PDB-9oqv: N-hydroxylamine dehydratase (NohD) R144Y/V96A (A1/A2) mutant crys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9oqv

タイトル

N-hydroxylamine dehydratase (NohD) R144Y/V96A (A1/A2) mutant crystal structure with heme

要素

N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / dehydratase / piperazate synthase / heme / N-N bond / hydroxylamine

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

機能・相同性情報

生物種

Actinomadura luzonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Conversion of a Heme-Dependent Dehydratase to a Piperazate Synthase Reveals the Role of the Heme Propionate Group in N-N Bond-Formation.
著者: Higgins, M.A. / Mirotadze, N. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9oqv.cif.gz	113.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9oqv.ent.gz	72.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9oqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9oqv_validation.pdf.gz	852.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9oqv_full_validation.pdf.gz	854.9 KB	表示
XML形式データ	9oqv_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	9oqv_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/9oqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/9oqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9oqsC 9oqtC 9oquC 9oqwC 9oqxC 9oqzC 9or0C 9or1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

ヘテロ分子

23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

ヘテロ分子

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.572, 77.572, 88.997
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	N-hydroxylamine dehydratase (NohD) 分子量: 22528.270 Da / 分子数: 1 / 変異: V96A, R144Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomadura luzonensis (バクテリア) 株: DSM 43766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→38.79 Å / Num. obs: 22732 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 35.9 % / B_iso Wilson estimate: 46.35 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 1.88→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1417 / CC_1/2: 0.928 / R_pim(I) all: 0.459

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→38.79 Å / SU ML: 0.346 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.5852
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	1110	5.03 %
R_work	0.2131	20975	-
obs	0.2145	22085	97.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→38.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1476	0	54	77	1607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0121	1596
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2104	2208
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0658	241
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.017	287
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3287	232

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.97	0.5876	119	0.5739	2244	X-RAY DIFFRACTION	84.91
1.97-2.07	0.3291	140	0.3088	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.07-2.2	0.3337	138	0.2956	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.37	0.3664	136	0.3134	2502	X-RAY DIFFRACTION	94.15
2.37-2.61	0.3244	140	0.2531	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.61-2.98	0.3176	142	0.2528	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.76	0.2445	144	0.2085	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.76-38.79	0.1815	151	0.1689	2879	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.57074877483	-0.638940776828	-3.1348060654	6.61623914877	-0.421869100246	2.28821329397	0.282765819463	-1.92697024096	-0.204249974146	1.35744310596	-0.502337920658	-0.766734138135	-0.566627153037	-1.41539065728	0.0922681081926	1.00865973789	-0.0158757808056	-0.148439566039	1.31815213792	0.0406276798797	0.528675481105	-8.44784410316	17.3743786229	-5.40042187638
2	2.70148999553	1.24063407778	-0.0555606498694	7.21651056829	-1.46031998841	7.14737271419	0.028679119817	-0.0602776282574	-0.494534513428	0.509406915598	-0.227167944473	-0.222950425584	0.240775046519	-0.0859290980061	0.50273067181	0.387429497461	-0.0119486519755	-0.0551331844033	0.333583753154	-0.0644059016486	0.431312690422	-16.7701344426	7.55300015758	-16.5868096894
3	6.10288148036	0.844964131477	1.80877059469	5.49094030737	1.76452026174	4.10910676648	-0.0380819666493	-0.107108981034	-0.889028481554	0.360988643049	-0.0221755858877	-0.476847850793	0.745379596145	-0.14281456016	0.0246672415558	0.495134766794	0.0471837900723	0.0570305715287	0.324988135737	0.0105330899186	0.489370276917	-15.8448219409	0.0107699990366	-21.5593672777
4	7.69124006226	-2.1042660827	-1.75754354104	3.31677446976	-3.23055198236	6.14455020883	-0.0739122570893	-0.364293806991	1.77014390679	0.357068124646	-0.334534450847	-0.424117244711	-0.808365818985	0.391469947791	0.528551316598	0.59528843895	0.0319507029498	-0.164396983953	0.497740546216	-0.0927628678993	0.705032641538	-10.3054392266	32.9934329576	-14.6748273623
5	3.58720426981	0.0680949868744	0.504815407701	2.10350478424	-0.00639193146104	3.28616439834	0.151904457205	-0.182362058947	-0.469664070579	0.0713110815772	-0.156703193493	-0.164287358309	0.39426745611	-0.0558503018617	0.0165455140269	0.381155738974	0.0652352459954	-0.0214829520581	0.412312014545	-0.0194676183349	0.403640214829	-12.926299278	8.08391453776	-15.6494787826
6	5.21785023273	-0.32581384771	-1.20460849749	2.21384622814	3.32826262864	5.06712144512	-0.16946814819	-0.461515279933	-0.413571218712	-0.310440373335	-0.00557874930242	2.00066750219	-0.0484397255737	-0.912320135431	0.18828330643	0.584809179539	-0.147899389696	0.0715110689431	0.826476661555	-0.203057916556	0.828400292412	-33.5463584518	2.47177734627	-21.2687125098
7	2.75246272925	-0.106710074005	0.211790947193	5.57631311972	1.7022575719	3.41527109589	0.0300920328575	-0.205461853791	-0.468061810542	0.233565667893	-0.352646714082	0.52701614954	0.586226423178	-0.611428394576	0.338969489814	0.426571679053	-0.0508464576873	0.134174302902	0.482064869409	-0.0355639303236	0.435218575083	-22.9931970282	-0.0645721208181	-20.9314961869
8	7.95658439935	0.616063363112	0.560404534576	2.23380040915	3.5525029977	6.62355715466	-0.300598161395	-1.08907559417	2.12799886274	0.709796621941	0.0941899186392	-0.660518371759	-1.27464357552	0.122221841065	0.0800305243316	0.876800456463	0.106097252998	-0.0730597778377	0.631082336068	-0.246299270139	0.884254572817	-16.2580998495	32.1584851798	-8.33426578707
9	3.17794797749	2.98308199942	1.02524249001	3.03284279276	0.326478296959	2.1288687926	-0.288518777369	-1.61120677025	-0.21819802843	1.00360217254	-0.214294519155	1.26610216689	-0.97897443749	-1.3882255645	0.411958008018	0.898325548627	0.219410757058	0.117493301864	0.895956279556	-0.162333755684	0.781589760905	-22.0340227691	24.6824446928	-8.9356711898

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 11 )	1 - 11	1 - 11
2	2	chain 'A' and (resid 12 through 33 )	12 - 33	12 - 33
3	3	chain 'A' and (resid 34 through 79 )	34 - 79	34 - 79
4	4	chain 'A' and (resid 80 through 97 )	80 - 97	80 - 97
5	5	chain 'A' and (resid 98 through 113 )	98 - 113	98 - 113
6	6	chain 'A' and (resid 114 through 138 )	114 - 138	114 - 138
7	7	chain 'A' and (resid 139 through 167 )	139 - 167	139 - 167
8	8	chain 'A' and (resid 168 through 187 )	168 - 187	168 - 187
9	9	chain 'A' and (resid 188 through 199 )	188 - 199	188 - 199

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)