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- PDB-9p8t: Structure of CloA co-expressed with CloB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p8t
タイトルStructure of CloA co-expressed with CloB
要素
  • 5'-diphosphothymidyl-3'5'-thymidine (p2diT)
  • DNTP triphosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / deoxynucleoside triphosphohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


dGTPase activity / dGTP catabolic process
類似検索 - 分子機能
Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase, C-terminal / Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase, central domain superfamily / dNTP triphosphohydrolase / : / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNTP triphosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Yamaguchi, S. / Fernandez, S.G. / Wassarman, D.R. / Luder, M. / Schwede, F. / Kranzusch, P.J.
資金援助 日本, フランス, 米国, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)202360072 日本
Human Frontier Science Program (HFSP)LT0051 フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2 GM146250-01 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Activating and inhibiting nucleotide signals coordinate bacterial anti-phage defense.
著者: Sonomi Yamaguchi / Samantha G Fernandez / Douglas R Wassarman / Marlen Lüders / Frank Schwede / Philip J Kranzusch /
要旨: The cellular nucleotide pool is a major focal point of the host immune response to viral infection. Immune effector proteins that disrupt the nucleotide pool allow animal and bacterial cells to ...The cellular nucleotide pool is a major focal point of the host immune response to viral infection. Immune effector proteins that disrupt the nucleotide pool allow animal and bacterial cells to broadly restrict diverse viruses, but reduced nucleotide availability induces cellular toxicity and can limit host fitness(Ahmad et al., 1998; Goldstone et al., 2011; Hsueh et al., 2022; Itsko & Schaaper, 2014; Tal et al., 2022). Here we discover a bacterial anti-phage defense system named Clover that overcomes this tradeoff by encoding a deoxynucleoside triphosphohydrolase enzyme (CloA) that dynamically responds to both an activating phage cue and an inhibitory nucleotide immune signal produced by a partnering regulatory enzyme (CloB). Analysis of Clover phage restriction in cells and reconstitution of enzymatic function in vitro demonstrate that CloA is a dGTPase that responds to viral enzymes that increase cellular levels of dTTP. To restrain CloA activation in the absence of infection, we show that CloB synthesizes a dTTP-related inhibitory nucleotide signal p3diT (5'-triphosphothymidyl-3'5'-thymidine) that binds to CloA and suppresses activation. Cryo-EM structures of CloA in activated and suppressed states reveal how dTTP and p3diT control distinct allosteric sites and regulate effector function. Our results define how nucleotide signals coordinate both activation and inhibition of antiviral immunity and explain how cells balance defense and immune-mediated toxicity.
履歴
登録2025年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNTP triphosphohydrolase
B: DNTP triphosphohydrolase
D: DNTP triphosphohydrolase
E: DNTP triphosphohydrolase
G: DNTP triphosphohydrolase
H: DNTP triphosphohydrolase
J: DNTP triphosphohydrolase
K: DNTP triphosphohydrolase
M: 5'-diphosphothymidyl-3'5'-thymidine (p2diT)
N: 5'-diphosphothymidyl-3'5'-thymidine (p2diT)
O: 5'-diphosphothymidyl-3'5'-thymidine (p2diT)
P: 5'-diphosphothymidyl-3'5'-thymidine (p2diT)
Q: 5'-diphosphothymidyl-3'5'-thymidine (p2diT)
R: 5'-diphosphothymidyl-3'5'-thymidine (p2diT)
S: 5'-diphosphothymidyl-3'5'-thymidine (p2diT)
T: 5'-diphosphothymidyl-3'5'-thymidine (p2diT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,40024
ポリマ－440,20516
非ポリマー1948
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
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d_4ens_1chain "E"
d_5ens_1chain "G"
d_6ens_1chain "H"
d_7ens_1chain "D"
d_8ens_1chain "K"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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2given(1.62621826316E-6, 0.999999999993, -3.41031766137E-6), (-0.999999999999, 1.62621853161E-6, 7.86725401563E-8), (7.86780860775E-8, 3.41031753343E-6, 0.999999999994)-0.000215353177026, 265.319781735, -0.000447828931925
3given(0.406889072046, 0.913477391549, -0.000581531857973), (0.913477387618, -0.40688931495, -0.000384306348921), (-0.000587674260479, -0.000374846148743, -0.999999757065)-42.4314149694, 65.4941380406, 254.480129806
4given(-1), (-1), (1)265.32, 265.32, 2.84217094304E-14
5given(-0.913477387616, 0.406889314953, 0.000384306344561), (0.40688907205, 0.913477391547, -0.000581531852466), (-0.000587674254258, -0.000374846145485, -0.999999757065)199.825861959, -42.4314149706, 254.480129804
6given(2.22044604925E-16, -1), (1, 2.22044604925E-16), (1)265.32, 2.84217094304E-14, 1.13686837722E-13
7given(-0.406890216586, -0.913476879728, 0.000584678219894), (-0.913476876928, 0.406890461375, 0.000384396413589), (-0.000589037227113, -0.000377682894336, -0.999999755195)307.750643022, 199.825615127, 254.480725746

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要素

#1: タンパク質
DNTP triphosphohydrolase


分子量: 54382.273 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: dgt, ECD07_17535, EIW74_15545, GB147_17355 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5H6DAK1
#2: DNA鎖
5'-diphosphothymidyl-3'5'-thymidine (p2diT)


分子量: 643.408 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Octameric complex of Clover A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 48.69 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21_5207モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 221450 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 113.59 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001831088
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.417741968
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03264488
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00325424
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.42174210
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.39905602361E-13
ens_1d_3AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.29268148057E-12
ens_1d_4AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.53493975724E-10
ens_1d_5AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.93820160183E-13
ens_1d_6AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.20125178806E-10
ens_1d_7AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.16051636774E-13
ens_1d_8AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.31584010214E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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