment protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 33.290715 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: GMDTSGKQAE AMALLAEAER KVKNSQSFFS GLFGGSSKIE EACEIYARAA NMFKMAKNWS AAGNAFCQAA QLHLQLQSKH DAATCFVDA GNAFKKADPQ EAINCLMRAI EIYTDMGRFT IAAKHHISIA EIYETELVDV EKAIAHYEQS ADYYKGEESN S SANKCLLK ...文字列: GMDTSGKQAE AMALLAEAER KVKNSQSFFS GLFGGSSKIE EACEIYARAA NMFKMAKNWS AAGNAFCQAA QLHLQLQSKH DAATCFVDA GNAFKKADPQ EAINCLMRAI EIYTDMGRFT IAAKHHISIA EIYETELVDV EKAIAHYEQS ADYYKGEESN S SANKCLLK VAGYAAQLEQ YQKAIDIYEQ VGTSAMDSPL LKYSAKDYFF KAALCHFCID MLNAKLAVQK YEELFPAFSD SR ECKLMKK LLEAHEEQNV DSYTESVKEY DSISRLDQWL TTMLLRIKKT IQGDEEDLR UniProtKB: Alpha-soluble NSF attachment protein |
-分子 #4: Vesicle-fusing ATPase
| 分子 | 名称: Vesicle-fusing ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: vesicle-fusing ATPase |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 82.90743 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: GAHMAGRSMQ AARCPTDELS LSNCAVVSEK DYQSGQHVIV RTSPNHKYIF TLRTHPSVVP GSVAFSLPQR KWAGLSIGQE IEVALYSFD KAKQCIGTMT IEIDFLQKKN IDSNPYDTDK MAAEFIQQFN NQAFSVGQQL VFSFNDKLFG LLVKDIEAMD P SILKGEPA ...文字列: GAHMAGRSMQ AARCPTDELS LSNCAVVSEK DYQSGQHVIV RTSPNHKYIF TLRTHPSVVP GSVAFSLPQR KWAGLSIGQE IEVALYSFD KAKQCIGTMT IEIDFLQKKN IDSNPYDTDK MAAEFIQQFN NQAFSVGQQL VFSFNDKLFG LLVKDIEAMD P SILKGEPA SGKRQKIEVG LVVGNSQVAF EKAENSSLNL IGKAKTKENR QSIINPDWNF EKMGIGGLDK EFSDIFRRAF AS RVFPPEI VEQMGCKHVK GILLYGPPGC GKTLLARQIG KMLNAREPKV VNGPEILNKY VGESEANIRK LFADAEEEQR RLG ANSGLH IIIFDEIDAI CKQRGSMAGS TGVHDTVVNQ LLSKIDGVEQ LNNILVIGMT NRPDLIDEAL LRPGRLEVKM EIGL PDEKG RLQILHIHTA RMRGHQLLSA DVDIKELAVE TKNFSGAELE GLVRAAQSTA MNRHIKASTK VEVDMEKAES LQVTR GDFL ASLENDIKPA FGTNQEDYAS YIMNGIIKWG DPVTRVLDDG ELLVQQTKNS DRTPLVSVLL EGPPHSGKTA LAAKIA EES NFPFIKICSP DKMIGFSETA KCQAMKKIFD DAYKSQLSCV VVDDIERLLD YVPIGPRFSN LVLQALLVLL KKAPPQG RK LLIIGTTSRK DVLQEMEMLN AFSTTIHVPN IATGEQLLEA LELLGNFKDK ERTTIAQQVK GKKVWIGIKK LLMLIEMS L QMDPEYRVRK FLALLREEGA SPLDFD UniProtKB: Vesicle-fusing ATPase |
-分子 #5: water
| 分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 24 / 式: HOH |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 18.015 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
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試料調製
| 濃度 | 15 mg/mL | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||||||||
| グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 33.992 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
| 試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
| 初期モデル |
| ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||
| 得られたモデル | ![]() PDB-9pfg: |
ムービー
コントローラー
万見について




キーワード
データ登録者
米国, 3件
引用






























































Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)














































FIELD EMISSION GUN



