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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9pbg | ||||||||||||
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| Title | TCR 19.2 complex with YEIH-HLA B*27:05 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / TCR / complex | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationantigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / regulation of natural killer cell mediated immunity / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / negative regulation of iron ion transport ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / regulation of natural killer cell mediated immunity / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / HFE-transferrin receptor complex / MHC class I peptide loading complex / transferrin transport / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to iron ion / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to nicotine / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of immune response / specific granule lumen / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / sensory perception of smell / Modulation by Mtb of host immune system / tertiary granule lumen / positive regulation of cellular senescence / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / late endosome membrane / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||||||||
Authors | Xiang, X. / Jude, K.M. / Wang, N. / Garcia, K.C. | ||||||||||||
| Funding support | United States, United Kingdom, 3items
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Citation | Journal: Nat.Biotechnol. / Year: 2026Title: Deep peptide recognition profiling decodes TCR specificity and enables disease-associated antigen discovery. Authors: Wang, N. / Yeh, H. / Lai, B. / Perera, J. / Jude, K.M. / Risch, I. / Um, J. / Chen, X. / Xiang, X. / Wang, C. / Liu, L.D. / Yang, X. / Paley, M.A. / Khan, A.A. / Garcia, K.C. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9pbg.cif.gz | 426.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9pbg.ent.gz | 292.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9pbg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/9pbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/9pbg | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9pbhC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 4 molecules ABDE
| #1: Protein | Mass: 32217.451 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-B / Production host: ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Production host: ![]() |
| #4: Protein | Mass: 22716.121 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) |
| #5: Protein | Mass: 27529.416 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) |
-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 3 molecules C

| #3: Protein/peptide | Mass: 1078.413 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
|---|---|
| #7: Sugar |
-Non-polymers , 2 types, 165 molecules 


| #6: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.2 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M sodium malonate pH 6.4 17% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 20, 2025 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→46.75 Å / Num. obs: 59753 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 35.84 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 8.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.668 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4384 / CC1/2: 0.54 / Rpim(I) all: 1.055 / Rrim(I) all: 1.981 / Χ2: 0.82 / % possible all: 98.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→46.75 Å / SU ML: 0.2892 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.2939 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 72.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→46.75 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States,
United Kingdom, 3items
Citation
PDBj


