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- PDB-9oj3: Crystal structure of the SpyTag003-SpyCatcher003 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oj3
タイトルCrystal structure of the SpyTag003-SpyCatcher003 complex
要素
  • ARG-GLY-VAL-PRO-HIS-ILE-VAL-MET-VAL-ASP-ALA-TYR-LYS-ARG-TYR
  • Fibronectin binding protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Fibronectin binding repeat / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Fibronectin binding repeat / Cna protein B-type domain / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Thioester domain / Thioester domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
6-tungstotellurate(VI) / Fibronectin binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Ralston, C.Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124169 米国
引用ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2025
タイトル: ALS-ENABLE: creating synergy and opportunity at the Advanced Light Source synchrotron structural biology beamlines
著者: Ralston, C.Y. / Gupta, S. / del Mundo, J.T. / Soe, A.C. / Russell, B. / Rad, B. / Tyler, J. / Paul, S. / Kahan, D.N. / Kristensen, L.G. / Subramanian, S. / Kidd, S. / Burnett, K. / Sankaran, ...著者: Ralston, C.Y. / Gupta, S. / del Mundo, J.T. / Soe, A.C. / Russell, B. / Rad, B. / Tyler, J. / Paul, S. / Kahan, D.N. / Kristensen, L.G. / Subramanian, S. / Kidd, S. / Burnett, K. / Sankaran, B. / Classen, S. / Progozhin, D. / Taylor, J.R. / Dickert, J.M. / Royal, K.B. / Rozales, A. / Ortega, S.L. / Allaire, M. / Nix, J.C. / Hura, G.L. / Holton, J.M. / Hammel, M. / Adam, P.D.
履歴
登録2025年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibronectin binding protein
B: ARG-GLY-VAL-PRO-HIS-ILE-VAL-MET-VAL-ASP-ALA-TYR-LYS-ARG-TYR
C: Fibronectin binding protein
D: ARG-GLY-VAL-PRO-HIS-ILE-VAL-MET-VAL-ASP-ALA-TYR-LYS-ARG-TYR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6597
ポリマ－21,3344
非ポリマー3,3253
水1,874104
1
A: Fibronectin binding protein
B: ARG-GLY-VAL-PRO-HIS-ILE-VAL-MET-VAL-ASP-ALA-TYR-LYS-ARG-TYR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2813
ポリマ－10,6672
非ポリマー1,6151
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area5720 Å2
手法PISA
2
C: Fibronectin binding protein
D: ARG-GLY-VAL-PRO-HIS-ILE-VAL-MET-VAL-ASP-ALA-TYR-LYS-ARG-TYR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3784
ポリマ－10,6672
非ポリマー1,7112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area5800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.338, 67.490, 70.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fibronectin binding protein / Thioester-forming surface-anchored protein


分子量: 8858.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: fba2, E0F66_06355 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8G9G1
#2: タンパク質・ペプチド ARG-GLY-VAL-PRO-HIS-ILE-VAL-MET-VAL-ASP-ALA-TYR-LYS-ARG-TYR


分子量: 1808.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
#3: 化合物 ChemComp-TEW / 6-tungstotellurate(VI)


分子量: 1614.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O24TeW6
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Ammonium sulfate 0.2M, NaCl 200mM, PEG8000 30%, Anderson-Evans polyoxotungstate "TEW" additive 1mM, Glycerol 5%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→48.61 Å / Num. obs: 40513 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.07661 / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 1.43→1.48 Å / Num. unique obs: 2727 / CC1/2: 0.696

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.43→48.61 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1488 1999 4.94 %
Rwork0.1343 --
obs0.135 40485 94.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1461 0 67 104 1632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3892333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.227222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.43-1.470.2985890.28941714X-RAY DIFFRACTION60
1.47-1.510.26211180.21872288X-RAY DIFFRACTION80
1.51-1.550.20231340.16292582X-RAY DIFFRACTION90
1.55-1.60.15091450.14312799X-RAY DIFFRACTION98
1.6-1.660.14521500.12622870X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.730.16031490.11562867X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.810.15391480.10952864X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.90.13881490.11542868X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.020.12451510.12372895X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.180.14251500.12622886X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.40.15361490.13322878X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.740.14741530.12572929X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.460.15061540.13932962X-RAY DIFFRACTION100
3.46-48.610.13771600.13463084X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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