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Structure paper

タイトルThe equilibrium between two quaternary assembly states determines the activity of SPOP and its cancer mutants.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2025
掲載日2025年6月20日
著者Matthew J Cuneo / Ömer Güllülü / Mohamed-Raafet Ammar / Xinrui Gui / Kelly Churion / Martin Turk / Brian G O'Flynn / Nafiseh Sabri / Tanja Mittag /
PubMed 要旨Proteostasis is critical for preventing oncogenesis. Both activating and inactivating mutations in the ubiquitin ligase subunit SPOP result in oncogenesis in different tissues. SPOP assembles into ...Proteostasis is critical for preventing oncogenesis. Both activating and inactivating mutations in the ubiquitin ligase subunit SPOP result in oncogenesis in different tissues. SPOP assembles into filaments that are multivalent for substrates, and substrates have multiple weak motifs for SPOP that are not activated via post-translational modifications. It is thus unclear how regulation is achieved. Here, we show that SPOP filaments circularize into rings that dimerize into up to 2.5 MDa-large, auto-inhibited double donuts. The equilibrium between double donuts and linear filaments determines SPOP activity. Activating and deactivating cancer mutations shift the equilibrium towards the filament or the double donut, respectively, and this influences substrate turnover and subcellular localization. This regulatory mechanism requires long filaments that can circularize into rings, likely explaining the presence of multiple weak SPOP-binding motifs in substrates. Activating and deactivating mutations combine to give rise to intermediate activities, suggesting new levers for cancer therapies.
リンクbioRxiv / PubMed:40666954 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 11.3 Å
構造データ

70881

9out

EMDB-70881, PDB-9out:
SPOP double donut locally refined MATH domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

70882

9ouu

EMDB-70882, PDB-9ouu:
SPOP double donut locally refined MATH domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

70883

9ouw

EMDB-70883, PDB-9ouw:
SPOP double donut locally refined MATH domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-71281: SPOP 12mer Double Donut
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.7 Å

EMDB-71282: SPOP 13mer Double Donut
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.44 Å

EMDB-71283: SPOP 14mer Double Donut
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.3 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN BINDING / ubiquitination / protein degradation / protein oligomer / substrate adapter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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