PDB-9ou6: Crystal Structure of Salmonella FraB Deglycase, Crystal Form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ou6

タイトル

Crystal Structure of Salmonella FraB Deglycase, Crystal Form 1

要素

SIS domain protein

キーワード

ANTIBIOTIC / FraB deglycase / Salmonella / Amadori compounds / Fructose-asparagine

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / carbohydrate derivative binding / protein N-linked glycosylation / fructose 6-phosphate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.483 Å

データ登録者

Bell, C.E. / Zakharova, K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of Salmonella enterica FraB deglycase reveal a conformational heterodimer with remarkable structural plasticity at the active site
著者: Zakharova, K. / Law, J.D. / Gao, Y. / Kovvali, S. / Wysocki, V.H. / Gopalan, V. / Bell, C.E.

履歴

登録	2025年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ou6.cif.gz	148.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ou6.ent.gz	110.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ou6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ou6_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ou6_full_validation.pdf.gz	447 KB	表示
XML形式データ	9ou6_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	9ou6_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/9ou6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/9ou6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9otjC 9otlC 9otrC 9otuC 9ou5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SIS domain protein

B: SIS domain protein

77.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.708, 109.334, 114.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SIS domain protein 分子量: 38746.617 Da / 分子数: 2 / 変異: K275A,E276A,P232A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: A628_00340 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V7IWJ0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10-14% v/v PEG300, 0.1bM MES, pH 6.0-6.5 / PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.483→79.084 Å / Num. obs: 93089 / % possible obs: 77.3 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.483→1.601 Å / R_merge(I) obs: 0.816 / Num. unique obs: 4654 / R_pim(I) all: 0.368

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS	Feb 5, 2021 (BUILT 20210205)	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.483→79.084 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.483 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2014	4610	4.952 %
R_work	0.1686	88479	-
all	0.17	-	-
obs	-	93089	77.255 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.571 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.021 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.025 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.046 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.483→79.084 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4818	0	0	476	5294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4927
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4525
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.82	1.803	6681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.605	1.742	10381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.305	5	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.464	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.905	10	767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.367	10	231
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5859
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	4209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.265	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.276	2.072	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.276	2.072	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.264	3.704	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.264	3.705	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.778	2.541	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.778	2.542	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.811	4.446	3576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.811	4.447	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.236	22.508	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.155	21.852	5713

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.483-1.522	0.285	21	0.347	512	0.344	8823	0.953	0.934	6.041	0.347
1.522-1.563	0.259	88	0.283	1731	0.282	8608	0.962	0.95	21.1315	0.278
1.563-1.609	0.318	141	0.236	2744	0.24	8348	0.939	0.965	34.5592	0.218
1.609-1.658	0.266	206	0.235	3859	0.237	8106	0.955	0.964	50.148	0.21
1.658-1.712	0.248	280	0.238	5554	0.238	7881	0.959	0.965	74.0261	0.211
1.712-1.772	0.259	366	0.228	6662	0.23	7612	0.958	0.966	92.3279	0.2
1.772-1.839	0.233	375	0.204	6936	0.206	7380	0.964	0.972	99.065	0.174
1.839-1.914	0.221	329	0.19	6786	0.191	7127	0.968	0.976	99.8316	0.164
1.914-1.999	0.195	322	0.176	6484	0.177	6820	0.975	0.979	99.7947	0.155
1.999-2.097	0.211	378	0.166	6121	0.168	6518	0.972	0.983	99.7085	0.15
2.097-2.21	0.2	305	0.16	5913	0.162	6230	0.975	0.984	99.8074	0.151
2.21-2.344	0.194	294	0.162	5570	0.163	5867	0.976	0.984	99.9489	0.157
2.344-2.506	0.183	275	0.145	5284	0.147	5571	0.979	0.987	99.7846	0.149
2.506-2.707	0.188	254	0.143	4886	0.146	5161	0.979	0.987	99.5931	0.154
2.707-2.964	0.196	245	0.151	4548	0.154	4794	0.976	0.986	99.9791	0.169
2.964-3.314	0.187	207	0.16	4151	0.162	4362	0.976	0.984	99.9083	0.185
3.314-3.825	0.198	188	0.163	3668	0.164	3865	0.978	0.984	99.7671	0.196
3.825-4.682	0.17	153	0.144	3126	0.145	3287	0.983	0.987	99.7566	0.188
4.682-6.61	0.204	121	0.185	2479	0.186	2600	0.982	0.983	100	0.248
6.61-79.084	0.22	62	0.188	1465	0.19	1533	0.969	0.976	99.6086	0.285

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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