PDB-9or0: N-hydroxylamine dehydratase (NohD) H2F/F4P/P5S/R6Y/A59N/R144Y/V96...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9or0

タイトル

N-hydroxylamine dehydratase (NohD) H2F/F4P/P5S/R6Y/A59N/R144Y/V96A (P1/P2/A1/A2) mutant crystal structure with heme

要素

N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / dehydratase / piperazate synthase / heme / N-N bond / hydroxylamine

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

機能・相同性情報

生物種

Actinomadura luzonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Conversion of a Heme-Dependent Dehydratase to a Piperazate Synthase Reveals the Role of the Heme Propionate Group in N-N Bond-Formation.
著者: Higgins, M.A. / Mirotadze, N. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	9oqsC 9oqtC 9oquC 9oqvC 9oqwC 9oqxC 9oqzC 9or1C C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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登録構造単位

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

B: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

ヘテロ分子

46.4 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.101, 87.101, 147.377
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-545- HOH

#1: タンパク質	N-hydroxylamine dehydratase (NohD) 分子量: 22526.207 Da / 分子数: 2 / 変異: H2F, F4P, P5S, R6Y, A59N, R144Y, V96A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomadura luzonensis (バクテリア) 株: DSM 43766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14% PEG 8000, 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→38.95 Å / Num. obs: 57903 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 28.6 % / B_iso Wilson estimate: 36.76 Å² / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 39
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3116 / CC_1/2: 0.68 / R_pim(I) all: 0.845

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→38.95 Å / SU ML: 0.2808 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.2092
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2213	1989	3.46 %
R_work	0.1942	55555	-
obs	0.1952	57544	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→38.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3048	0	94	352	3494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	3309
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1393	4574
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0607	493
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0138	605
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.0108	478

