PDB-9oqx: N-hydroxylamine dehydratase (NohD) H2F/F4P/P5S/R6Y/R144Y/V96A (P1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9oqx

タイトル

N-hydroxylamine dehydratase (NohD) H2F/F4P/P5S/R6Y/R144Y/V96A (P1/A1/A2) mutant crystal structure with heme

要素

N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / dehydratase / piperazate synthase / heme / N-N bond / hydroxylamine

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

機能・相同性情報

生物種

Actinomadura luzonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Conversion of a Heme-Dependent Dehydratase to a Piperazate Synthase Reveals the Role of the Heme Propionate Group in N-N Bond-Formation.
著者: Higgins, M.A. / Mirotadze, N. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	9oqsC 9oqtC 9oquC 9oqvC 9oqwC 9oqzC 9or0C 9or1C C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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登録構造単位

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

B: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

ヘテロ分子

46.7 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.672, 87.672, 147.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-533- HOH

#1: タンパク質	N-hydroxylamine dehydratase (NohD) 分子量: 22483.180 Da / 分子数: 2 / 変異: H2F, F4P, P5S, R6Y, R144Y, V96A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomadura luzonensis (バクテリア) 株: DSM 43766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.98 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.0M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→39.21 Å / Num. obs: 66219 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 27.8 % / B_iso Wilson estimate: 34.97 Å² / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.011 / Net I/σ(I): 39.4
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3291 / CC_1/2: 0.72 / R_pim(I) all: 0.607

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→39.21 Å / SU ML: 0.1912 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7442
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2258	1992	3.02 %
R_work	0.1977	63932	-
obs	0.1985	65924	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→39.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3023	0	113	345	3481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3271
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0696	4520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0589	488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0107	589
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.4114	472

