PDB-9otl: Crystal Structure of Salmonella FraB Deglycase, Crystal Form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9otl

タイトル

Crystal Structure of Salmonella FraB Deglycase, Crystal Form 1

要素

SIS domain protein

キーワード

ANTIBIOTIC / FraB deglycase / Salmonella / Amadori compounds / Fructose-asparagine

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / carbohydrate derivative binding / protein N-linked glycosylation / fructose 6-phosphate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.846 Å

データ登録者

Bell, C.E. / Zakharova, K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of Salmonella enterica FraB deglycase reveal a conformational heterodimer with remarkable structural plasticity at the active site
著者: Zakharova, K. / Law, J.D. / Gao, Y. / Kovvali, S. / Wysocki, V.H. / Gopalan, V. / Bell, C.E.

履歴

登録	2025年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9otl.cif.gz	277.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9otl.ent.gz	213.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9otl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9otl_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9otl_full_validation.pdf.gz	488.5 KB	表示
XML形式データ	9otl_validation.xml.gz	60.3 KB	表示
CIF形式データ	9otl_validation.cif.gz	79.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/9otl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/9otl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9otjC 9otrC 9otuC 9ou5C 9ou6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SIS domain protein

B: SIS domain protein

C: SIS domain protein

D: SIS domain protein

ヘテロ分子

155 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SIS domain protein

B: SIS domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, The asymmetric unit contains two separate dimers, consisting of chains A,B for one dimer, and chains C,D for a separate dimer
77.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: SIS domain protein

D: SIS domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.117, 115.769, 108.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.459, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SIS domain protein / FraB Deglycase 分子量: 38772.652 Da / 分子数: 4 / 変異: K275A,E276A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: A628_00340 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V7IWJ0
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 21.5% w/v PEG3350, 0.4 M sodium thiocyanate, 0.1 M HEPES, pH 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.846→107.815 Å / Num. obs: 98186 / % possible obs: 76.4 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.846→1.963 Å / R_merge(I) obs: 0.724 / Num. unique obs: 4910 / R_pim(I) all: 0.515

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS	Jan 26, 2018 (BUILT 20180808)	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.846→107.815 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 4.603 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.159 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	4873	4.963 %
R_work	0.1865	93313	-
all	0.189	-	-
obs	-	98186	76.399 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.901 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.253 Å²	0 Å²	-0.142 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.399 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.846→107.815 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9866	0	3	529	10398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	10105
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.943	1.803	13718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.656	1.739	21200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.055	5	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.334	5	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.545	10	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.956	10	475
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	12056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2442
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	8869
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	5138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	5636
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	570
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.274	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.583	3.314	5078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.582	3.314	5078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.83	5.933	6337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.831	5.934	6338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.739	3.85	5027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.738	3.851	5028
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.032	6.827	7381
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.032	6.828	7382
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.537	35.034	11839
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.477	34.969	11725

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.846-1.894	0.389	33	0.382	666	0.383	9456	0.918	0.911	7.3921	0.376
1.894-1.946	0.369	113	0.362	2495	0.363	9184	0.89	0.903	28.3972	0.357
1.946-2.002	0.306	273	0.292	5248	0.292	9007	0.94	0.943	61.2968	0.285
2.002-2.064	0.323	300	0.273	5796	0.276	8723	0.935	0.949	69.8842	0.259
2.064-2.131	0.323	217	0.258	4346	0.261	8479	0.927	0.955	53.8153	0.232
2.131-2.206	0.277	335	0.241	6798	0.243	8169	0.949	0.961	87.3179	0.214
2.206-2.289	0.309	300	0.235	6360	0.238	7902	0.939	0.962	84.2825	0.203
2.289-2.383	0.252	371	0.2	7025	0.203	7623	0.958	0.974	97.0222	0.173
2.383-2.489	0.254	375	0.193	6792	0.197	7295	0.96	0.976	98.2454	0.165
2.489-2.61	0.249	338	0.185	6533	0.188	6956	0.963	0.979	98.778	0.16
2.61-2.751	0.273	333	0.191	5735	0.196	6668	0.958	0.978	91.0018	0.167
2.751-2.918	0.235	313	0.179	5893	0.182	6307	0.967	0.981	98.3986	0.16
2.918-3.119	0.228	268	0.166	5533	0.169	5896	0.968	0.984	98.3887	0.157
3.119-3.369	0.229	283	0.17	5106	0.173	5498	0.968	0.983	98.0175	0.166
3.369-3.69	0.21	227	0.171	4128	0.173	5076	0.972	0.984	85.7959	0.174
3.69-4.125	0.21	224	0.166	4058	0.168	4598	0.975	0.984	93.1274	0.176
4.125-4.762	0.191	187	0.151	3758	0.153	4047	0.977	0.987	97.4796	0.171
4.762-5.829	0.186	160	0.176	3153	0.177	3442	0.981	0.985	96.2522	0.206
5.829-8.232	0.224	150	0.186	2492	0.188	2676	0.978	0.985	98.7294	0.214
8.232-107.815	0.18	73	0.171	1398	0.171	1515	0.978	0.983	97.0957	0.271

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関連情報:EMDBヘッダ

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