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- PDB-9ohs: Crystal structure of human FTO in complex with Ga(III) and ascorbate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ohs
タイトルCrystal structure of human FTO in complex with Ga(III) and ascorbate
要素Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
キーワードOXIDOREDUCTASE / Fe(II)/2-oxoglutarate-dependent dioxygenase / RNA demethylase / RNA modifying enzyme / AlkB homolog
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of white fat cell proliferation / tRNA demethylase activity / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of respiratory system process / regulation of lipid storage / regulation of brown fat cell differentiation / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / oxidative RNA demethylase activity ...regulation of white fat cell proliferation / tRNA demethylase activity / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of respiratory system process / regulation of lipid storage / regulation of brown fat cell differentiation / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / oxidative RNA demethylase activity / snRNA processing / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / RNA repair / DNA alkylation repair / temperature homeostasis / mRNA destabilization / regulation of multicellular organism growth / adipose tissue development / ferrous iron binding / transferase activity / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, C-terminal / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / FTO, C-terminal domain superfamily / FTO catalytic domain / FTO C-terminal domain / FTO catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ASCORBIC ACID / GALLIUM (III) ION / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.072 Å
データ登録者Calzini, L.O. / Mugridge, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM143000 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Differential control of RNA demethylase activity and selectivity by cofactor ascorbate.
著者: Calzini, L.O. / Warminski, M. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Mugridge, J.S.
履歴
登録2025年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1453
ポリマ－54,8991
非ポリマー2462
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.872, 143.872, 85.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / Fat mass and obesity-associated protein / U6 small nuclear RNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)- ...Fat mass and obesity-associated protein / U6 small nuclear RNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-demethylase FTO / U6 small nuclear RNA N(6)-methyladenosine-demethylase FTO / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-demethylase FTO / m6A(m)-demethylase FTO / mRNA N(6)-methyladenosine demethylase FTO / tRNA N1-methyl adenine demethylase FTO


分子量: 54898.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 166-189 were deleted and replaced with a 4xGS linker (GSGSGSGS)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTO, KIAA1752 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q9C0B1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9C0B1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む, mRNA N6-methyladenine demethylase
#2: 化合物 ChemComp-GA / GALLIUM (III) ION


分子量: 69.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ga
#3: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / (5R)-3,4-ジヒドロキシ-5β-[(S)-1,2-ジヒドロキシエチル]-2,5-ジヒドロフラン-2-オン


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 % / 解説: Rhombohedral
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM MES pH 6.5, 1.6M Ammonium sulfate, 10% (v/v) 1,4-Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: 7B2 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→100 Å / Num. obs: 12280 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 111.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1285 / Rpim(I) all: 0.04151 / Rrim(I) all: 0.1351 / Net I/σ(I): 14.73
反射 シェル解像度: 3.072→3.182 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 1.629 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 1234 / CC1/2: 0.283 / Rpim(I) all: 0.5132 / Rrim(I) all: 1.708 / % possible all: 99.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSVERSION Jan 19, 2025 BUILT=20250409データ削減
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.1モデル構築
XDSVERSION Jan 19, 2025 BUILT=20250409データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.072→41.22 Å / SU ML: 0.4929 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.7325
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 1225 9.98 %
Rwork0.1929 11049 -
obs0.1992 12274 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 121.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.072→41.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3475 0 13 0 3488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01093571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24554842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.24091331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.072-3.190.38271330.3361235X-RAY DIFFRACTION99.85
3.2-3.340.37891370.31541230X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.520.34231230.27241244X-RAY DIFFRACTION99.78
3.52-3.740.29521440.23931204X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.030.27611410.21261242X-RAY DIFFRACTION99.93
4.03-4.430.2291400.18541209X-RAY DIFFRACTION100
4.43-5.070.21441340.16491231X-RAY DIFFRACTION100
5.07-6.380.29821240.19381242X-RAY DIFFRACTION100
6.39-41.220.2071490.15231212X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.8105939061 Å / Origin y: -12.4100364545 Å / Origin z: -37.2199558882 Å
111213212223313233
T0.80543396952 Å20.0623035761386 Å20.0638117900453 Å2-0.706985583146 Å2-0.0546070657984 Å2--0.755598527472 Å2
L5.50793436788 °21.81953565627 °21.70508833025 °2-2.97655174701 °21.12216355196 °2--2.40366705575 °2
S0.260730635004 Å °0.531491728085 Å °-0.434753350116 Å °0.331207658369 Å °0.0872018210531 Å °-0.32964915372 Å °0.588992185997 Å °0.268891789122 Å °-0.360652740809 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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