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Yorodumi- PDB-9oq8: Crystal structure of selenomethionine-substituted cyclodehydratas... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9oq8 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of selenomethionine-substituted cyclodehydratase RohQ | ||||||
Components | RohQ | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Azomycin biosynthetic protein / DUF6190 / Cyclodehydratase / De novo emerged enzyme | ||||||
| Function / homology | IMIDAZOLE Function and homology information | ||||||
| Biological species | Pseudomonas brassicacearum (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.38 Å | ||||||
Authors | Wei, Z.-W. / Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S. | ||||||
| Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2025Title: Structure and Mechanism of the Azomycin Biosynthetic Enzyme RohQ That Catalyzes a Spontaneous Cyclodehydration. Authors: Wei, Z.W. / Daniel-Ivad, P. / Zhang, L. / Ryan, K.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9oq8.cif.gz | 382.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9oq8.ent.gz | 279.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9oq8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9oq8_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9oq8_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
| Data in XML | 9oq8_validation.xml.gz | 33.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 9oq8_validation.cif.gz | 42.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/9oq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/9oq8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9c5wC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 22427.096 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: selenomethionine-substitutued / Source: (gene. exp.) Pseudomonas brassicacearum (bacteria) / Strain: DF41 / Production host: ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.93 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 / Details: 0.1 M NaOAc:HCl (pH 4.6), 2.25 M sodium formate / Temp details: ambient |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97907 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97907 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.38→44.88 Å / Num. obs: 62573 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 26 % / Biso Wilson estimate: 58.82 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.236 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.245 / Net I/σ(I): 6.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.38→2.42 Å / Redundancy: 23.5 % / Rmerge(I) obs: 3.794 / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 1949 / CC1/2: 0.324 / Rpim(I) all: 1.118 / Rrim(I) all: 3.958 / % possible all: 99.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.38→44.74 Å / SU ML: 0.4272 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 32.8367 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 75.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→44.74 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Pseudomonas brassicacearum (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
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