PDB-9oq8: Crystal structure of selenomethionine-substituted cyclodehydratas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9oq8

タイトル

Crystal structure of selenomethionine-substituted cyclodehydratase RohQ

要素

RohQ

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Azomycin biosynthetic protein / DUF6190 / Cyclodehydratase / De novo emerged enzyme

機能・相同性

IMIDAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas brassicacearum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Wei, Z.-W. / Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Structure and Mechanism of the Azomycin Biosynthetic Enzyme RohQ That Catalyzes a Spontaneous Cyclodehydration.
著者: Wei, Z.W. / Daniel-Ivad, P. / Zhang, L. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2025年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9oq8.cif.gz	382.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9oq8.ent.gz	279.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9oq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9oq8_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9oq8_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9oq8_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	9oq8_validation.cif.gz	42.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/9oq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/9oq8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9c5wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RohQ

B: RohQ

E: RohQ

C: RohQ

D: RohQ

ヘテロ分子

112 kDa, 5 ポリマー
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1

A: RohQ

ヘテロ分子

A: RohQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45 kDa, 2 ポリマー
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2

B: RohQ

C: RohQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: RohQ

D: RohQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.299, 75.299, 333.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-319- HOH

#1: タンパク質	RohQ 分子量: 22427.096 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: selenomethionine-substitutued 由来: (組換発現) Pseudomonas brassicacearum (バクテリア) 株: DF41 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₅N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M NaOAc:HCl (pH 4.6), 2.25 M sodium formate / Temp details: ambient

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→44.88 Å / Num. obs: 62573 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26 % / B_iso Wilson estimate: 58.82 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.236 / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.245 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.38→2.42 Å / 冗長度: 23.5 % / R_merge(I) obs: 3.794 / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 1949 / CC_1/2: 0.324 / R_pim(I) all: 1.118 / R_rim(I) all: 3.958 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
xia2		データ削減
Coot		モデル構築
AutoSol		位相決定
DIALS		データスケーリング
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.38→44.74 Å / SU ML: 0.4272 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.8367
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2647	3148	5.03 %
R_work	0.2223	59425	-
obs	0.2244	62573	85.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→44.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6255	0	15	66	6336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	6452
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.37	8740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0356	970
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	1124
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3427	2273

