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Yorodumi- PDB-9c5w: Crystal structure of cyclodehydratase RohQ in complex with imidazole -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9c5w | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of cyclodehydratase RohQ in complex with imidazole | ||||||
Components | Cyclodehydratase RohQ | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Azomycin biosynthetic protein / DUF6190 / Cyclodehydratase / De novo emerged enzyme | ||||||
| Function / homology | IMIDAZOLE Function and homology information | ||||||
| Biological species | Pseudomonas brassicacearum (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Wei, Z.-W. / Ryan, K.S. | ||||||
| Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2025Title: Structure and Mechanism of the Azomycin Biosynthetic Enzyme RohQ That Catalyzes a Spontaneous Cyclodehydration. Authors: Wei, Z.W. / Daniel-Ivad, P. / Zhang, L. / Ryan, K.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9c5w.cif.gz | 416.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9c5w.ent.gz | 283.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9c5w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9c5w_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9c5w_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
| Data in XML | 9c5w_validation.xml.gz | 39.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 9c5w_validation.cif.gz | 52.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5w | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9oq8C C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 19786.773 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas brassicacearum (bacteria) / Strain: DF41 / Production host: ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.34 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M NaOAc:HCl (pH 4.6), 1.5 M sodium formate, 15% (w/v) PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→38.36 Å / Num. obs: 57316 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 26.1 % / Biso Wilson estimate: 35.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 13.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Redundancy: 25.9 % / Rmerge(I) obs: 1.188 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 4364 / CC1/2: 0.846 / Rpim(I) all: 0.332 / Rrim(I) all: 1.234 / % possible all: 99.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→38.36 Å / SU ML: 0.2193 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.5571 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 43.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→38.36 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Pseudomonas brassicacearum (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
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