[日本語] English
万見
- PDB-9oqs: N-hydroxylamine dehydratase (NohD) crystal structure with heme -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oqs
タイトルN-hydroxylamine dehydratase (NohD) crystal structure with heme
要素N-hydroxylamine dehydratase (NohD)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / dehydratase / piperazate synthase / heme / N-N bond / hydroxylamine
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
機能・相同性情報
生物種Actinomadura luzonensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Higgins, M.A. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RPGIN-2021-02626 カナダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Conversion of a Heme-Dependent Dehydratase to a Piperazate Synthase Reveals the Role of the Heme Propionate Group in N-N Bond-Formation.
著者: Higgins, M.A. / Mirotadze, N. / Shi, X. / Hoffarth, E.R. / Du, Y.L. / Ryan, K.S.
履歴
登録2025年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2914
ポリマ－22,5501
非ポリマー7413
水6,936385
1
A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)
ヘテロ分子

A: N-hydroxylamine dehydratase (NohD)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5828
ポリマ－45,1012
非ポリマー1,4816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.714, 75.714, 75.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-569-

HOH

21A-710-

HOH

31A-712-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 N-hydroxylamine dehydratase (NohD)


分子量: 22550.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinomadura luzonensis (バクテリア)
株: DSM 43766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5 % PEG 3350, 0.1 M sodium acetate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→37.86 Å / Num. obs: 43685 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 14.01 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2108 / CC1/2: 0.823 / Rpim(I) all: 0.43

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→33.86 Å / SU ML: 0.1433 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.3632 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2066 2019 4.66 %
Rwork0.1864 41314 -
obs0.1873 43333 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→33.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1524 0 51 385 1960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00771721
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02512383
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0929258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4235930
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.440.2661410.27592889X-RAY DIFFRACTION99.41
1.44-1.480.27281420.25332910X-RAY DIFFRACTION99.9
1.48-1.520.29681410.23632930X-RAY DIFFRACTION99.97
1.52-1.570.29421440.23612915X-RAY DIFFRACTION99.51
1.57-1.620.26221390.22052904X-RAY DIFFRACTION99.22
1.62-1.690.21941360.20742927X-RAY DIFFRACTION99.93
1.69-1.770.2491390.20262939X-RAY DIFFRACTION99.23
1.77-1.860.21551450.19672924X-RAY DIFFRACTION99.58
1.86-1.970.21541440.20292884X-RAY DIFFRACTION97.65
1.97-2.130.20121460.1782943X-RAY DIFFRACTION99.52
2.13-2.340.20711420.18692945X-RAY DIFFRACTION98.47
2.34-2.680.20471490.18522991X-RAY DIFFRACTION99.68
2.68-3.380.18391470.17093018X-RAY DIFFRACTION99.53
3.38-33.860.17841640.15943195X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.779828908080.960016786839-0.1939682408542.3589256163-0.09690556028221.875855122610.0646353191339-0.2126279070830.01703206501380.194496005144-0.04480518910350.09301178082020.017881577802-0.116875761274-0.03382039502450.07782286341880.01878091444670.02499770679680.120203620985-0.004483166866040.072790298447247.293893107933.919072850628.1491763216
21.474472490350.569949489042-0.3607368044241.3159878053-0.2546210450870.8877007458350.00928087987065-0.04626504880380.07522436737690.06026972491150.08101666269930.176509355001-0.052822139604-0.0488969097215-0.06481004577630.06387904788860.01882137580550.001362393699530.09364922795410.01136076181130.057059626842543.762834642830.496418833121.6974810141
30.9224882341380.258367857126-0.315359724982.24801155578-0.5696973065161.143919436550.0585843979592-0.1811139872350.05056190693410.111603623332-0.105420948686-0.310196573441-0.09448004558880.1991541171730.04523832764330.0969886745468-0.000821512308237-0.01092021682390.134428557603-0.002117335283620.1067444093759.974635254441.221754779125.2737237474
43.57628950496-1.05192218573-1.582834899878.37768063882-0.8494195956455.80786797251-0.0543849630869-0.316525643282-0.8198380326840.184444266134-0.0681822998533-0.02298684945410.4739321509720.2694028136660.1102387104180.1607150238480.016748259764-0.05481347132280.1664680212830.07093337111620.26712751065147.10578628038.4553912643628.4323339949
53.6905220475-0.1956415470065.295266508687.751563541221.13473400117.866317757060.325148703001-0.308074359935-0.06270895643570.813948156738-0.223681067771-0.468557395029-0.0128473603791-0.213550826131-0.003235208420550.20620564888-0.0140886527224-0.04720077982830.1577747904780.03912889669560.1828940961853.66642136316.818299096931.063541379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 59 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 113 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 114 through 167 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 168 through 187 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 188 through 200 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る