PDB-9oou: Glycine/Glutamate/EU 1622-240 rGluN1a-2B NMDAR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9oou

タイトル

Glycine/Glutamate/EU 1622-240 rGluN1a-2B NMDAR

要素

(Glutamate receptor ionotropic, NMDA ...) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Ion Channels / NMDAR

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / cellular response to magnesium starvation / sensory organ development / pons maturation / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / sensitization / EPHB-mediated forward signaling / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors ...cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / cellular response to magnesium starvation / sensory organ development / pons maturation / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / sensitization / EPHB-mediated forward signaling / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / response to hydrogen sulfide / auditory behavior / olfactory learning / conditioned taste aversion / dendritic branch / regulation of respiratory gaseous exchange / response to other organism / protein localization to postsynaptic membrane / regulation of ARF protein signal transduction / fear response / apical dendrite / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / suckling behavior / response to methylmercury / response to manganese ion / response to glycine / propylene metabolic process / response to carbohydrate / interleukin-1 receptor binding / cellular response to dsRNA / response to growth hormone / cellular response to lipid / negative regulation of dendritic spine maintenance / heterocyclic compound binding / positive regulation of glutamate secretion / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / RAF/MAP kinase cascade / NMDA glutamate receptor activity / Synaptic adhesion-like molecules / voltage-gated monoatomic cation channel activity / response to glycoside / NMDA selective glutamate receptor complex / glutamate binding / ligand-gated sodium channel activity / neurotransmitter receptor complex / response to morphine / regulation of axonogenesis / neuromuscular process / calcium ion transmembrane import into cytosol / regulation of dendrite morphogenesis / protein heterotetramerization / male mating behavior / regulation of synapse assembly / glycine binding / response to amine / regulation of cAMP/PKA signal transduction / small molecule binding / parallel fiber to Purkinje cell synapse / receptor clustering / startle response / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / monoatomic cation transmembrane transport / behavioral response to pain / regulation of MAPK cascade / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / regulation of postsynaptic membrane potential / response to magnesium ion / cellular response to glycine / associative learning / action potential / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / excitatory synapse / response to electrical stimulus / positive regulation of dendritic spine maintenance / monoatomic cation transport / social behavior / regulation of neuronal synaptic plasticity / monoatomic ion channel complex / glutamate receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / long-term memory / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / response to mechanical stimulus / synaptic cleft / neuron development / behavioral fear response / prepulse inhibition / phosphatase binding / multicellular organismal response to stress / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / postsynaptic density, intracellular component / monoatomic cation channel activity / calcium ion homeostasis / response to fungicide / glutamate-gated receptor activity / cell adhesion molecule binding / regulation of neuron apoptotic process / regulation of long-term synaptic depression
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å

データ登録者

Steigerwald, R. / Furukawa, H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)	MH085926	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	NS111745	米国

引用

ジャーナル: To Be Published / 年: 2025
タイトル: Mechanism of conductance control and neurosteroid binding in NMDA receptors
著者: Steigerwald, R. / Furukawa, H.

履歴

登録	2025年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9oou.cif.gz	372.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9oou.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9oou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9oou_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9oou_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9oou_validation.xml.gz	72.6 KB	表示
CIF形式データ	9oou_validation.cif.gz	104.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/9oou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/9oou	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	70673MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (18) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (18)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (3)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

B: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

C: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

D: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

ヘテロ分子

388 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
Glutamate receptor ionotropic, NMDA ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / GluN1 / Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 / NMD-R1 分子量: 95225.883 Da / 分子数: 2 変異: N61Q, N239D, N350Q, N471Q, N491Q, N771Q, R844Q, R845G, K846A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin1, Nmdar1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P35439
#2: タンパク質	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / GluN2B / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2B / ...GluN2B / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2B / NMDAR2B / NR2B 分子量: 96498.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin2b 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q00960

#1: タンパク質

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / GluN1 / Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 / NMD-R1

分子量: 95225.883 Da / 分子数: 2
変異: N61Q, N239D, N350Q, N471Q, N491Q, N771Q, R844Q, R845G, K846A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin1, Nmdar1
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35439

#2: タンパク質

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / GluN2B / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2B / ...

分子量: 96498.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin2b
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00960

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非ポリマー , 4種, 26分子

#3: 化合物	ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC 分子量: 760.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-A1AFT / (5M)-5-(3-bromo-4-fluorophenyl)-6-ethynyl-3-[2-(3-fluoro-3-methylazetidin-1-yl)-2-oxoethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one 分子量: 478.310 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₄BrF₂N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CLR / CHOLESTEROL 分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆O
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Di-heteromeric GluN1a-2B NMDA receptor / タイプ: CELL / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影	電子線照射量: 58.4 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	PHENIX	1.20.1_4487	モデル精密化
13	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₂ (2回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 382882 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.34 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.011	13492
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.799	18320
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	8.743	1912
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.052	2078
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	2282

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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