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.38-2.42	0.4902	11	0.4595	298	X-RAY DIFFRACTION	9.23
2.42-2.46	0.5584	25	0.4949	460	X-RAY DIFFRACTION	14.8
2.46-2.5	0.5018	37	0.444	684	X-RAY DIFFRACTION	21.52
2.5-2.54	0.4024	94	0.3822	1528	X-RAY DIFFRACTION	48.84
2.54-2.59	0.3634	145	0.3698	2685	X-RAY DIFFRACTION	83.04
2.59-2.65	0.3716	174	0.3752	2982	X-RAY DIFFRACTION	96.45
2.65-2.7	0.3634	149	0.3473	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.77	0.3809	147	0.3424	3192	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.77-2.84	0.3814	180	0.3382	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.91	0.373	188	0.3152	3167	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.91-3	0.3627	164	0.2967	3192	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.1	0.3261	168	0.2951	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.21	0.3079	152	0.2597	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.33	0.2858	161	0.237	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.49	0.25	171	0.2063	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.67	0.2295	167	0.1924	3184	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-3.9	0.2139	192	0.1868	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.2	0.2151	163	0.1722	3201	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.62	0.1976	170	0.1587	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-5.29	0.2173	184	0.1727	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
5.29-6.66	0.2474	178	0.2186	3149	X-RAY DIFFRACTION	99.76
6.66-44.74	0.2877	128	0.2007	3216	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.15859928695	0.440540997337	-0.593669708489	2.78796220154	1.25717436368	3.82261688745	0.0837838624095	0.41693711261	0.0577984427092	-0.168775666283	0.356017564792	-0.181443282255	-0.188883180566	0.0711421922508	-0.408710775756	0.35405982547	0.0415841215845	0.081654030729	0.5027357852	-0.116098694218	0.384795859109	34.7797141108	30.5478798397	-9.40458260598
2	8.63680827566	1.53221955829	2.03980845128	1.42199062285	0.716651200241	8.16022461598	0.0735668814199	-0.411278222757	-0.387765408731	0.440264573219	-0.301392353855	0.254013487606	1.20040096291	-0.618692283527	0.200075256659	0.560965455342	-0.120136129777	0.051243644994	0.581812311313	-0.150771764394	0.469079603679	19.2318371231	16.6818194437	-6.88369841632
3	2.93961652474	2.20610524259	0.790960873635	2.95649227598	0.908200827569	2.28803586107	-0.162174566985	0.389385784889	-0.0425884299923	0.0421635691876	0.589496998892	-0.243253060594	0.0397367556095	0.210480632188	-0.395897996613	0.465909633084	0.0378061263036	0.121733184943	0.681112791266	-0.237894008891	0.488620808575	36.5059365565	24.8175773934	-13.7491236552
4	6.42062907562	-0.101451259184	-1.14240171145	2.12829238689	0.564309220585	6.15194637758	-0.490120400762	-0.162400281362	0.464165836356	-0.114347356811	0.207338205279	-0.183947366256	0.378491391045	-0.0714564841218	0.14824939312	0.439270077171	-0.0625914112067	-0.0524815953443	0.632343264338	-0.0926436045621	0.4410284766	38.3567150857	13.3772856131	-43.0887073542
5	4.40591716099	0.280107850608	-0.759874809897	5.04970836031	0.642878945391	3.42521498212	0.00495994859453	-0.871520691976	0.129025898921	0.0427083805971	-0.256939363005	0.242332859863	0.273491591973	-0.395066757742	0.164390146787	0.389869026247	0.0326615747031	-0.018411561456	0.784961626435	-0.0556665606908	0.331516773912	39.223175764	9.747041565	-38.6832978447
6	3.02431518805	-0.574419047834	1.11150945033	2.04072533794	0.971198268919	2.4843087352	0.119058566872	0.782036442009	-0.0454432861594	-0.143738068232	-0.0320081854253	-0.214364671852	0.580850638494	0.120548885713	-0.0932653581161	0.323943020237	-0.0911492327513	0.00580016081589	0.735158490246	-0.142749297018	0.52773961638	44.4255833451	10.2279347372	-53.5945365616
7	2.30333076001	-1.8662627694	3.74321394202	6.37024276631	-0.879558153564	7.24912807855	0.896809825331	0.821842449855	-1.10802589122	-0.257843007285	-0.32375450897	0.335535613693	1.43316284536	-0.423162140646	-0.45792790232	0.633307959305	-0.0907779999405	-0.0447274348623	0.689543784302	0.0736986306198	0.540214039554	32.2150925223	2.01431545328	-46.6248428901
8	2.08089205035	0.0385787589618	0.610503787692	2.65816918434	-4.39918194419	7.54328187562	0.076842771725	0.199513091037	1.07615661375	0.590439018773	-0.566676574149	0.0492960606766	-1.12002390017	-0.798844996557	-0.0295410348369	0.222860858269	0.0706203472107	0.190192372378	1.26786445874	-0.277691370509	0.321642703824	16.7810807405	15.5145729522	-50.2121097675
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31	9.77156316568	0.0615224839185	4.39484706639	2.00451610631	7.17078523672	7.0179627752	-0.967437327544	1.6484122149	-1.44092187346	-1.54781085979	1.51956849484	-0.694460018905	-0.999817937919	2.44539440353	-0.553069206539	0.474242940517	-0.276124438566	-0.0312666782414	1.58303328727	-0.3324157374	0.858833512925	51.417380323	1.22559080191	-70.0508470284
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34	5.54188891165	1.02015226023	-2.13364824121	6.52630989384	-1.29544382279	2.13965895596	0.0332277747538	1.36067352719	1.65935195804	-1.5607294569	0.258330363488	0.281476198734	-1.12037026197	-0.176778082515	-0.109602385136	1.08014227245	-0.0753802115983	-0.108309384447	1.08327535772	0.193795952539	0.825063016212	46.8510313828	49.0810389133	-71.3169623275
35	3.23798926558	0.893231710921	-1.38783851143	1.82974528465	1.37929389593	2.87999603535	-0.0666201542851	0.624416840188	0.185112204531	-0.286115518787	-0.0530054963249	-0.0975436450162	-0.275662322725	-0.0844932207542	0.0509106934201	0.669943013792	0.0209395318734	-0.0891520304731	0.664461947729	-0.0828411357746	0.646706372308	50.0186932491	42.5454051332	-59.8965678086
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38	8.77365908102	0.607851137682	-1.07566660692	7.33890759089	-1.45525135812	4.8803803773	-0.213450339278	1.75458426022	-0.564859005804	-0.901618656044	0.435726413186	0.604202453438	-0.297384786442	-0.841294338789	-0.0995217363914	0.709943525527	0.213315912473	-0.252446449979	1.06547189735	-0.183739351377	0.806259394679	33.9793966429	40.6874019154	-71.9156107054
39	0.334124784825	-0.410177873705	-0.865709964647	5.38283204993	-0.55455235809	2.66051878412	-0.122661729512	0.899950101925	0.315440239317	-1.0235942296	-0.0456657528389	-0.53953766442	-0.435089490729	-0.939921492276	0.164092933839	0.929579193677	0.154756442934	-0.131108333442	1.08839108517	0.00236960475414	0.746791246947	44.6816453195	41.2984407524	-78.0066259613
40	8.58432747426	5.15087479153	-2.045820897	4.00658661713	-0.966845724043	0.573040969875	-1.20620263942	0.589861044286	1.36532575054	-0.54404177856	0.392858209738	0.137057026935	0.602377368582	-0.365767114093	0.807546721777	0.74251353101	-0.0401355555742	-0.0558098557775	1.26349435169	-0.0165677551138	0.788282546011	61.7221080728	38.2419412987	-69.0702730975
41	3.00110623957	-0.262090308525	2.72402293327	2.20302299258	-1.21955852544	8.75186828397	0.421667584614	1.45634314208	-1.22493195756	-0.35768908404	0.0152729958083	0.691959358807	2.01129387501	-0.338307189871	-0.383990738185	0.765795550187	0.0800005698963	-0.107549479231	0.631107445454	-0.136564979135	0.65325274508	48.785698365	30.5755797227	-62.0834844849

