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万見
- PDB-9p8x: Crystal structure of GITR in complex with ligand-non-competitive ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p8x
タイトルCrystal structure of GITR in complex with ligand-non-competitive Ab#1 Fab fragment
要素
  • Ab#1-Fab Heavy Chain
  • Ab#1-Fab Light Chain
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
キーワードIMMUNE SYSTEM / GITR / GITRL / Glucocorticoid-induced TNF receptor / TNFRSF18 / TNFR / TNF / Tumor necrosis factor receptor / antibody / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cell adhesion / external side of plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / signal transduction ...tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cell adhesion / external side of plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 18 / Tumour necrosis factor receptor 18, N-terminal / : / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Huang, C.-S. / Mosyak, L. / Maben, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Ligand non-competitive GITR antibody prevents formation of the obligatory signal-triggering GITRL: GITR stoichiometry.
著者: Yan, J. / Min-DeBartolo, J. / Huang, C.S. / Sharif, M.N. / Li, L. / Fish, S. / Dower, C. / Murphy, D. / Andreyeva, T. / Liu, H. / Han, X. / Zheng, W. / Ooi, J.H. / Edmonds, J. / Chen, T. / ...著者: Yan, J. / Min-DeBartolo, J. / Huang, C.S. / Sharif, M.N. / Li, L. / Fish, S. / Dower, C. / Murphy, D. / Andreyeva, T. / Liu, H. / Han, X. / Zheng, W. / Ooi, J.H. / Edmonds, J. / Chen, T. / Maben, Z. / Stevens, C.R. / Goihberg, P. / Nocula-Lugowska, M. / Evans, S.M. / Mosyak, L. / Kelleher, K. / Dickinson, C. / Hegen, M. / Winkler, A. / Karlsson, F.
履歴
登録2025年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Ab#1-Fab Heavy Chain
L: Ab#1-Fab Light Chain
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3235
ポリマ－61,0423
非ポリマー2802
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.198, 113.198, 219.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Ab#1-Fab Heavy Chain


分子量: 23923.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Ab#1-Fab Light Chain


分子量: 23124.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18 / Activation-inducible TNFR family receptor / Glucocorticoid-induced TNFR-related protein


分子量: 13993.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF18, AITR, GITR, UNQ319/PRO364 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5U5
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 30分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG20,000, and 100 mM sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→44.76 Å / Num. obs: 18744 / % possible obs: 93.77 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 76.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0181 / Rrim(I) all: 0.0256 / Net I/σ(I): 21.19
反射 シェル解像度: 2.86→2.962 Å / Rmerge(I) obs: 0.2692 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique obs: 1941 / CC1/2: 0.824 / Rrim(I) all: 0.3807

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→44.76 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 860 4.59 %
Rwork0.2143 --
obs0.2163 18744 93.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→44.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4182 0 18 29 4229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7815857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.146591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047651
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.86-3.040.32871310.28753106X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.270.31641370.27713113X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.60.35121220.26332473X-RAY DIFFRACTION79
3.6-4.120.28691320.22432624X-RAY DIFFRACTION83
4.12-5.190.21571570.17853187X-RAY DIFFRACTION100
5.19-44.760.23111810.19823381X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5809-0.80022.38451.4881-1.02854.3588-0.30812.04522.4858-0.65380.16870.8449-0.8108-1.0524-0.10091.01150.06760.03291.5310.70731.2889-31.372452.7562-12.0951
21.17421.04840.64195.2832-0.78623.1411-0.33550.8591.0948-0.72690.75420.3831-0.4743-1.0488-0.51850.9984-0.07220.11171.13960.39380.9678-30.503748.676-9.5806
34.8642-1.83434.3833.3867-0.18524.75520.00281.6980.8114-0.99480.7274-0.4407-0.6528-0.17130.89261.3472-0.02840.04511.47191.02211.4948-26.050358.4663-15.7135
48.5586-4.79722.70098.162-0.62714.54110.8428-0.1767-0.94851.12710.1579-2.3775-0.00271.4055-0.9671.43840.2718-0.02130.9221-0.0051.6932-6.93475.264419.4195
50.3214-0.9588-0.4414.04941.88240.95470.1129-1.116-3.64763.1411.522-1.33191.72820.5432-0.76632.65110.3825-0.15361.6240.33083.2935-11.564-10.260825.15
61.4969-1.0778-0.87074.72171.9231.3322-0.7874-1.1001-0.67411.35130.5129-0.620.8790.5809-1.03981.84141.56160.28661.97140.57021.8419-8.76981.955625.9886
74.8282-0.5531.46615.67412.91258.1578-0.448-1.2216-1.4961.3994-0.5423-0.33491.1294-0.1570.34951.03450.29990.2090.8490.4551.4039-16.883610.991528.6565
84.5088-0.03781.96912.34111.79663.27430.1379-1.0174-1.54782.07090.19460.11911.3581-1.53460.43521.71310.00150.24071.36210.48381.0911-21.40297.370334.1048
92.8732-4.0193-2.336.23751.30868.5517-0.3508-1.60260.26261.0009-0.1917-3.8846-1.28853.1431.9731.16960.5526-0.86633.10011.19352.4226-0.463119.073541.1014
102.7126-2.90961.86965.8454-1.67185.02080.21240.8413-1.005-0.4207-0.60820.41610.886-0.21770.43770.7563-0.04890.07020.48010.0220.5307-40.692823.79798.4734
118.164-2.06880.61665.767-1.00465.5786-0.3262-0.2572-0.54250.31540.04240.0050.5201-0.26620.34260.465-0.00530.08410.37620.08360.3729-37.40323.137220.0308
124.5174-2.96471.50067.0903-2.89196.2871-0.09150.003-0.2778-0.012-0.3535-0.22440.5210.56890.44090.45170.0360.05290.5120.11230.4369-32.836926.394216.4494
132.60750.043-4.68591.9093-0.54698.4178-0.4712.95440.6585-0.78510.6001-0.29370.0117-0.8854-0.20330.9339-0.19160.03551.98870.30330.7627-35.363140.3776-14.9833
142.27912.2096-0.66172.86580.47015.8358-0.44512.3545-0.3688-0.1826-0.23120.1054-0.1961-0.73860.59780.7501-0.03580.02091.1250.020.6321-32.455838.2564-10.158
151.8541-1.4214-2.94091.55271.58175.55120.21462.2232-0.7261-1.30110.475-0.43980.3029-0.93460.31321.169-0.24950.53992.2798-0.14730.8694-25.114539.0475-24.0689
167.4281-2.9651-1.44061.91741.41115.5307-1.24942.0622-0.2503-0.8073-0.2169-0.19480.33550.94191.13011.2404-0.53080.02962.3403-0.44570.8614-37.796334.97-20.1209
173.92381.9235-1.47054.7111-1.43585.2663-0.195-0.3162-0.24940.0671-0.0622-0.9040.18960.79510.31290.42810.0918-0.05640.56380.06990.6165-14.748132.612816.2817
183.39741.5811-3.23961.3883-1.15483.1034-0.1106-0.06860.3138-0.13390.048-0.23020.00520.0197-0.44860.63640.04930.06820.61010.04780.6206-19.831538.649811.0378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 115 through 157 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 158 through 188 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 189 through 213 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 32 through 52 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 53 through 68 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 69 through 74 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 75 through 104 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 105 through 114 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 115 through 155 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 1 through 17 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 18 through 83 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 84 through 120 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 121 through 163 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 164 through 186 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 187 through 203 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 204 through 225 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 1 through 88 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 89 through 114 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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