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- PDB-9p79: In situ human Hibernating rotate3 with Z site tRNA state 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p79
タイトルIn situ human Hibernating rotate3 with Z site tRNA state 80S ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 19
  • (60S ribosomal protein ...) x 33
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 7
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 12
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Elongation factor 2
  • Heparin-binding protein HBp15
  • Proliferation-associated protein 2G4
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • SERPINE1 mRNA-binding protein 1
  • Transcription factor BTF3
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • Z site tRNA
キーワードRIBOSOME / In situ
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of diphthamide-EEF2 / translation at postsynapse / negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / PML body organization / response to folic acid / SUMO binding / response to insecticide ...Synthesis of diphthamide-EEF2 / translation at postsynapse / negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / PML body organization / response to folic acid / SUMO binding / response to insecticide / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / regulation of translation involved in cellular response to UV / positive regulation of cytoplasmic translation / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / regulation of G1 to G0 transition / ribosomal protein import into nucleus / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of base-excision repair / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / 90S preribosome assembly / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / nucleolus organization / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / GAIT complex / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / aggresome / TORC2 complex binding / G1 to G0 transition / supercoiled DNA binding / NF-kappaB complex / neural crest cell differentiation / oxidized purine DNA binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / middle ear morphogenesis / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of establishment of cell polarity / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / rRNA modification in the nucleus and cytosol / negative regulation of phagocytosis / erythrocyte homeostasis / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / protein kinase A binding / laminin receptor activity / homeostatic process / ion channel inhibitor activity / lncRNA binding / Uptake and function of diphtheria toxin / Ribosomal scanning and start codon recognition / pigmentation / Translation initiation complex formation / positive regulation of mitochondrial depolarization / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / fibroblast growth factor binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of natural killer cell proliferation / male meiosis I / monocyte chemotaxis / TOR signaling / negative regulation of translational frameshifting / BH3 domain binding / Protein hydroxylation / positive regulation of activated T cell proliferation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / iron-sulfur cluster binding / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell division / cellular response to ethanol / mTORC1-mediated signalling / Peptide chain elongation / skeletal muscle cell differentiation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / cellular response to actinomycin D / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / Eukaryotic Translation Termination / blastocyst development / positive regulation of GTPase activity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane
類似検索 - 分子機能
Intracellular hyaluronan-binding protein 4, N-terminal domain / Intracellular hyaluronan-binding protein 4 N-terminal / PA2G4 family / Hyaluronan / mRNA binding family / RNA binding protein HABP4/SERBP1 / Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. ...Intracellular hyaluronan-binding protein 4, N-terminal domain / Intracellular hyaluronan-binding protein 4 N-terminal / PA2G4 family / Hyaluronan / mRNA binding family / RNA binding protein HABP4/SERBP1 / Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. / NAC / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Peptidase M24 / : / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / 40S ribosomal protein SA / Ribosomal protein L6, N-terminal / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / EF-G domain III/V-like / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Tr-type G domain, conserved site / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L44e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / : / Ribosomal protein L24e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L6e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL10 ...SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Elongation factor 2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Transcription factor BTF3 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL22 / SERPINE1 mRNA-binding protein 1 / Ribosomal protein uL16-like / Proliferation-associated protein 2G4 / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wei, Z. / Yong, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Visualizing the translation landscape in human cells at high resolution.