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.72	0.3372	140	0.3035	4491	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.72-1.77	0.293	140	0.2698	4478	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.77-1.82	0.2505	141	0.2579	4510	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.82-1.88	0.2745	140	0.2545	4505	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.88-1.95	0.3508	138	0.2832	4466	X-RAY DIFFRACTION	97.96
1.95-2.02	0.2213	141	0.223	4524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.12	0.2302	141	0.2136	4529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.23	0.226	142	0.2241	4540	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.23-2.37	0.2604	139	0.2286	4485	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.37-2.55	0.261	142	0.2197	4571	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.55-2.81	0.2535	144	0.2174	4605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.21	0.2578	144	0.2105	4627	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.21-4.05	0.2026	146	0.1781	4680	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.05-39.21	0.1879	154	0.1649	4921	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.41690234354	1.46658921735	-2.08578137347	2.20011234604	0.286758629064	2.65589171999	0.294459262805	-0.575905820492	0.197808368859	0.168611249	-0.396887591821	-0.205710549481	0.0990340042963	0.690762262085	-0.112007763884	0.279124378806	-0.0402175413924	-0.0235182698611	0.475023619609	0.0675968300256	0.337915461234	-27.4897753253	-27.2355382105	-13.9001200578
2	8.28987260498	-0.5821926556	-0.602425220107	5.60348679393	1.62154285352	5.01573503439	0.444299682703	-0.117490160164	0.416591782953	0.0773951954185	-0.379816084574	-0.0255962872934	0.309507340212	0.312843202098	0.00135048312711	0.139879593351	-0.0713590433974	0.0434045033017	0.315659035621	0.0515792680747	0.323019131952	-17.2931021022	-17.0241836153	-21.1455913594
3	3.57462851384	0.632001660481	-0.480268687105	2.83026511769	-1.61090466603	3.17499407584	0.281332676511	0.173393267525	1.02212172997	0.236047288216	-0.0866896797549	0.36414057132	-0.644772204444	-0.159598485149	-0.13884230666	0.266144932165	0.0365822559867	0.0771829438727	0.341068399682	0.0976785048883	0.533751030843	-18.1830867888	-8.00238919198	-25.8116190467
4	3.58741039317	-2.17822291234	0.286939346684	2.091526676	1.66482607424	5.31562949424	0.115232161842	0.373385803269	-0.324273152796	0.0779585109241	-0.218477801436	0.466218685308	1.03252076717	-0.516047460194	0.126062748105	0.50889858485	-0.0999353338109	-0.0290239848988	0.389916750793	-0.00982885383372	0.275098098795	-26.7798287082	-40.9461120751	-26.3382121813
5	4.01977613009	1.65793017789	-0.5750328903	2.56893145792	-1.05729424123	1.81052888233	0.277394260541	-0.0505044700043	0.631394872806	0.160919820488	-0.232242277227	0.0245537729168	-0.230211022803	0.200206842419	-0.0513090065493	0.246339936173	0.000810540454683	0.0348309024695	0.341917478381	0.0794689682761	0.354987012173	-9.8591391993	-11.4604904675	-23.5729980255
6	9.05165702255	1.08384197836	-2.53343805022	8.75612927431	-1.42306561246	7.23007208578	0.141493834956	-0.129540486031	-0.321271511639	0.101340055895	-0.194035562741	-0.642128002164	0.959880308137	0.341040321451	0.0722802759686	0.431165927543	0.0114501915607	-0.0755936137847	0.312330021096	0.0742418600094	0.28515835137	-19.0506321488	-39.1413648158	-17.975471056
7	3.92544084933	2.03816219503	0.559131362203	3.77204342386	-0.918840162564	1.79732547899	-0.103008647106	0.896692588995	0.17994762987	-0.506266062285	0.122939919506	-0.0700899081133	0.0676482626891	-0.299714465808	-0.10865450649	0.275661475827	0.0417118956594	-0.00240383644031	0.579059541242	0.172834260509	0.296104524428	-21.8547587816	-19.4769672078	-40.0778819438
8	1.38478107864	0.74797534718	-0.313537926937	1.13397698843	-0.483034633339	2.74519402772	0.0885085078972	0.706384891236	0.334965198976	-0.0482376221365	0.0634170536939	0.151780674582	0.144487313747	-0.394144773585	-0.125088280752	0.253463968737	0.0215819136364	-0.0153432501912	0.442820734823	0.115328144803	0.310449302099	-24.755503466	-20.2458589067	-33.0255836283
9	2.79075021774	0.252471442717	0.428865358498	0.905560858786	0.296816905384	1.61054626352	0.244804099328	0.795003195548	0.675990805773	-0.082346692556	-0.0346464001713	0.323730348759	-0.0601298206366	-0.521866839566	-0.198899917188	0.28561967432	0.0343431233387	0.0218440517786	0.575231071541	0.198805269201	0.391444031652	-25.1399088902	-18.2021099127	-36.5529493348
10	5.51958057213	-3.17342496394	-0.623295339952	6.86263321184	-0.810767783011	5.35258275296	-0.122317527638	1.12073918339	-0.55259769311	-0.274414290841	-0.222715612847	0.34629667884	0.936772785033	-0.334770296677	0.325367954821	0.532271841369	-0.196478637245	-0.029083857025	0.715350137573	-0.0624784963606	0.301351388593	-33.6607312756	-39.1206393871	-35.7467332525
11	2.7082964425	-0.963064674523	-0.680195662764	0.476240896293	-0.230701451908	1.75962939165	-0.106163536326	0.799759078417	0.143421194409	-0.286271294732	0.238480117593	0.550413550839	0.556724072597	-0.861702890416	-0.119400134157	0.457158636402	-0.172763257693	-0.0780958659566	0.786696043795	0.0267795741761	0.347070595042	-35.0227561463	-29.0718615705	-34.1708173012
12	7.57933558774	1.88576959271	-2.09966550259	9.59844677408	0.487016749679	4.48704673842	-0.45343611922	0.215736679471	-0.557383262073	-0.265006700692	0.366725900065	-0.376475135523	0.202714865837	0.839047114049	0.125178534768	0.268341605769	0.0651536221353	0.0731914876268	0.591705103176	0.0714968934876	0.311584394938	-3.40999701888	-24.1010898465	-42.6047710285

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 11 )	A	A	1 - 11	1 - 11
2	2	chain 'A' and (resid 12 through 33 )	A	A	12 - 33	12 - 33
3	3	chain 'A' and (resid 34 through 79 )	A	A	34 - 79	34 - 79
4	4	chain 'A' and (resid 80 through 97 )	A	A	80 - 97	80 - 97
5	5	chain 'A' and (resid 98 through 167 )	A	A	98 - 167	98 - 167
6	6	chain 'A' and (resid 168 through 201 )	A	A	168 - 201	168 - 201
7	7	chain 'B' and (resid 1 through 33 )	B	D	1 - 33	1 - 33
8	8	chain 'B' and (resid 34 through 97 )	B	D	34 - 97	34 - 97
9	9	chain 'B' and (resid 98 through 113 )	B	D	98 - 113	98 - 113
10	10	chain 'B' and (resid 114 through 138 )	B	D	114 - 138	114 - 138
11	11	chain 'B' and (resid 139 through 167 )	B	D	139 - 167	139 - 167
12	12	chain 'B' and (resid 168 through 201 )	B	D	168 - 201	168 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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