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- PDB-9p8w: Anti-phage dGTPase from Shewanella putrefaciens CN-32 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p8w
タイトルAnti-phage dGTPase from Shewanella putrefaciens CN-32
要素Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein
キーワードHYDROLASE / deoxynucleoside triphosphohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


dGTPase activity / dGTP catabolic process
類似検索 - 分子機能
dNTP triphosphohydrolase, type 2 / Phosphohydrolase-associated domain / Phosphohydrolase-associated domain / dNTP triphosphohydrolase / : / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella putrefaciens CN-32 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Yamaguchi, S. / Fernandez, S.G. / Wassarman, D.R. / Luder, M. / Schwede, F. / Kranzusch, P.J.
資金援助 日本, フランス, 米国, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)202360072 日本
Human Frontier Science Program (HFSP)LT0051 フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2 GM146250-01 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Activating and inhibiting nucleotide signals coordinate bacterial anti-phage defense.
著者: Sonomi Yamaguchi / Samantha G Fernandez / Douglas R Wassarman / Marlen Lüders / Frank Schwede / Philip J Kranzusch /
要旨: The cellular nucleotide pool is a major focal point of the host immune response to viral infection. Immune effector proteins that disrupt the nucleotide pool allow animal and bacterial cells to ...The cellular nucleotide pool is a major focal point of the host immune response to viral infection. Immune effector proteins that disrupt the nucleotide pool allow animal and bacterial cells to broadly restrict diverse viruses, but reduced nucleotide availability induces cellular toxicity and can limit host fitness(Ahmad et al., 1998; Goldstone et al., 2011; Hsueh et al., 2022; Itsko & Schaaper, 2014; Tal et al., 2022). Here we discover a bacterial anti-phage defense system named Clover that overcomes this tradeoff by encoding a deoxynucleoside triphosphohydrolase enzyme (CloA) that dynamically responds to both an activating phage cue and an inhibitory nucleotide immune signal produced by a partnering regulatory enzyme (CloB). Analysis of Clover phage restriction in cells and reconstitution of enzymatic function in vitro demonstrate that CloA is a dGTPase that responds to viral enzymes that increase cellular levels of dTTP. To restrain CloA activation in the absence of infection, we show that CloB synthesizes a dTTP-related inhibitory nucleotide signal p3diT (5'-triphosphothymidyl-3'5'-thymidine) that binds to CloA and suppresses activation. Cryo-EM structures of CloA in activated and suppressed states reveal how dTTP and p3diT control distinct allosteric sites and regulate effector function. Our results define how nucleotide signals coordinate both activation and inhibition of antiviral immunity and explain how cells balance defense and immune-mediated toxicity.
履歴
登録2025年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4252
ポリマ－53,4011
非ポリマー241
水1,820101
1
A: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,55012
ポリマ－320,4046
非ポリマー1466
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
crystal symmetry operation11_654-x+y+1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/21
Buried area25660 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area105950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.718, 121.718, 151.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-620-

HOH

21A-701-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein


分子量: 53400.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens CN-32 (バクテリア)
遺伝子: Sputcn32_0159 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Y1R2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.45 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5, 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→105.41 Å / Num. obs: 19233 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39 % / Biso Wilson estimate: 50.25 Å2 / CC1/2: 0.853 / Rmerge(I) obs: 0.378 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.387 / Rsym value: 0.378 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.68→2.81 Å / 冗長度: 40.1 % / Rmerge(I) obs: 2.97 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2502 / CC1/2: 0.853 / R split: 3.042 / Rpim(I) all: 0.658 / Rsym value: 2.97 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→75.74 Å / SU ML: 0.3616 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.787
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 926 4.81 %
Rwork0.2084 18307 -
obs0.211 19233 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→75.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3676 0 1 101 3778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00233753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48785052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0358540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.01421441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.820.341510.28252530X-RAY DIFFRACTION99.89
2.82-30.33661270.27232550X-RAY DIFFRACTION99.96
3-3.230.32091190.24932579X-RAY DIFFRACTION99.96
3.23-3.550.29281310.21592579X-RAY DIFFRACTION100
3.56-4.070.24751320.19472602X-RAY DIFFRACTION99.96
4.07-5.130.19371350.17272642X-RAY DIFFRACTION100
5.13-75.740.26541310.19362825X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.28903641826-0.2758421625050.2414003388831.487997563310.05201790234591.45931223117-0.146546501891-0.0511846568879-0.1011141916160.1310801592740.08855299344950.1324096567880.437353494897-0.3917121893380.03609224484540.633378050407-0.1214134108830.04424009249490.7414527527710.03460385403070.47432766755425.1769664357-57.463450872-46.3292099743
21.605350570560.230685329556-0.1189634126890.592849378699-0.01465869831061.25731271738-0.036280345193-0.09262064604870.08776293957140.08200671796520.02054899568610.0379244980196-0.0347127510615-0.2900190005880.003167339467740.395334670516-0.0219592430150.007004961899850.4313876244810.006731940647770.34323389213933.6122591014-43.7751819654-56.0132903341
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 98 )1 - 981 - 91
22chain 'A' and (resid 99 through 459 )99 - 45992 - 452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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