著者: Wei Zheng / Yuekang Zhang / Jimin Wang / Shuhui Wang / Pengxin Chai / Elizabeth J Bailey / Chenghao Zhu / Wangbiao Guo / Swapnil C Devarkar / Shenping Wu / Jianfeng Lin / Kai Zhang / Jun Liu ...著者: Wei Zheng / Yuekang Zhang / Jimin Wang / Shuhui Wang / Pengxin Chai / Elizabeth J Bailey / Chenghao Zhu / Wangbiao Guo / Swapnil C Devarkar / Shenping Wu / Jianfeng Lin / Kai Zhang / Jun Liu / Ivan B Lomakin / Yong Xiong /
要旨: Comprehensive in situ structures of macromolecules can transform our understanding of biology and advance human health. Here, we map protein synthesis inside human cells in detail by combining ...Comprehensive in situ structures of macromolecules can transform our understanding of biology and advance human health. Here, we map protein synthesis inside human cells in detail by combining automated cryo-focused ion beam (FIB) milling and in situ single-particle cryo electron microscopy (cryo-EM). With this in situ cryo-EM approach, we resolved a 2.2 Å consensus structure of the human 80S ribosome and unveiled 23 functional states, nearly all better than 3 Å resolution. Compared to in vitro studies, we observed variations in ribosome structures, distinct environments of ion and polyamine binding, and associated proteins such as EDF1 and NACβ that are typically not enriched with purified ribosomes. We also detected additional peptide-related density features on the ribosome and visualized ribosome-ribosome interactions in helical polysomes. Finally, high-resolution structures from cells treated with homoharringtonine and cycloheximide revealed a distinct translational landscape and a spermidine that interacts with cycloheximide at the E site, one of the numerous polyamines that also bind native ribosomes. These results underscore the value of high-resolution in situ studies in the native environment.
履歴
登録2025年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
CD: SERPINE1 mRNA-binding protein 1
CI: Transcription factor BTF3
L5: 28S rRNA
L7: 5S rRNA
L8: 5.8S rRNA
LA: 60S ribosomal protein L8
LB: Large ribosomal subunit protein uL3
LC: 60S ribosomal protein L4
LD: Large ribosomal subunit protein uL18
LE: Large ribosomal subunit protein eL6
LF: 60S ribosomal protein L7
LG: 60S ribosomal protein L7a
LH: 60S ribosomal protein L9
LI: Ribosomal protein uL16-like
LJ: 60S ribosomal protein L11
LL: Large ribosomal subunit protein eL13
LM: 60S ribosomal protein L14
LN: 60S ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L13a
LP: 60S ribosomal protein L17
LQ: 60S ribosomal protein L18
LR: 60S ribosomal protein L19
LS: 60S ribosomal protein L18a
LT: 60S ribosomal protein L21
LU: Heparin-binding protein HBp15
LV: 60S ribosomal protein L23
LW: Ribosomal protein L24
LX: 60S ribosomal protein L23a
LY: 60S ribosomal protein L26
LZ: 60S ribosomal protein L27
La: 60S ribosomal protein L27a
Lb: Large ribosomal subunit protein eL29
Lc: 60S ribosomal protein L30
Ld: 60S ribosomal protein L31
Le: 60S ribosomal protein L32
Lf: 60S ribosomal protein L35a
Lg: 60S ribosomal protein L34
Lh: 60S ribosomal protein L35
Li: 60S ribosomal protein L36
Lj: 60S ribosomal protein L37
Lk: 60S ribosomal protein L38
Ll: 60S ribosomal protein L39
Lm: Large ribosomal subunit protein eL40
Ln: 60S ribosomal protein L41
Lo: 60S ribosomal protein L36a
Lp: 60S ribosomal protein L37a
Lr: 60S ribosomal protein L28
Ls: 60S acidic ribosomal protein P0
Lt: Large ribosomal subunit protein uL11
SA: 40S ribosomal protein SA
SB: 40S ribosomal protein S3a
SC: 40S ribosomal protein S2
SE: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform
SG: 40S ribosomal protein S6
SH: Small ribosomal subunit protein eS7
SI: 40S ribosomal protein S8
SJ: 40S ribosomal protein S9
SL: 40S ribosomal protein S11
SN: 40S ribosomal protein S13
SO: Small ribosomal subunit protein uS11
SV: Small ribosomal subunit protein eS21
SW: 40S ribosomal protein S15a
SX: 40S ribosomal protein S23
SY: 40S ribosomal protein S24
Sa: 40S ribosomal protein S26
Sb: Small ribosomal subunit protein eS27
Se: Small ribosomal subunit protein eS30
S2: 18S rRNA
SR: Small ribosomal subunit protein eS17
SD: Small ribosomal subunit protein uS3
SF: 40S ribosomal protein S5
SK: 40S ribosomal protein S10
SM: Small ribosomal subunit protein eS12
SP: Small ribosomal subunit protein uS19
SQ: Small ribosomal subunit protein uS9
SS: 40S ribosomal protein S18
ST: 40S ribosomal protein S19
SU: 40S ribosomal protein S20
SZ: Small ribosomal subunit protein eS25
Sc: 40S ribosomal protein S28
Sd: 40S ribosomal protein S29
Sf: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
Sg: Receptor of activated protein C kinase 1
CB: Elongation factor 2
CA: Proliferation-associated protein 2G4
Zt: Z site tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,868,944327
ポリマ－3,860,38486
非ポリマー8,560241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質 , 7種, 7分子 CDLULsSfSgCBCA

