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万見
- PDB-9p4c: Crystal structure of Mesothelin C-terminal peptide-RO4 Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p4c
タイトルCrystal structure of Mesothelin C-terminal peptide-RO4 Fab complex
要素
  • Heavy chain of the RO4 fab fragment
  • Light chain of the RO4 Fab fragment
  • Mesothelin, cleaved form
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Mesothelin / antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mesothelin / Stereocilin-related / Mesothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Zhan, J. / Maslanka, C. / Xia, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Antib Ther / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of monoclonal antibody RO4 with mesothelin C-terminal peptide
著者: Zhan, J. / Xia, D.
履歴
登録2025年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Light chain of the RO4 Fab fragment
H: Heavy chain of the RO4 fab fragment
M: Mesothelin, cleaved form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3544
ポリマ－46,2623
非ポリマー921
水13,367742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.960, 98.835, 66.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.972, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 Light chain of the RO4 Fab fragment


分子量: 22506.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#2: 抗体 Heavy chain of the RO4 fab fragment


分子量: 21892.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#3: タンパク質・ペプチド Mesothelin, cleaved form


分子量: 1863.138 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal peptide (UNP residues 590-606) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13421
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 6.5 and 16% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 64882 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 14.32 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.52→1.57 Å / Num. unique obs: 4826 / CC1/2: 0.789 / Rpim(I) all: 0.234

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.52→24.76 Å / SU ML: 0.1491 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.1424
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1798 3262 5.03 %
Rwork0.1494 61547 -
obs0.1509 64809 94.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→24.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3238 0 6 742 3986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00863311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06684532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0618552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.09031145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.540.30691100.25481677X-RAY DIFFRACTION59.95
1.54-1.570.24741120.2242072X-RAY DIFFRACTION73.66
1.57-1.590.28611340.22722534X-RAY DIFFRACTION88.52
1.59-1.620.24941420.19952566X-RAY DIFFRACTION91.24
1.62-1.650.24061510.18282656X-RAY DIFFRACTION94.35
1.65-1.680.19051210.17772741X-RAY DIFFRACTION95.94
1.68-1.710.2011560.17232706X-RAY DIFFRACTION96.17
1.71-1.750.22731490.16882728X-RAY DIFFRACTION96.29
1.75-1.790.19131340.16182754X-RAY DIFFRACTION96.33
1.79-1.840.18621630.15462726X-RAY DIFFRACTION96.72
1.84-1.890.19291350.14842763X-RAY DIFFRACTION96.79
1.89-1.940.19791250.14772768X-RAY DIFFRACTION97.24
1.94-20.15931590.1392731X-RAY DIFFRACTION97.11
2-2.080.20841390.13872765X-RAY DIFFRACTION97.38
2.08-2.160.1731410.14012791X-RAY DIFFRACTION97.57
2.16-2.260.14851620.13772783X-RAY DIFFRACTION98.26
2.26-2.380.18791420.1382765X-RAY DIFFRACTION97.98
2.38-2.520.20871200.14732842X-RAY DIFFRACTION98.73
2.52-2.720.16421560.14972799X-RAY DIFFRACTION98.7
2.72-2.990.20221350.1492839X-RAY DIFFRACTION98.9
2.99-3.420.17531450.14152824X-RAY DIFFRACTION99.13
3.42-4.310.15021490.13192859X-RAY DIFFRACTION99.37
4.31-24.760.14711820.14532858X-RAY DIFFRACTION99.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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