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.4604	139	0.4184	3860	X-RAY DIFFRACTION	98.23
1.79-1.84	0.3813	141	0.3241	3921	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.84-1.9	0.3741	140	0.292	3917	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.9-1.96	0.333	140	0.2791	3915	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.96-2.03	0.298	141	0.2432	3933	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.03-2.11	0.2415	142	0.2328	3902	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.11-2.2	0.2874	141	0.2267	3945	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.2-2.32	0.278	140	0.2345	3923	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.32-2.47	0.2492	141	0.2156	3955	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.47-2.66	0.2435	141	0.2062	3952	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.66-2.92	0.2257	142	0.2054	3974	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.92-3.35	0.2323	143	0.1967	4012	X-RAY DIFFRACTION	99.12
3.35-4.22	0.1825	145	0.1698	4065	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.22-38.95	0.1816	153	0.1597	4281	X-RAY DIFFRACTION	99.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.35250545838	2.88064742139	-2.13264580589	3.90952403512	0.485923243894	2.15026012913	0.481423343436	-0.40038634219	0.0987129618414	0.337885007338	-0.273678223334	0.138122026128	-0.128775423838	0.130297425225	-0.107613507585	0.192291644145	-0.00619008378655	0.00950021233401	0.338809254683	0.043683958799	0.27625421544	-21.2636106625	-20.126843493	-19.1067381532
2	2.68432064569	1.57015382815	-1.22966197771	3.17251203874	-1.46376539276	2.1941354216	0.248253155691	-0.0158589349529	0.475645049461	0.203433681134	-0.116997542542	0.18536328206	-0.288384163304	0.059223265059	-0.120681304776	0.214104319581	0.00493241415213	0.0191984903133	0.280717124412	0.0303409706501	0.260579162033	-14.8184148943	-13.8543599187	-24.7159994596
3	5.15960196065	2.06585567134	-2.7873122415	2.48351556189	-4.04585641885	8.16156864528	-0.039946934526	-0.0366449799185	-0.322104966109	-0.190511316308	-0.208760356869	-0.642325560045	0.558660430676	0.548939912936	0.175518546527	0.358632271253	0.0273367082752	-0.0201176781823	0.334422585389	0.0300877754535	0.370950876079	-19.0671477117	-39.3632782828	-17.9465056712
4	4.41431109726	2.72236725128	-0.0818670831882	4.51466927625	-2.18199540913	1.74555053957	-0.320210315126	0.868067250095	0.275751261483	-0.674889806622	0.50797512633	0.115129441422	0.275174879843	-0.461536549277	-0.117083089097	0.314284506156	-0.0383080805681	-0.0367729953227	0.508963806369	0.120914825063	0.291227714825	-21.7294097252	-19.5569445281	-40.5311851616
5	2.00266644733	1.49290427525	-0.263674289243	1.56554561559	-0.505842086505	3.61045085327	0.0176860075816	0.793340526871	0.515865202541	-0.15266755814	0.339559422833	0.488119109353	-0.083651813607	-1.03175953266	-0.299306578301	0.271484101861	-0.0335353776356	-0.0548846252973	0.656778652386	0.197738889038	0.434209885421	-34.2772187471	-21.1394567488	-32.8610406013
6	1.29434557162	0.71000387763	0.420652783358	5.65475279728	-0.351109928598	5.49287372888	-0.151273156077	-0.0890724625727	-0.0740761645744	0.207011923837	0.0871713153946	-0.487872160967	-0.0765179583232	0.427503657579	0.0424137807423	0.201616463009	0.000190947587505	-0.0219069306023	0.379177827668	0.0642152864916	0.286555500574	-0.290216383653	-17.2039922625	-33.6560667737
7	4.2392952581	0.267848892518	-0.86461571197	1.29422892862	0.492550337191	0.703895125138	0.322719031324	0.408975336688	0.152698540161	-0.165356980471	0.124499842674	0.334508483006	-0.205065639935	-0.838877568486	-0.342474778787	0.23352271247	-0.00301080021955	-0.00562279719103	0.699705345171	0.226934788048	0.384960986588	-24.5280457949	-17.759801807	-36.7637455502
8	3.6503827882	-0.308468892909	0.373997828505	4.20675711881	-1.40359965619	3.67237035092	-0.43886263556	0.943960897323	-0.419282193681	-0.480424855153	0.241198305006	0.261545891678	0.786091657487	-0.589122154208	0.124590793807	0.508898729557	-0.264990117092	-0.0239087758565	0.700954594926	-0.0259761327035	0.270303403848	-33.1854451542	-39.0423576292	-35.8044733375
9	1.59496089349	-0.586052420275	-0.776047869745	0.223553688208	0.340681341596	1.16838639877	-0.282964689746	0.8866191735	0.324205031381	-0.320208642411	0.411431603453	0.533154235897	0.449919939751	-0.956716693693	-0.0804973454397	0.38727206285	-0.168903395663	-0.0940438976468	0.766865207292	0.095757236775	0.377052321273	-34.2885561303	-28.2700223855	-34.6033572015
10	8.82224975866	0.882679580778	-2.18782325712	5.85061959308	-0.94420664762	8.38367994408	-0.154249835389	-0.616589596208	-0.356919936761	-0.129841389736	0.341072499781	-0.60805563578	0.488815040216	1.01120649601	-0.123378174119	0.274178702043	0.0610936697387	0.0374971700016	0.497248872776	0.00647421784579	0.350735950769	-0.500404726383	-22.0113902765	-41.2839382771
11	8.33417446857	1.01564974666	-1.43516454411	2.92620765216	-2.90592969148	2.93696780449	-0.23975276461	1.09110813352	-0.436231783993	-0.874685863213	-0.208784268612	0.0567142181028	1.78618581175	-0.676061742609	0.397581527189	0.543265850306	-0.0623401777232	0.0523081258322	0.540142925736	-0.0206858418046	0.422388408446	-9.32756003262	-27.3822437019	-45.3782284158

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 34 )	A	A	1 - 34	1 - 34
2	2	chain 'A' and (resid 35 through 167 )	A	A	35 - 167	35 - 167
3	3	chain 'A' and (resid 168 through 201 )	A	A	168 - 201	168 - 201
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 33 )	B	D	1 - 33	1 - 33
5	5	chain 'B' and (resid 34 through 79 )	B	D	34 - 79	34 - 79
6	6	chain 'B' and (resid 80 through 97 )	B	D	80 - 97	80 - 97
7	7	chain 'B' and (resid 98 through 112 )	B	D	98 - 112	98 - 112
8	8	chain 'B' and (resid 113 through 138 )	B	D	113 - 138	113 - 138
9	9	chain 'B' and (resid 139 through 167 )	B	D	139 - 167	139 - 167
10	10	chain 'B' and (resid 168 through 187 )	B	D	168 - 187	168 - 187
11	11	chain 'B' and (resid 188 through 203 )	B	D	188 - 203	188 - 203

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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