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 84 )	A	A	4 - 84	1 - 81
2	2	chain 'A' and (resid 85 through 114 )	A	A	85 - 114	82 - 108
3	3	chain 'A' and (resid 115 through 172 )	A	A	115 - 172	109 - 163
4	4	chain 'B' and (resid 4 through 21 )	B	D	4 - 21	1 - 18
5	5	chain 'B' and (resid 22 through 43 )	B	D	22 - 43	19 - 40
6	6	chain 'B' and (resid 44 through 74 )	B	D	44 - 74	41 - 71
7	7	chain 'B' and (resid 75 through 84 )	B	D	75 - 84	72 - 81
8	8	chain 'B' and (resid 85 through 101 )	B	D	85 - 101	82 - 96
9	9	chain 'B' and (resid 102 through 114 )	B	D	102 - 114	97 - 109
10	10	chain 'B' and (resid 115 through 134 )	B	D	115 - 134	110 - 129
11	11	chain 'B' and (resid 135 through 148 )	B	D	135 - 148	130 - 140
12	12	chain 'B' and (resid 149 through 157 )	B	D	149 - 157	141 - 149
13	13	chain 'B' and (resid 158 through 171 )	B	D	158 - 171	150 - 163
14	14	chain 'E' and (resid 6 through 34 )	E	F	6 - 34	1 - 29
15	15	chain 'E' and (resid 35 through 43 )	E	F	35 - 43	30 - 38
16	16	chain 'E' and (resid 44 through 74 )	E	F	44 - 74	39 - 69
17	17	chain 'E' and (resid 75 through 84 )	E	F	75 - 84	70 - 79
18	18	chain 'E' and (resid 85 through 101 )	E	F	85 - 101	80 - 93
19	19	chain 'E' and (resid 102 through 132 )	E	F	102 - 132	94 - 124
20	20	chain 'E' and (resid 133 through 148 )	E	F	133 - 148	125 - 137
21	21	chain 'E' and (resid 149 through 157 )	E	F	149 - 157	138 - 146
22	22	chain 'E' and (resid 158 through 171 )	E	F	158 - 171	147 - 160
23	23	chain 'C' and (resid 5 through 21 )	C	I	5 - 21	1 - 17
24	24	chain 'C' and (resid 22 through 43 )	C	I	22 - 43	18 - 39
25	25	chain 'C' and (resid 44 through 74 )	C	I	44 - 74	40 - 70
26	26	chain 'C' and (resid 75 through 84 )	C	I	75 - 84	71 - 80
27	27	chain 'C' and (resid 85 through 93 )	C	I	85 - 93	81 - 89
28	28	chain 'C' and (resid 94 through 101 )	C	I	94 - 101	90 - 97
29	29	chain 'C' and (resid 102 through 114 )	C	I	102 - 114	98 - 110
30	30	chain 'C' and (resid 115 through 148 )	C	I	115 - 148	111 - 140
31	31	chain 'C' and (resid 149 through 157 )	C	I	149 - 157	141 - 149
32	32	chain 'C' and (resid 158 through 172 )	C	I	158 - 172	150 - 164
33	33	chain 'D' and (resid 6 through 34 )	D	L	6 - 34	1 - 29
34	34	chain 'D' and (resid 35 through 43 )	D	L	35 - 43	30 - 38
35	35	chain 'D' and (resid 44 through 84 )	D	L	44 - 84	39 - 79
36	36	chain 'D' and (resid 85 through 101 )	D	L	85 - 101	80 - 92
37	37	chain 'D' and (resid 102 through 113 )	D	L	102 - 113	93 - 104
38	38	chain 'D' and (resid 114 through 131 )	D	L	114 - 131	105 - 122
39	39	chain 'D' and (resid 132 through 148 )	D	L	132 - 148	123 - 136
40	40	chain 'D' and (resid 149 through 157 )	D	L	149 - 157	137 - 145
41	41	chain 'D' and (resid 158 through 171 )	D	L	158 - 171	146 - 159

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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