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万見
- PDB-9ouw: SPOP double donut locally refined MATH domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ouw
タイトルSPOP double donut locally refined MATH domains
要素Speckle-type POZ protein
キーワードPROTEIN BINDING / ubiquitination / protein degradation / protein oligomer / substrate adapter
機能・相同性
機能・相同性情報


molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / regulation of proteolysis / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / identical protein binding ...molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / regulation of proteolysis / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / BTB/POZ domain / BTB domain profile. ...SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cuneo, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: The equilibrium between two quaternary assembly states determines the activity of SPOP and its cancer mutants.
著者: Matthew J Cuneo / Ömer Güllülü / Mohamed-Raafet Ammar / Xinrui Gui / Kelly Churion / Martin Turk / Brian G O'Flynn / Nafiseh Sabri / Tanja Mittag /
要旨: Proteostasis is critical for preventing oncogenesis. Both activating and inactivating mutations in the ubiquitin ligase subunit SPOP result in oncogenesis in different tissues. SPOP assembles into ...Proteostasis is critical for preventing oncogenesis. Both activating and inactivating mutations in the ubiquitin ligase subunit SPOP result in oncogenesis in different tissues. SPOP assembles into filaments that are multivalent for substrates, and substrates have multiple weak motifs for SPOP that are not activated via post-translational modifications. It is thus unclear how regulation is achieved. Here, we show that SPOP filaments circularize into rings that dimerize into up to 2.5 MDa-large, auto-inhibited double donuts. The equilibrium between double donuts and linear filaments determines SPOP activity. Activating and deactivating cancer mutations shift the equilibrium towards the filament or the double donut, respectively, and this influences substrate turnover and subcellular localization. This regulatory mechanism requires long filaments that can circularize into rings, likely explaining the presence of multiple weak SPOP-binding motifs in substrates. Activating and deactivating mutations combine to give rise to intermediate activities, suggesting new levers for cancer therapies.
履歴
登録2025年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
B: Speckle-type POZ protein
H: Speckle-type POZ protein
D: Speckle-type POZ protein
F: Speckle-type POZ protein
I: Speckle-type POZ protein
J: Speckle-type POZ protein
L: Speckle-type POZ protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,7708
ポリマ－336,7708
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 42096.277 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SPOP double donut locally-refined MATH domains / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 391000 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 92.61 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00367864
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.809710568
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04661136
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00421332
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.10361035

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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