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- PDB-9oqz: N-hydroxylamine dehydratase (NohD) A59N/R144Y/V96A (P2/A1/A2) mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oqz
タイトルN-hydroxylamine dehydratase (NohD) A59N/R144Y/V96A (P2/A1/A2) mutant crystal structure with heme
要素N-hydroxylamine dehydratase (NohD)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / dehydratase / piperazate synthase / heme / N-N bond / hydroxylamine
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
機能・相同性情報
生物種Actinomadura luzonensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Higgins, M.A. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RPGIN-2021-02626 カナダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Conversion of a Heme-Dependent Dehydratase to a Piperazate Synthase Reveals the Role of the Heme Propionate Group in N-N Bond-Formation.
著者: Higgins, M.A. / Mirotadze, N. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.
履歴
登録2025年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1882
ポリマ－22,5711
非ポリマー6161
水57632
1
A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)
ヘテロ分子

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3764
ポリマ－45,1432
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area6790 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.216, 78.216, 88.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 N-hydroxylamine dehydratase (NohD)


分子量: 22571.295 Da / 分子数: 1 / 変異: A59N, R144Y, V96A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinomadura luzonensis (バクテリア)
株: DSM 43766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.3M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→39.11 Å / Num. obs: 15977 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.8 % / Biso Wilson estimate: 73.83 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1265 / CC1/2: 0.779 / Rpim(I) all: 0.631

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→39.11 Å / SU ML: 0.4066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.5722
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 797 5.01 %
Rwork0.2259 15124 -
obs0.2284 15921 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→39.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1454 0 43 32 1529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00831546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95742144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3111221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.260.46321280.3942442X-RAY DIFFRACTION99.5
2.26-2.440.41981310.32242468X-RAY DIFFRACTION99.96
2.44-2.680.38161320.34312505X-RAY DIFFRACTION99.96
2.68-3.070.36471310.29952496X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.870.31311330.24382532X-RAY DIFFRACTION100
3.87-39.110.22621420.18792681X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.66770768602-4.278136589670.06114666265738.07668295710.6860664347520.74521400907-0.0881168112233-2.477088364231.238169741070.9465580422970.272026907707-2.20830589594-0.0666218527573-0.0252869548462-0.3108837836341.2148149627-0.163656313527-0.2495998411691.66235078326-0.135014464050.814814420691-8.839595480616.7778833962-4.65756375866
29.138145460633.175133953042.237765320137.44418581707-1.70775123656.9107278367-0.20396623915-0.323939860018-0.554528937910.230062205286-0.0729189955605-0.3842188725550.610484741060.1892683069410.2477136741290.6056815648150.1259734845570.01269835958240.4722591626960.05111926510940.670211409229-16.8093286986.53635243728-18.5739234549
35.335473175382.292615728771.191966741887.102880295870.4105366593751.80877023215-0.0810798566088-0.0642823668969-0.5553967820640.1327730540590.112321337664-0.6884471602110.3382933124220.360400514516-0.05237963322590.5448827355480.1243338827220.07353839000340.5585272830490.04397112375080.466001011764-13.852403014610.316862549-19.2758355989
46.558987501233.256495957812.246979035347.7612995031.97926732043.650457909110.279028424824-0.610014665462-0.865964314810.466508107649-0.6467138597930.09432892268870.743990714305-0.3844433322790.2806943868090.7537286683840.01557296905160.1344478293610.730365233595-0.007500616418740.593718229425-21.50248730174.11317819795-18.317620338
51.883966295132.739481862712.477856458185.319517991693.827041463293.396837731170.0752427297259-0.933040080669-1.07904984683-1.80590159323-1.963595562853.47538258061-2.10175607567-3.936721049171.882645574311.2721876936-0.04661658183470.2764810773311.35987804477-0.3629535920121.86243226618-38.7859427538.21961276205-22.26140604
65.674657868421.538184226971.142094387889.352540912690.2940020808734.404785774450.08614504552-0.455249813746-0.8481270351790.296214853356-0.3783166873910.4253418770661.15974106045-0.4890264396810.3339131420020.5876781391350.09981635376520.196389099740.5251579870180.003937715860980.534536414928-23.21588387540.553574521896-21.4821814861
72.26879962676-0.243943721168-1.989117398729.566519630150.8904643855045.79853334510.0432089779031-0.5586872516890.9818906523971.56564409760.2872692013890.726692174183-1.0535427072-0.0204802783822-0.5360786137670.9951872473780.166832361417-0.0371842518050.977616467727-0.3272311888580.94847013255-18.912327822529.3010433358-8.17667710773
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 11 )1 - 111 - 11
22chain 'A' and (resid 12 through 45 )12 - 4512 - 45
33chain 'A' and (resid 46 through 97 )46 - 9746 - 97
44chain 'A' and (resid 98 through 128 )98 - 12898 - 128
55chain 'A' and (resid 129 through 138 )129 - 138129 - 138
66chain 'A' and (resid 139 through 167 )139 - 167139 - 167
77chain 'A' and (resid 168 through 199 )168 - 199168 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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