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- PDB-9ohw: CD1c presenting GM1 ganglioside -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ohw
タイトルCD1c presenting GM1 ganglioside
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / CD1c / lipid mediated immunity / lipid antigen presenting molecule / lipid antigen presentation / GM1 / ganglioside
機能・相同性
機能・相同性情報


early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation ...early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / glycylglycylglycine / 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate / Chem-MK0 / MALONIC ACID / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cao, T.P. / Rossjohn, J. / Shahine, A.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DE210101031 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Sideways lipid presentation by the antigen-presenting molecule CD1c.
著者: Cao, T.P. / Liao, G.R. / Cheng, T.Y. / Chen, Y. / Ciacchi, L. / Fulford, T.S. / Farquhar, R. / Kollmorgen, J. / Mayfield, J.A. / Uldrich, A.P. / Ng, E.Z.Q. / Ogg, G.S. / Godfrey, D.I. / ...著者: Cao, T.P. / Liao, G.R. / Cheng, T.Y. / Chen, Y. / Ciacchi, L. / Fulford, T.S. / Farquhar, R. / Kollmorgen, J. / Mayfield, J.A. / Uldrich, A.P. / Ng, E.Z.Q. / Ogg, G.S. / Godfrey, D.I. / Gherardin, N.A. / Chen, Y.L. / Moody, D.B. / Shahine, A. / Rossjohn, J.
履歴
登録2025年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年12月17日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / struct_asym
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.value_order / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_asym.entity_id
解説: Chirality error
詳細: 2 chiral centres in the sphingoid base of the ligand GM1 were corrected to 2S, 3R
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12026年1月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22026年2月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,04312
ポリマ－43,2722
非ポリマー3,77010
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Eluted as monomeric heterodimer by size exclusion chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.616, 86.559, 91.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1c/T-cell surface glycoprotein CD1b chimeric protein


分子量: 31584.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11688.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

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糖 , 1種, 1分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 28分子

#4: 化合物 ChemComp-MK0 / 1-O-[(S)-hydroxy{[(4S,8S,16S,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl]oxy}phosphoryl]-beta-D-mannopyranose


分子量: 708.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H77O9P
#5: 化合物 ChemComp-GGG / glycylglycylglycine


分子量: 189.169 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11N3O4
#6: 化合物 ChemComp-KZF / 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate


分子量: 207.290 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#8: 化合物 ChemComp-A1CB7 / (2S,3R,4E)-3-hydroxy-2-octadecanamidooctadec-4-en-1-yl 5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl-(2->3)-[beta-D-galactopyranosyl-(1->3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranosyl-(1->4)]-beta-D-galactopyranosyl-(1->4)-beta-D-glucopyranoside / GM1 ganglioside


分子量: 1546.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C73H131N3O31
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.59 % / 解説: Diamond
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.46
詳細: 0.1 M CHES pH 9.46 1.05 M tri-Na Citrate 0.025 M tri-glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→48.83 Å / Num. obs: 16415 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.564 / Num. unique obs: 1832 / CC1/2: 0.545 / Rpim(I) all: 0.689 / Χ2: 0.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→48.83 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 --
Rwork0.2068 --
obs-16386 99.03 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3177 0 107 19 3303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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