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- PDB-9pbb: 293K human S-adenosylmethionine decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pbb
タイトル293K human S-adenosylmethionine decarboxylase
要素
  • S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain
  • S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain
キーワードLYASE / polyamine biosynthesis / decarboxylase / AdoMet
機能・相同性
機能・相同性情報


spermine biosynthetic process / adenosylmethionine decarboxylase / adenosylmethionine decarboxylase activity / Metabolism of polyamines / polyamine metabolic process / putrescine binding / spermidine biosynthetic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, conserved site / : / Adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase signature. / S-adenosylmethionine decarboxylase, core
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIAMINOBUTANE / S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Patel, J.R. / Bonzon, T.J. / Bahkt, T. / Fagbohun, O.O. / Clinger, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR220081 米国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Multi-Temperature Crystallography of S-Adenosylmethionine Decarboxylase Observes Dynamic Loop Motions.
著者: Patel, J.R. / Bonzon, T.J. / Bakht, T.F. / Fagbohun, O.O. / Clinger, J.A.
履歴
登録2025年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain
A: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2724
ポリマ－40,0612
非ポリマー2102
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.418, 45.876, 72.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.971, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain


分子量: 9375.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMD1, AMD / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P17707
#2: タンパク質 S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain


分子量: 30685.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMD1, AMD / Cell (発現宿主): pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P17707
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE


分子量: 88.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H12N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 4mg/mL enzyme in 200mM NaCl 50mM HEPES pH 7.5 1:1 to reservoir solution containing 4-8% PEG 8000 and 50mM Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→37.41 Å / Num. obs: 16461 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 16.14 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.306 / Rpim(I) all: 0.123 / Rrim(I) all: 0.331 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.932 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 706 / CC1/2: 0.285 / Rpim(I) all: 0.676 / Rrim(I) all: 1.2 / % possible all: 85.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→37.41 Å / SU ML: 0.2291 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.7659
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 815 5.01 %
Rwork0.208 15438 -
obs0.2088 16253 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→37.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2461 0 19 133 2613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00752553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93373447
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1022374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3168937
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.310.28981270.28082391X-RAY DIFFRACTION92.81
2.31-2.480.25421320.24972574X-RAY DIFFRACTION98.98
2.48-2.730.30861290.25342597X-RAY DIFFRACTION99.2
2.73-3.130.23421330.22172608X-RAY DIFFRACTION99.6
3.13-3.940.21071410.17722595X-RAY DIFFRACTION99.24
3.94-37.410.17231530.17062673X-RAY DIFFRACTION99.37
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1130770291-0.5878358403970.1369505460050.7359772657820.1995547027822.148221220170.244030276560.581258702429-0.07421344475760.101283545546-0.1329185154480.101638125321-0.291005386827-0.268173278296-0.04860048982950.08025396196380.1007933151780.02222156704060.3059682071930.04298361269960.142652804426-31.512026378212.493437728515.1657887319
22.959351088640.174422138853-0.1635272139071.03032609463-0.3009789543422.597862844450.1014138327510.291946717176-0.00220783324921-0.0716710966306-0.0343671696162-0.045177410695-0.02062368542640.16429210735-0.02776674254010.09097599272370.02501747606960.01018524355630.112001428050.004631443755470.0947009851828-17.65782429288.3234129754118.8544970039
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-IDEnd label seq-ID
11(chain 'B' and resid 7 through 67)BA7 - 672 - 55
22(chain 'A' and resid 68 through 328)AB - C68 - 328253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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