#1: タンパク質 SERPINE1 mRNA-binding protein 1 / PAI1 RNA-binding protein 1 / PAI-RBP1 / Plasminogen activator inhibitor 1 RNA-binding protein


分子量: 45051.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NC51
#25: タンパク質 Heparin-binding protein HBp15


分子量: 11722.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z4W8
#48: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 / 60S ribosomal protein L10E / Large ribosomal subunit protein uL10


分子量: 21507.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05388
#82: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 7884.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979
#83: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244
#84: タンパク質 Elongation factor 2 / EF-2


分子量: 95232.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P13639, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#85: タンパク質 Proliferation-associated protein 2G4 / Cell cycle protein p38-2G4 homolog / hG4-1 / ErbB3-binding protein 1


分子量: 39718.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQ80

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 CI

#2: タンパク質・ペプチド Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex subunit beta / NAC-beta / RNA polymerase B transcription factor 3


分子量: 3554.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20290

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 L5L7L8S2Zt

#3: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1641119.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 23898
#5: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50157.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 2795773355
#68: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 562093.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#86: RNA鎖 Z site tRNA


分子量: 24102.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

+
60S ribosomal protein ... , 33種, 33分子 LALCLFLGLHLJLMLNLOLPLQLRLSLTLVLXLYLZLaLcLdLeLfLgLhLiLjLkLlLn...

#6: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 26998.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62917
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 41747.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36578
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 26590.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18124
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 27452.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62424
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21655.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32969
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / CLL-associated antigen KW-12 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20086.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62913
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / CAG-ISL 7 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 16220.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P50914
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61313
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / 23 kDa highly basic protein / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 23431.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40429
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 17757.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18621
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21556.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07020
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 22441.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84098
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20677.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02543
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46778
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13972.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62829
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 13985.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62750
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61254
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein eL27


分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61353
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16473.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46776
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 10954.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62888
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 12635.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62899
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15022.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62910
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / Cell growth-inhibiting gene 33 protein / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12433.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18077
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49207
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14462.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42766
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 11915.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / G1.16 / Large ribosomal subunit protein eL37


分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61927
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63173
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein eL39


分子量: 6295.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62891
#44: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / HG12 / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 3344.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 ...60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 protein / Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12345.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83881
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61513
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 14320.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46779

-
Large ribosomal subunit protein ... , 7種, 7分子 LBLDLELLLbLmLt

#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 46079.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39023
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34008.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46777
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL6 / 60S ribosomal protein L6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding ...60S ribosomal protein L6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 28694.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02878
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 24190.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26373
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL29 / 60S ribosomal protein L29 / Cell surface heparin-binding protein HIP


分子量: 13965.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P47914
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL40 / 60S ribosomal protein L40


分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62987
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL11 / 60S ribosomal protein L12


分子量: 16972.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30050

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 LILW

#14: タンパク質 Ribosomal protein uL16-like / 60S ribosomal protein L10-like / Large ribosomal subunit protein uL16-like


分子量: 24439.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96L21
#27: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 14476.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A994J4A5

-
40S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 SASBSCSGSISJSLSNSWSXSYSaSFSKSSSTSUScSd

#50: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 24774.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 24888.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 24587.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 21649.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 17785.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17128.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 15203.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 11742.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 21327.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein eS10


分子量: 11773.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 17029.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62269
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 15822.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11765.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7263.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6559.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273

-
Small ribosomal subunit protein ... , 12種, 12分子 SESHSOSVSbSeSRSDSMSPSQSZ

#53: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / 40S ribosomal protein S4 / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein


分子量: 29523.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#55: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS7 / 40S ribosomal protein S7


分子量: 21603.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#60: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S14


分子量: 15014.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#61: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS21 / 40S ribosomal protein S21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#66: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27 / 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1


分子量: 9348.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#67: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS30 / 40S ribosomal protein S30


分子量: 6539.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62861
#69: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS17 / 40S ribosomal protein S17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#70: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 25172.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23396
#73: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS12 / 40S ribosomal protein S12


分子量: 13652.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#74: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 40S ribosomal protein S15 / RIG protein


分子量: 14092.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62841
#75: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 40S ribosomal protein S16


分子量: 16249.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#79: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS25 / 40S ribosomal protein S25


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62851

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非ポリマー , 4種, 241分子

#87: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#88: 化合物
ChemComp-SPM / SPERMINE


分子量: 202.340 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#89: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34)


分子量: 145.246 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#90: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: In situ human Hibernating rotate3 with Z site tRNA state 80S ribosome
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#86 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13185 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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