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万見
- PDB-9p3y: Andes virus glycoprotein tetramer in complex with ADI-65534 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p3y
タイトルAndes virus glycoprotein tetramer in complex with ADI-65534 Fab
要素
  • (ADI-65534 variable ...) x 2
  • (Glycoprotein ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Gn/Gc / tetramer / hantavirus / prefusion / antibody / neutralizing / quaternary epitope / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / signal transduction / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : ...Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Orthohantavirus andesense (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者McFadden, E. / Guo, L. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI181977 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142777 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: High-resolution in situ structures of hantavirus glycoprotein tetramers.
著者: Luqiang Guo / Elizabeth McFadden / Megan M Slough / E Taylor Stone / Jacob Berrigan / Eva Mittler / Kiara Hatzakis / Troy Hinkley / Heather S Kain / Zunlong Ke / Nikole L Warner / Jesse H ...著者: Luqiang Guo / Elizabeth McFadden / Megan M Slough / E Taylor Stone / Jacob Berrigan / Eva Mittler / Kiara Hatzakis / Troy Hinkley / Heather S Kain / Zunlong Ke / Nikole L Warner / Jesse H Erasmus / Kartik Chandran / Jason S McLellan /
要旨: New World hantaviruses cause severe infections in humans, with case fatality rates approaching 40%. Previous structural studies have advanced our understanding of hantavirus glycoprotein architecture ...New World hantaviruses cause severe infections in humans, with case fatality rates approaching 40%. Previous structural studies have advanced our understanding of hantavirus glycoprotein architecture and function, however, the lack of high-resolution in situ structures of the glycoprotein tetramer and its lattice organization has limited mechanistic insights into viral assembly, entry, and antigenicity. Here, we leveraged a virus-like particle (VLP) system to establish a cryo-electron microscopy workflow for lattice-forming viral glycoproteins. This enabled the determination of a 2.35 Å resolution structure of the membrane-embedded Andes virus (ANDV) glycoprotein tetramer, as well as structures of dimers of tetramers and a complex with antibody ADI-65534. These structures reveal previously uncharacterized features of glycoprotein organization, stability, and pH-sensing. Immunization of mice with self-amplifying replicon RNA (repRNA) encoding ANDV-VLPs elicited high levels of glycoprotein-binding antibodies but equivalent titers of neutralizing antibodies compared to repRNA-encoded native ANDV glycoprotein complex. Collectively, these findings advance our understanding of hantavirus glycoprotein assemblies and their function, laying a foundation for structure-based vaccine design efforts.
履歴
登録2025年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: ADI-65534 variable heavy chain
J: ADI-65534 variable light chain
K: ADI-65534 variable heavy chain
L: ADI-65534 variable light chain
M: ADI-65534 variable heavy chain
N: ADI-65534 variable light chain
O: ADI-65534 variable heavy chain
P: ADI-65534 variable light chain
A: Glycoprotein N
B: Glycoprotein C
C: Glycoprotein N
D: Glycoprotein C
E: Glycoprotein N
F: Glycoprotein C
G: Glycoprotein N
H: Glycoprotein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)666,46028
ポリマ－660,23416
非ポリマー6,22612
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Glycoprotein ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#3: タンパク質
Glycoprotein N / Glycoprotein precursor / M polyprotein


分子量: 72192.648 Da / 分子数: 4 / Mutation: V535K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthohantavirus andesense (ウイルス)
遺伝子: GP, ADT63_77597gpM, ADT63_77598gpM / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9E006
#4: タンパク質
Glycoprotein C / Gc / Glycoprotein G2


分子量: 66793.562 Da / 分子数: 4 / Mutation: S1096L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orthohantavirus andesense (ウイルス)
遺伝子: GP, ADT63_77597gpM, ADT63_77598gpM / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9E006

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抗体 , 2種, 8分子 IKMOJLNP

#1: 抗体
ADI-65534 variable heavy chain


分子量: 14043.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
ADI-65534 variable light chain


分子量: 12028.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 12分子

#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: In situ Andes virus glycoprotein tetramer bound to ADI-65534 Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Orthohantavirus andesense (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2PHENIX1.21_5207:モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12483 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00335552
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61548280
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6915400
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0485656
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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